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- PDB-5inr: A C69-family cysteine dipeptidase in complex with Ala-Pro from La... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5inr
タイトルA C69-family cysteine dipeptidase in complex with Ala-Pro from Lactobacillus farciminis
要素Dipeptidase
キーワードHYDROLASE / C69 family / cysteine dipeptidase / Ntn hydrolase / Lactobacillus farciminis / Gly-Pro
機能・相同性ACETATE ION / ALANINE / PROLINE / :
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus farciminis KCTC 3681 = DSM 20184 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.652 Å
データ登録者Kono, R. / Watanabe, K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A C69-family cysteine dipeptidase from Lactobacillus farciminis; substrate recognition mechanism and autoproteolytic mechanism in enzyme maturation
著者: Kono, R. / Watanabe, K.
履歴
登録2016年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidase
B: Dipeptidase
C: Dipeptidase
D: Dipeptidase
E: Dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,77451
ポリマ－264,5225
非ポリマー3,25346
水50,9822830
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8500 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area86380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.398, 182.299, 98.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Dipeptidase


分子量: 52904.344 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus farciminis KCTC 3681 = DSM 20184 (バクテリア)
株: KCTC 3681 = DSM 20184 / 遺伝子: FC68_GL001211 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0R1IQH8

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非ポリマー , 5種, 2876分子

#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#4: 化合物
ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2830 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細ALA 501-PRO 502 is Substrate analoge

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.8 M 1,6-hexanediol, 10 mM CoCl2, 100 mM acetate buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→39.3 Å / Num. obs: 321818 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 26.14
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 3.93 / % possible all: 65.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IAU

5iau


解像度: 1.652→39.254 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1822 16098 5.01 %
Rwork0.1588 --
obs0.16 321437 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.652→39.254 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18370 0 144 2830 21344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00719002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07325839
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9016965
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452824
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6517-1.67050.21985130.20079704X-RAY DIFFRACTION95
1.6705-1.69010.23745600.19410062X-RAY DIFFRACTION99
1.6901-1.71080.23215160.19410095X-RAY DIFFRACTION99
1.7108-1.73240.21894870.182510204X-RAY DIFFRACTION99
1.7324-1.75520.20324960.175110229X-RAY DIFFRACTION99
1.7552-1.77930.20444980.175310100X-RAY DIFFRACTION99
1.7793-1.80470.20855490.171810120X-RAY DIFFRACTION99
1.8047-1.83160.19955590.170710162X-RAY DIFFRACTION99
1.8316-1.86020.19175340.172210165X-RAY DIFFRACTION99
1.8602-1.89070.19525580.167710096X-RAY DIFFRACTION99
1.8907-1.92330.18935470.165110203X-RAY DIFFRACTION99
1.9233-1.95830.18625740.159810101X-RAY DIFFRACTION99
1.9583-1.9960.19345520.162210210X-RAY DIFFRACTION100
1.996-2.03670.19165180.160710189X-RAY DIFFRACTION100
2.0367-2.0810.1815500.154110166X-RAY DIFFRACTION100
2.081-2.12940.17435440.153510214X-RAY DIFFRACTION100
2.1294-2.18260.18075210.152210237X-RAY DIFFRACTION100
2.1826-2.24160.2015280.162510189X-RAY DIFFRACTION100
2.2416-2.30760.18275350.154610242X-RAY DIFFRACTION100
2.3076-2.38210.18635570.155810199X-RAY DIFFRACTION100
2.3821-2.46720.19375210.159710276X-RAY DIFFRACTION100
2.4672-2.5660.18755670.158610180X-RAY DIFFRACTION100
2.566-2.68270.17785350.158810256X-RAY DIFFRACTION100
2.6827-2.82410.18515470.158810204X-RAY DIFFRACTION100
2.8241-3.0010.17955440.156310245X-RAY DIFFRACTION100
3.001-3.23260.17545480.156910240X-RAY DIFFRACTION100
3.2326-3.55770.17615270.153710274X-RAY DIFFRACTION100
3.5577-4.07210.16575360.143710251X-RAY DIFFRACTION100
4.0721-5.12860.14385290.13610273X-RAY DIFFRACTION100
5.1286-39.2650.16925480.17110253X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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