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- PDB-5in1: Crystal Structure of the MRG701 chromodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5in1
タイトルCrystal Structure of the MRG701 chromodomain
要素MRG701
キーワードTRANSCRIPTION / MRG701 / chromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


histone acetyltransferase complex / chromatin organization / regulation of DNA-templated transcription / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / MSL3 chromodomain-like / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain ...: / MSL3 chromodomain-like / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MRG family protein, putative, expressed
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Huang, Y. / Liu, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China2012CB910502 中国
National Natural Science Foundation of China31270774 中国
Strategic Priority Research ProgramXDB08010202 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2016
タイトル: Structural studies on MRG701 chromodomain reveal a novel dimerization interface of MRG proteins in green plants
著者: Liu, Y. / Wu, H. / Yu, Y. / Huang, Y.
履歴
登録2016年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MRG701
B: MRG701
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8486
ポリマ－17,5312
非ポリマー3164
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9570 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)31.786, 59.801, 40.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MRG701


分子量: 8765.706 Da / 分子数: 2 / 断片: chromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2R2X7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Sodium acetate pH 4.5, 25% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 28872 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 29.05

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PLI

4pli


解像度: 1.4→29.901 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.55 / 位相誤差: 23.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2045 1999 6.93 %
Rwork0.1822 --
obs0.1838 28840 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1232 0 18 252 1502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071278
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0491718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.869478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005216
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3998-1.43480.22861420.18771910X-RAY DIFFRACTION98
1.4348-1.47360.22041420.19071907X-RAY DIFFRACTION99
1.4736-1.51690.20421440.18391920X-RAY DIFFRACTION99
1.5169-1.56590.21651420.17691912X-RAY DIFFRACTION99
1.5659-1.62190.21461410.18191893X-RAY DIFFRACTION98
1.6219-1.68680.20391450.18671938X-RAY DIFFRACTION99
1.6868-1.76360.21041430.18611925X-RAY DIFFRACTION99
1.7636-1.85650.20241420.18241902X-RAY DIFFRACTION98
1.8565-1.97280.21531410.18291898X-RAY DIFFRACTION98
1.9728-2.12510.20911440.17371928X-RAY DIFFRACTION99
2.1251-2.33890.20121430.18071920X-RAY DIFFRACTION99
2.3389-2.67710.21361430.19391919X-RAY DIFFRACTION98
2.6771-3.37220.19441430.19061928X-RAY DIFFRACTION99
3.3722-29.90730.19061440.17051941X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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