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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ikz
タイトルGlycerol bound structure of Obc1, a bifunctional enzyme for quorum sensing-dependent oxalogenesis
要素Oxalate biosynthetic component 1
キーワードHYDROLASE / LYASE / alpha / beta hydrolase
機能・相同性Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Oh, J. / Rhee, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Rural Development Administration, Plant Molecular Breeding CenterPJ01101901 韓国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into an Oxalate-producing Serine Hydrolase with an Unusual Oxyanion Hole and Additional Lyase Activity
著者: Oh, J. / Hwang, I. / Rhee, S.
履歴
登録2016年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxalate biosynthetic component 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,5343
ポリマ－124,4171
非ポリマー1162
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area110 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area41840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)229.970, 229.970, 253.763
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1380-

HOH

21A-1438-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Oxalate biosynthetic component 1


分子量: 124417.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (strain E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301) (バクテリア)
株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: DR63_4704 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A096YSN3
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.47 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 1M Sodium citrate tribasic / PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→78.34 Å / Num. obs: 63296 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 56.96 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.277 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.8-2.8717.52.6471100
12.83-78.3418.50.07198.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ収集
Aimless0.5.12データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IKY

5iky


解像度: 2.8→46.349 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.32
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 3166 5 %
Rwork0.1985 --
obs0.2 63263 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 167.91 Å2 / Biso mean: 69.4751 Å2 / Biso min: 28.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→46.349 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7848 0 7 207 8062
Biso mean--79.66 54.79 -
残基数----1047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038030
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6910978
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1012818
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.84180.34691310.312726052736100
2.8418-2.88620.32891330.291525672700100
2.8862-2.93350.30571450.282225962741100
2.9335-2.98410.32711540.281225832737100
2.9841-3.03840.30191710.272725552726100
3.0384-3.09680.30641280.26825972725100
3.0968-3.160.27751220.253926182740100
3.16-3.22870.25111380.235125862724100
3.2287-3.30380.25881290.231126152744100
3.3038-3.38640.2741160.224326272743100
3.3864-3.47790.24931380.211426032741100
3.4779-3.58020.23961450.202425932738100
3.5802-3.69570.21571340.200525902724100
3.6957-3.82780.23191740.194225872761100
3.8278-3.98090.24141450.175726102755100
3.9809-4.1620.1941320.171326162748100
4.162-4.38130.17951210.156326412762100
4.3813-4.65550.17461420.149525882730100
4.6555-5.01460.19131380.152626212759100
5.0146-5.51850.18471300.168926522782100
5.5185-6.31530.24061140.199526752789100
6.3153-7.95010.20071400.205126652805100
7.9501-46.35540.2051460.18122707285399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.049 Å / Origin y: -36.561 Å / Origin z: 27.1331 Å
111213212223313233
T0.4828 Å20.0277 Å2-0.1081 Å2-0.3822 Å20.0972 Å2--0.3755 Å2
L0.8896 °20.1806 °20.0072 °2-1.0933 °2-0.1137 °2--0.6827 °2
S-0.0653 Å °-0.1341 Å °-0.1047 Å °0.1122 Å °0.0925 Å °-0.1657 Å °0.1466 Å °0.2366 Å °0.0231 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 1106
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 207
4X-RAY DIFFRACTION1allC1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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