PDB-5ik0: Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with FPP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ik0

タイトル

Tobacco 5-epi-aristolochene synthase with FPP

要素

5-epi-aristolochene synthase

キーワード

LYASE / terpene synthase / TEAS / FPP

機能・相同性

機能・相同性情報

(+)-2-epi-prezizaene synthase / (-)-alpha-cedrene synthase / 5-epiaristolochene synthase / 5-epi-aristolochene synthase activity / sesquiterpene biosynthetic process / diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Nicotiana tabacum (タバコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Koo, H.J. / Xu, Y. / Louie, G.V. / Bowman, M. / Noel, J.P.

引用

ジャーナル: J.Antibiot. / 年: 2016
タイトル: Biosynthetic potential of sesquiterpene synthases: product profiles of Egyptian Henbane premnaspirodiene synthase and related mutants.
著者: Koo, H.J. / Vickery, C.R. / Xu, Y. / Louie, G.V. / O'Maille, P.E. / Bowman, M. / Nartey, C.M. / Burkart, M.D. / Noel, J.P.

履歴

登録	2016年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ik0.cif.gz	237.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ik0.ent.gz	191.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ik0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/5ik0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/5ik0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ik6C 5ik9C 5ikaC 5ikhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dhi-d 5dhk-d 5ik6-d 5il3-d 3m00-d 5ilj-d 4di5-d 5il8-d 5ik9-d 5ilz-d 1hxg-d 1hxa-d 5ili-d 3m02-d 5ild-d 3lz9-d 5eau-d 5ika-d 5ilk-d 3n0g-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5-epi-aristolochene synthase

ヘテロ分子

63.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.660, 127.660, 124.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-807- HOH

#1: タンパク質	5-epi-aristolochene synthase / EAS 分子量: 63201.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: EAS3, EAS4 / プラスミド: pH9GW / 詳細 (発現宿主): pET28 derived Gateway vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q40577, 5-epiaristolochene synthase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-FPP / FARNESYL DIPHOSPHATE / 二りん酸α-(3,7,11-トリメチル-2,6,10-ドデカトリエニル) 分子量: 382.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₈O₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.46 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM MOPSO, pH 7, 100 mM Mg Acetate, 10% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→51.91 Å / Num. obs: 31504 / % possible obs: 59.69 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.08331 / Net I/σ(I): 7.25
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.5803 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. measured obs: 1990 / CC_1/2: 0.181 / % possible all: 38.34

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALA		データスケーリング
iMOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→51.907 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.32

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2169	1569	4.98 %
R_work	0.1667	-	-
obs	0.1692	31487	59.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→51.907 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4346	0	27	111	4484

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4485
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.083	6075
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.236	1656
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	682
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	770

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.271	0.2878	70	0.2769	1725	X-RAY DIFFRACTION	38
2.271-2.3522	0.3322	86	0.2432	1742	X-RAY DIFFRACTION	39
2.3522-2.4464	0.2604	82	0.2315	1780	X-RAY DIFFRACTION	39
2.4464-2.5577	0.2657	107	0.2319	1757	X-RAY DIFFRACTION	40
2.5577-2.6926	0.2946	141	0.2295	2571	X-RAY DIFFRACTION	57
2.6926-2.8613	0.2596	158	0.2201	2954	X-RAY DIFFRACTION	66
2.8613-3.0822	0.2677	164	0.219	2975	X-RAY DIFFRACTION	66
3.0822-3.3923	0.2359	137	0.187	2948	X-RAY DIFFRACTION	65
3.3923-3.883	0.2009	165	0.155	2875	X-RAY DIFFRACTION	63
3.883-4.8916	0.1817	213	0.1293	4119	X-RAY DIFFRACTION	89
4.8916-51.9219	0.1837	246	0.1311	4472	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2201	-0.2198	-0.2205	3.9379	0.4242	1.2536	0.0457	-0.0854	-0.5604	0.3311	-0.0682	0.6431	0.0643	-0.2185	0.0078	0.3839	-0.0385	0.0211	0.241	-0.0329	0.3678	29.0617	55.3737	21.8161
2	2.087	2.9657	0.3589	5.3402	-0.6467	6.1618	0.0678	-0.5226	-0.1311	0.7124	-0.1296	-0.6284	0.1093	0.763	0.0096	0.3576	0.0543	-0.171	0.3004	-0.0686	0.3877	50.8814	59.9384	26.3219
3	2.936	-0.2966	-0.3705	2.3219	2.1599	5.0405	0.0015	0.0415	0.0735	-0.0982	0.1471	-0.7638	-0.3092	0.3969	-0.0836	0.2605	-0.0395	0.017	0.222	-0.0668	0.4728	52.9936	64.5055	9.4603
4	1.7689	0.3126	0.1008	3.4425	0.138	0.5726	0.0205	-0.1654	0.4081	0.0754	-0.1047	1.0235	-0.1591	-0.2193	0.0635	0.3324	0.0108	0.0265	0.2937	-0.1318	0.5227	20.6314	75.4345	21.2067
5	2.6689	0.1039	-0.4392	5.2423	-1.8398	3.7525	0.0368	0.1451	0.4236	-0.3282	-0.1304	0.1733	-0.189	-0.0832	0.0622	0.2843	0.0193	-0.0184	0.1792	-0.1314	0.5092	35.3463	81.4337	16.9215
6	8.404	4.7614	0.6649	8.7421	-3.0157	2.3744	-0.3932	0.6853	0.4943	-0.8323	0.2483	0.7701	-0.0143	-0.1435	0.2221	0.4872	0.0247	-0.036	0.3963	-0.102	0.3244	24.7329	64.4607	8.4841

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 13 through 79 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 80 through 116 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 117 through 195 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 196 through 412 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 413 through 519 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 520 through 548 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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