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- PDB-5ijx: Crystal Structure of a C-terminally truncated Coccidioides posada... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ijx
タイトルCrystal Structure of a C-terminally truncated Coccidioides posadasii mitochondrial tyrosyl-tRNA synthetase
要素Tyrosine--tRNA ligase, mitochondrial
キーワードLIGASE / tRNA Aminoacylation / ATP-binding / Tyrosine-tRNA ligase / nucleotide-binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosyl-tRNA synthetase, C-terminal / Tyrosyl-tRNA synthetase C-terminal domain / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. ...Tyrosyl-tRNA synthetase, C-terminal / Tyrosyl-tRNA synthetase C-terminal domain / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / RNA-binding S4 domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TYROSINE / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Coccidioides posadasii
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Lamech, L.T. / Lambowitz, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM37951 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a C-terminally truncated Coccidioides posadasii mitochondrial tyrosyl-tRNA synthetase
著者: Lamech, L.T. / Saoji, M. / Paukstelis, P.J. / Lambowitz, A.M.
履歴
登録2016年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年3月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rsym_value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine--tRNA ligase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3072
ポリマ－44,1261
非ポリマー1811
水28816
1
A: Tyrosine--tRNA ligase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Tyrosine--tRNA ligase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6144
ポリマ－88,2512
非ポリマー3622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2620 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area31760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.173, 75.785, 52.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine--tRNA ligase, mitochondrial / Tyrosyl-tRNA synthetase


分子量: 44125.652 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 47-429 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coccidioides posadasii (strain C735) (菌類)
株: C735 / 遺伝子: CPC735_063460 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3) / 参照: UniProt: C5P455, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10 mM HEPES-NaOH pH 7.0, 8% PEG 3350, 1% isopropanol, 1 mM L-tyrosine, 12% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→30 Å / Num. obs: 12810 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 40.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.63→27.679 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 27.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 622 4.86 %
Rwork0.2064 --
obs0.2079 12802 93.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→27.679 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2791 0 13 16 2820
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022881
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.543910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6131684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003506
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6304-2.89480.32031140.26262459X-RAY DIFFRACTION76
2.8948-3.31310.29981680.23023209X-RAY DIFFRACTION99
3.3131-4.17190.24231750.19613222X-RAY DIFFRACTION100
4.1719-27.68090.20651650.19973290X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.2811 Å / Origin y: 4.4558 Å / Origin z: 16.8284 Å
111213212223313233
T0.554 Å2-0.0067 Å2-0.0143 Å2-0.4729 Å2-0.0697 Å2--0.6059 Å2
L2.9049 °20.0942 °20.7785 °2-1.6528 °20.3326 °2--2.0896 °2
S0.1388 Å °-0.0617 Å °0.0512 Å °-0.1345 Å °-0.257 Å °0.5794 Å °0.0212 Å °-0.2486 Å °0.1027 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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