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- PDB-5ihj: Fusion of Maltose-binding Protein and PilA from Acinetobacter bau... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ihj
タイトルFusion of Maltose-binding Protein and PilA from Acinetobacter baumannii BIDMC57
要素Maltose-binding periplasmic protein,Fimbrial protein
キーワードCELL ADHESION / adhesion / extracellular appendage / fimbriae
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / pilus / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity ...protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / pilus / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / membrane => GO:0016020 / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / cell adhesion / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspH / Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotriose / Fimbrial protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Acinetobacter baumannii 216872 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Piepenbrink, K.H. / Sundberg, E.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Diversity in the Type IV Pili of Multidrug-resistant Acinetobacter.
著者: Piepenbrink, K.H. / Lillehoj, E. / Harding, C.M. / Labonte, J.W. / Zuo, X. / Rapp, C.A. / Munson, R.S. / Goldblum, S.E. / Feldman, M.F. / Gray, J.J. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2016年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22016年11月9日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein,Fimbrial protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,15610
ポリマ－53,0451
非ポリマー1,1119
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.070, 56.636, 49.997
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.600, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein,Fimbrial protein / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 53044.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌), (組換発現) Acinetobacter baumannii 216872 (バクテリア)
株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994, tfpA, J633_2062 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: A0A140QW15
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 81分子

#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Bicine/Trizma pH 8.0 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD 0.06M CaCl 0.06M MgCl 50 mM NaCl 3% EtOH

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データ収集

回折平均測定温度: 107.1 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 23793 / % possible obs: 71.4 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Rpim(I) all: 0.169 / Rrim(I) all: 0.392 / Χ2: 3.498 / Net I/av σ(I): 7.056 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 127780
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.79-1.821.15.6712400.1874.9957.5830.54110.9
1.82-1.851.23780.1870.39316.9
1.85-1.891.31.545770.1871.4242.1030.46926.2
1.89-1.931.41.0777480.0960.9761.4591.20833.2
1.93-1.971.53.0919710.0152.7744.1670.56243.4
1.97-2.021.51.26710700.1831.0471.6520.60547.9
2.02-2.071.71.44912310.1331.2031.8920.6454.2
2.07-2.121.91.22514890.1740.9611.5660.59567.7
2.12-2.182.11.03317140.8871.3695.29175.7
2.18-2.262.31.17918820.2780.8011.4340.79385.2
2.26-2.342.61.12720600.3120.7251.3490.85291.4
2.34-2.433.11.08721310.3620.6521.2760.86395.3
2.43-2.543.71.11421010.4370.5961.2691.06993.4
2.54-2.674.81.20321850.5120.5911.3450.96297.8
2.67-2.845.61.01422020.70.4661.1191.07497.4
2.84-3.065.90.70422010.8310.3170.7741.65898.3
3.06-3.375.80.44521790.8750.2020.4912.32896.3
3.37-3.866.30.27222420.9480.1180.2973.78699.1
3.86-4.8660.18322070.9690.0820.2016.40996.8
4.86-506.20.15322900.9780.0670.16711.0597.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→43.93 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 --
Rwork0.2109 --
obs-23793 94.85 %
原子変位パラメータBiso max: 105.26 Å2 / Biso mean: 28.0943 Å2 / Biso min: 11.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3640 0 69 73 3782
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.279 Å / Num. reflection obs: 2036

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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