PDB-5iga: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iga

タイトル

Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag GOS_1523157, Triple Surface Mutant K158A_K223A_K313A) in complex with co-purified parahydroxybenzoate

要素

TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / P-HYDROXYBENZOIC ACID

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Hogle, S.L. / Dupont, C.L. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag ...
著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Hogle, S.L. / Dupont, C.L. / Almo, S.C.

履歴

登録	2016年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iga.cif.gz	200.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iga.ent.gz	159.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iga.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5iga_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iga_full_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示
XML形式データ	5iga_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	5iga_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5iga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5iga	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i5pS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5i5p-2 5i5p-1 5izz-d 4x8r-1 5i7i-2 4p56-1 5i7i-1 3ae0-2 2pfy-3 6ntp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN

ヘテロ分子

38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.830, 84.470, 46.069
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.220, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN 分子量: 37482.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Gene discovered by metagenome sequencing of ocean samples was synthesized by gibson synthesis. Surface mutants were prepared to potentially enhancing crystallization. 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.27 % / Mosaicity: 0.671 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM 3-(3-hydroxyphenyl)propionic acid); Reservoir (MCSG2 (H4) 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Tris pH 8.5 25 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (20% ...詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM 3-(3-hydroxyphenyl)propionic acid); Reservoir (MCSG2 (H4) 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Tris pH 8.5 25 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (20% diethylene glycol, 80% reservoir)

結晶

マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.27 % / Mosaicity: 0.671 °

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM 3-(3-hydroxyphenyl)propionic acid); Reservoir (MCSG2 (H4) 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Tris pH 8.5 25 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (20% ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54056 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月15日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54056 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→100 Å / Num. obs: 49010 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 13.29 Å² / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.126 / Χ²: 0.975 / Net I/av σ(I): 11.784 / Net I/σ(I): 20.4 / Num. measured all: 164361

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.45-1.48	2	0.165	2297	0.934	0.139	0.217	0.996	92.6
1.48-1.5	2.1	0.145	2332	0.939	0.121	0.19	0.907	94
1.5-1.53	2.1	0.129	2384	0.953	0.107	0.168	0.856	95.3
1.53-1.56	2.2	0.122	2365	0.951	0.101	0.159	0.822	96.3
1.56-1.6	2.3	0.111	2435	0.962	0.089	0.143	0.781	97.1
1.6-1.63	2.3	0.104	2424	0.969	0.082	0.133	0.766	98
1.63-1.67	2.4	0.096	2427	0.97	0.074	0.122	0.684	99.1
1.67-1.72	2.5	0.089	2486	0.974	0.069	0.113	0.631	98.9
1.72-1.77	2.6	0.083	2461	0.977	0.063	0.105	0.57	99.1
1.77-1.83	2.7	0.077	2472	0.981	0.056	0.096	0.526	99.4
1.83-1.89	2.7	0.072	2478	0.986	0.051	0.089	0.512	99.4
1.89-1.97	2.9	0.085	2479	0.981	0.056	0.102	0.735	99.6
1.97-2.06	3.3	0.106	2468	0.976	0.064	0.124	1.033	99.5
2.06-2.17	3.5	0.114	2484	0.974	0.064	0.131	1.184	99.5
2.17-2.3	4	0.131	2465	0.977	0.067	0.148	1.435	99.6
2.3-2.48	4.7	0.151	2501	0.972	0.071	0.167	1.489	99.4
2.48-2.73	5.6	0.153	2478	0.968	0.07	0.168	1.411	99.7
2.73-3.12	6	0.132	2517	0.976	0.059	0.145	1.084	100
3.12-3.94	5.9	0.108	2509	0.983	0.049	0.119	0.929	100
3.94-100	5	0.086	2548	0.986	0.042	0.096	0.531	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-3000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5I5P

5i5p

解像度: 1.45→42.338 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.85

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1429	2523	5.19 %
R_work	0.1196	-	-
obs	0.1208	48637	97.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.86 Å² / B_iso mean: 17.3391 Å² / B_iso min: 5.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.45→42.338 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2408	0	110	478	2996
B_iso mean	-	-	19.65	29	-
残基数	-	-	-	-	320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2544
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.05	3440
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	381
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	440
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.846	940

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4459-1.4737	0.2088	107	0.1628	2275	2382	87
1.4737-1.5038	0.1745	128	0.1486	2443	2571	93
1.5038-1.5365	0.1621	135	0.1295	2515	2650	95
1.5365-1.5723	0.1575	128	0.1233	2488	2616	96
1.5723-1.6116	0.1322	159	0.1183	2529	2688	97
1.6116-1.6551	0.1443	131	0.117	2607	2738	98
1.6551-1.7039	0.1389	150	0.1117	2590	2740	98
1.7039-1.7589	0.1351	152	0.1115	2550	2702	98
1.7589-1.8217	0.1547	156	0.1114	2569	2725	98
1.8217-1.8947	0.1347	139	0.1179	2602	2741	98
1.8947-1.9809	0.1677	133	0.1184	2581	2714	98
1.9809-2.0853	0.1224	146	0.1093	2600	2746	99
2.0853-2.216	0.1442	133	0.1088	2608	2741	99
2.216-2.387	0.1256	141	0.1139	2589	2730	99
2.387-2.6272	0.1189	141	0.1171	2608	2749	99
2.6272-3.0073	0.1455	154	0.1229	2648	2802	100
3.0073-3.7885	0.1452	158	0.1248	2617	2775	100
3.7885-42.3558	0.1518	132	0.1229	2695	2827	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1983	-0.0351	-0.0905	0.1771	0.0507	0.3426	0.0048	0.049	-0.0571	-0.0737	-0.0481	-0.1122	0.0152	0.0134	-0.1268	0.0984	0.0056	0.016	0.1083	0.0158	0.1391	16.0964	-11.4333	3.3877
2	0.0042	-0.0352	-0.0254	0.0471	0.0324	0.0102	-0.0271	0.0042	-0.0238	-0.0082	-0.0048	0.026	0.0306	-0.0326	-0	0.1075	-0.0023	0.0072	0.1058	-0.0074	0.1075	2.5176	-13.6436	8.2195
3	0.0623	-0.0605	-0.1575	0.4958	-0.019	0.1748	-0.0245	-0.0152	0.0234	0.0601	0.0227	0.0144	-0.0138	-0.0096	-0.0002	0.066	-0.0017	0.0042	0.0616	0.001	0.0551	-0.1625	3.0803	15.0231
4	0.0487	-0.0374	-0.0302	0.0216	0.0052	0.025	0.007	0.0175	0.0726	0.0225	-0.0241	0.0356	0.0483	-0.06	0	0.0967	-0.0025	0.0026	0.1376	0.0078	0.1447	-11.7742	4.0449	12.5665
5	0.0688	-0.0981	-0.0181	0.1895	-0.1871	0.1049	0.0115	0.0156	-0.0193	-0.0205	-0.0038	0.0141	0.0016	-0.0364	-0	0.1043	-0.0004	-0.0064	0.1102	-0.0029	0.1044	-3.8724	6.7095	1.918
6	0.1313	0.0385	-0.1057	0.1516	-0.0047	0.3343	-0.0082	-0.0261	-0.0051	0.0545	-0.0671	-0.0956	-0.0093	0.0101	-0.1216	0.0893	-0.0011	-0.0124	0.0986	0.0189	0.1297	17.2583	-13.5386	15.469
7	0.0549	-0.0734	0.0309	0.0725	0.0281	0.0986	0.0227	0.0567	0.075	0.0127	-0.0609	-0.0982	-0.0333	0.0789	-0.0049	0.1091	0.0005	0.0003	0.1153	0.0094	0.1191	7.3484	10.6383	4.1242
8	0.0455	-0.0511	-0.0706	0.033	0.0539	0.0929	-0.0742	0.0212	0.0031	0.0429	0.1504	0.156	-0.0652	-0.1865	0	0.171	0.0058	0.0283	0.1462	0.0069	0.1381	-8.7182	9.6187	23.3289
9	0.181	-0.0312	-0.0154	0.1101	0.065	0.002	-0.0579	-0.2932	-0.0591	0.2297	0.0025	-0.1228	-0.0044	0.1516	-0.0082	0.1545	-0.0019	-0.0118	0.1428	-0.009	0.1253	5.5504	6.7904	27.5811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 23 through 65 )	A	23 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 66 through 95 )	A	66 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 96 through 172 )	A	96 - 172
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 173 through 190 )	A	173 - 190
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 191 through 237 )	A	191 - 237
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 238 through 264 )	A	238 - 264
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 265 through 297 )	A	265 - 297
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 298 through 322 )	A	298 - 322
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 323 through 342 )	A	323 - 342

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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