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Yorodumi- PDB-5iga: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding prot... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5iga | ||||||
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Title | Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag GOS_1523157, Triple Surface Mutant K158A_K223A_K313A) in complex with co-purified parahydroxybenzoate | ||||||
Components | TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN | ||||||
Function / homology | Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / P-HYDROXYBENZOIC ACID Function and homology information | ||||||
Biological species | uncultured bacterium (environmental samples) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45 Å | ||||||
Authors | Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Hogle, S.L. / Dupont, C.L. / Almo, S.C. | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag GOS_ ...Title: Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag GOS_1523157, Triple Surface Mutant K158A_K223A_K313A) in complex with co-purified parahydroxybenzoate Authors: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Hogle, S.L. / Dupont, C.L. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5iga.cif.gz | 200.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5iga.ent.gz | 159.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5iga.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5iga_validation.pdf.gz | 455.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5iga_full_validation.pdf.gz | 455.8 KB | Display | |
Data in XML | 5iga_validation.xml.gz | 17.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5iga_validation.cif.gz | 28.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5iga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5iga | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5i5pS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37482.891 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Gene discovered by metagenome sequencing of ocean samples was synthesized by gibson synthesis. Surface mutants were prepared to potentially enhancing crystallization. Source: (gene. exp.) uncultured bacterium (environmental samples) Plasmid: pET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-PEG / #3: Chemical | ChemComp-TRS / | #4: Chemical | ChemComp-PHB / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 35.27 % / Mosaicity: 0.671 ° |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM 3-(3-hydroxyphenyl)propionic acid); Reservoir (MCSG2 (H4) 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Tris pH 8.5 25 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (20% ...Details: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM 3-(3-hydroxyphenyl)propionic acid); Reservoir (MCSG2 (H4) 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Tris pH 8.5 25 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (20% diethylene glycol, 80% reservoir) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54056 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 200K / Detector: PIXEL / Date: Feb 15, 2016 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54056 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.45→100 Å / Num. obs: 49010 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 13.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 0.975 / Net I/av σ(I): 11.784 / Net I/σ(I): 20.4 / Num. measured all: 164361 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5I5P Resolution: 1.45→42.338 Å / SU ML: 0.1 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 12.85
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.86 Å2 / Biso mean: 17.3391 Å2 / Biso min: 5.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.45→42.338 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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