PDB-5ig1: Crystal structure of S. rosetta CaMKII kinase domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ig1

タイトル

Crystal structure of S. rosetta CaMKII kinase domain

要素

CAMK/CAMK2 protein kinase

キーワード

TRANSFERASE / Ca2+/CaM-dependent kinase / choanoflagellate

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular anatomical entity / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / protein phosphorylation / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salpingoeca rosetta (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Bhattacharyya, M. / Gee, C.L. / Barros, T. / Kuriyan, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Molecular mechanism of activation-triggered subunit exchange in Ca(2+)/calmodulin-dependent protein kinase II.
著者: Bhattacharyya, M. / Stratton, M.M. / Going, C.C. / McSpadden, E.D. / Huang, Y. / Susa, A.C. / Elleman, A. / Cao, Y.M. / Pappireddi, N. / Burkhardt, P. / Gee, C.L. / Barros, T. / Schulman, H. ...

履歴

登録	2016年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月6日	Group: Structure summary
改定 1.2	2016年7月13日	Group: Data collection
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ig1.cif.gz	262 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ig1.ent.gz	211.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ig1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ig1_validation.pdf.gz	453.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ig1_full_validation.pdf.gz	462.9 KB	表示
XML形式データ	5ig1_validation.xml.gz	22.8 KB	表示
CIF形式データ	5ig1_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5ig1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5ig1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ig0C 5ig3C 5ig4C 5ig5C 2bdwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7jy4-d 2vz6-2 2vz6-1 3dv3-d 3f5p-9 3vvh-1 4ans-d 5vlo-2 4cmu-d 4ztm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: CAMK/CAMK2 protein kinase

B: CAMK/CAMK2 protein kinase

ヘテロ分子

78.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CAMK/CAMK2 protein kinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CAMK/CAMK2 protein kinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.031, 100.031, 123.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

詳細

As per the authors the biological assembly is unknown

#1: タンパク質	CAMK/CAMK2 protein kinase 分子量: 39150.066 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-330 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Salpingoeca rosetta (真核生物) / 株: ATCC 50818 / BSB-021 / 遺伝子: PTSG_10090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2UPG5
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH 6.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日 / 詳細: M1: parabola M2: torroid
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→46.58 Å / Num. obs: 27096 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 51.72 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_sym value: 0.103 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BDW

2bdw

解像度: 2.9→46.58 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 25.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2243	1319	4.86 %
R_work	0.1826	-	-
obs	0.1847	25737	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4870	0	15	35	4920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5000
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.599	6765
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.88	3025
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	737
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	866

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9001-2.9559	0.3019	120	0.3121	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9559-3.0162	0.3733	122	0.2909	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0162-3.0817	0.3631	150	0.2822	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0817-3.1534	0.3099	128	0.2615	2818	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1534-3.2323	0.3317	160	0.2425	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2323-3.3196	0.2914	134	0.219	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3196-3.4173	0.2536	150	0.2198	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4173-3.5275	0.2705	146	0.2023	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5275-3.6536	0.2293	130	0.1959	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6536-3.7998	0.2364	152	0.1861	2801	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7998-3.9726	0.1813	122	0.1634	2846	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9726-4.182	0.1923	147	0.1481	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
4.182-4.4438	0.1811	125	0.1364	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4438-4.7866	0.1591	180	0.1332	2779	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7866-5.2677	0.1657	160	0.1466	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2677-6.0285	0.2385	134	0.1839	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0285-7.59	0.2121	156	0.1817	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
7.59-46.5858	0.2341	166	0.1708	2785	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.993	0.8635	0.4996	7.0002	1.2902	3.3288	-0.34	0.4524	0.3823	-0.9034	0.096	0.4985	-0.2143	-0.2856	0.1274	0.4686	0.0257	-0.1125	0.3315	0.0359	0.3903	-15.9371	28.4421	-15.1608
2	4.3277	0.2248	1.9628	0.9039	-0.4283	2.8634	-0.2674	-0.2077	0.5257	-0.0857	0.0221	0.0923	-0.3056	-0.168	0.2652	0.3548	0.0804	0.0159	0.3062	-0.03	0.279	-10.3456	23.6522	0.5744
3	6.594	0.5254	1.1268	2.3028	-0.4171	2.0131	0.0961	-0.9218	-1.0006	0.1474	-0.0163	0.0204	0.2037	-0.3184	-0.0576	0.33	0.0816	0.0484	0.5139	0.09	0.3293	-7.5615	10.0883	11.6921
4	2.0124	4.779	6.5426	8.2349	2.0607	9.2666	0.4602	1.0313	-0.2923	-0.7953	0.1033	-0.7362	0.6438	0.0123	-0.6774	0.5055	0.1306	0.1191	0.5885	-0.0861	0.3747	5.2815	9.2179	-1.6109
5	5.5929	-1.9508	1.3312	2.0216	0.8672	5.2353	-0.1317	0.7979	-0.803	-0.1933	-0.2726	0.9077	0.0403	-0.6178	0.3263	0.5202	0.0245	0.0963	0.8773	0.0237	0.7512	-40.5391	9.6215	-1.3748
6	2.8389	0.976	-2.6914	1.5329	-0.565	2.625	-0.3654	-0.1711	-1.1323	-0.0014	-0.1052	-0.421	0.3615	-0.0603	0.3783	0.3779	0.0346	0.0152	0.8234	0.1901	0.9011	-40.4532	4.266	13.7734
7	6.5079	1.2787	-0.173	1.7801	-1.5401	1.7058	-0.4314	-0.8736	-1.7509	0.0677	0.0363	-0.2137	0.0656	-0.0081	0.351	0.4234	-0.0253	0.1262	0.7478	0.2991	0.7747	-54.9617	0.98	22.4106
8	1.8887	-1.8528	0.5202	2.0069	0.4502	4.5231	-0.4306	-0.7888	-2.2712	-0.0434	-0.6001	-0.4612	1.7862	-0.0117	-0.0978	0.7543	0.1895	0.2994	1.0873	0.9637	2.1985	-48.7115	-13.4248	28.161
9	3.4932	-4.0066	-0.5745	6.4089	0.4475	2.9007	-0.2661	-1.1781	-1.579	0.202	0.0114	-0.9982	0.6718	0.5944	0.093	0.748	0.1459	0.3002	1.2711	0.641	2.0199	-36.4785	-11.8724	26.1004

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 55 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 56 through 156 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 157 through 286 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 287 through 302 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 30 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 31 through 156 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 157 through 195 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 196 through 265 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 266 through 302 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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