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万見
- PDB-5ifn: Human PSPC1 Homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ifn
タイトルHuman PSPC1 Homodimer
要素Paraspeckle component 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / DBHS protein RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


paraspeckles / non-membrane-bounded organelle assembly / activation of innate immune response / regulation of circadian rhythm / fibrillar center / nuclear matrix / rhythmic process / nuclear speck / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription ...paraspeckles / non-membrane-bounded organelle assembly / activation of innate immune response / regulation of circadian rhythm / fibrillar center / nuclear matrix / rhythmic process / nuclear speck / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PSP1, RNA recognition motif 1 / PSP1, RNA recognition motif 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1170 / NOPS / NOPS (NUC059) domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / RRM (RNA recognition motif) domain / Helix non-globular / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...PSP1, RNA recognition motif 1 / PSP1, RNA recognition motif 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1170 / NOPS / NOPS (NUC059) domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / RRM (RNA recognition motif) domain / Helix non-globular / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Special / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Paraspeckle component 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Knott, G.J. / Passon, D.M. / Bond, C.S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human PSPC1 Homodimer
著者: Knott, G.J. / Passon, D.M. / Bond, C.S.
履歴
登録2016年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Paraspeckle component 1
B: Paraspeckle component 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8862
ポリマ－59,8862
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10020 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area27310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.536, 63.493, 67.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Paraspeckle component 1 / Paraspeckle protein 1


分子量: 29943.121 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 61-320 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSPC1, PSP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WXF1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM (D/L) malic acid pH 7.0 28% PEG 3350 100 mM Tris pH 7.0
Temp details: +/- 0.5 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→19.41 Å / Num. obs: 8738 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 62.07 Å2 / Net I/σ(I): 5.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SDE

3sde


解像度: 3.17→19.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8233 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.608
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2889 413 4.73 %RANDOM
Rwork0.2368 ---
obs0.2393 8738 98.05 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.7669 Å20 Å22.9385 Å2
2---24.356 Å20 Å2
3---3.5891 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.653 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.17→19.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4112 0 0 0 4112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094193HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.135641HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1545SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes122HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes604HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4193HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.92
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion529SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4798SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.17→3.54 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2912 114 4.55 %
Rwork0.2566 2390 -
all0.2583 2504 -
obs--98.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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