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- PDB-3sde: Crystal structure of a paraspeckle-protein heterodimer, PSPC1/NONO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sde
タイトルCrystal structure of a paraspeckle-protein heterodimer, PSPC1/NONO
要素
  • Non-POU domain-containing octamer-binding protein
  • Paraspeckle component 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RRM / anti parallel right handed coiled-coil / NOPS / DBHS / RNA binding (リボ核酸) / long non-coding RNA (長鎖ノンコーディングRNA) / mRNA (伝令RNA) / Paraspeckle / Nucleus (Nucleus)
機能・相同性
機能・相同性情報


non-membrane-bounded organelle assembly / paraspeckles / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lncRNA binding / cellular response to angiotensin / activation of innate immune response / RNA splicing / regulation of circadian rhythm / 転写後修飾 / 核小体 ...non-membrane-bounded organelle assembly / paraspeckles / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lncRNA binding / cellular response to angiotensin / activation of innate immune response / RNA splicing / regulation of circadian rhythm / 転写後修飾 / 核小体 / nuclear matrix / 概日リズム / RNA polymerase II transcription regulator complex / rhythmic process / 染色体 / cellular response to hypoxia / DNA recombination / nuclear speck / DNA修復 / 自然免疫系 / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PSP1, RNA recognition motif 1 / PSP1, RNA recognition motif 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1170 / p54nrb, RNA recognition motif 1 / NOPS / NOPS (NUC059) domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / RRM (RNA recognition motif) domain / Helix non-globular / RNA認識モチーフ ...PSP1, RNA recognition motif 1 / PSP1, RNA recognition motif 2 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1170 / p54nrb, RNA recognition motif 1 / NOPS / NOPS (NUC059) domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / RRM (RNA recognition motif) domain / Helix non-globular / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Special / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-POU domain-containing octamer-binding protein / Paraspeckle component 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Passon, D.M. / Lee, M. / Bond, C.S.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure of the heterodimer of human NONO and paraspeckle protein component 1 and analysis of its role in subnuclear body formation.
著者: Passon, D.M. / Lee, M. / Rackham, O. / Stanley, W.A. / Sadowska, A. / Filipovska, A. / Fox, A.H. / Bond, C.S.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: PSPC1/NONO, a paraspeckle-specific heterodimer: from optimisation of C-terminus to diffraction-quality crystals
著者: Lee, M. / Passon, D.M. / Fox, A.H. / Bond, C.S.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallisation of a paraspeckle protein PSPC1/NONO heterodimer
著者: Passon, D.M. / Lee, M. / Fox, A.H. / Bond, C.S.
履歴
登録2011年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Paraspeckle component 1
B: Non-POU domain-containing octamer-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,96213
ポリマ－60,2792
非ポリマー68311
水7,873437
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10430 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area27480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.900, 67.180, 94.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Paraspeckle component 1 / / Paraspeckle protein 1


分子量: 30000.178 Da / 分子数: 1 / 断片: DBHS domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSPC1, PSP1 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q8WXF1
#2: タンパク質 Non-POU domain-containing octamer-binding protein / NonO protein / 54 kDa nuclear RNA- and DNA-binding protein / 55 kDa nuclear protein / DNA-binding ...NonO protein / 54 kDa nuclear RNA- and DNA-binding protein / 55 kDa nuclear protein / DNA-binding p52/p100 complex / 52 kDa subunit / NMT55 / p54(nrb) / p54nrb


分子量: 30278.721 Da / 分子数: 1 / 断片: DBHS domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NONO, NRB54 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q15233
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.3547.59
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.528% PEG 3350, 0.5 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法5.518% PEG 3350, 0.5 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.97973, 0.97963, 0.95372
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月15日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979731
20.979631
30.953721
反射解像度: 1.9→19.83 Å / Num. all: 43472 / Num. obs: 43472 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 34.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 6235 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
BUSTER2.8.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9271 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.9 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2206 5.07 %RANDOM
Rwork0.1832 ---
obs0.1855 43468 --
all-43468 --
原子変位パラメータBiso mean: 42.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.5787 Å20 Å24.2396 Å2
2--4.1891 Å20 Å2
3---6.3897 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.228 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4006 0 44 437 4487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014133HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.055536HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_sintor_deg17.531541SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_d0.0078124HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_plan_d0.0158591HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_bcor_d21.5474133HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.52
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2787 157 4.97 %
Rwork0.2357 3004 -
all0.238 3161 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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