PDB-5ifm: Human NONO (p54nrb) Homodimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ifm

タイトル

Human NONO (p54nrb) Homodimer

要素

Non-POU domain-containing octamer-binding protein

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / DBHS protein RNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

paraspeckles / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / activation of innate immune response / RNA splicing / regulation of circadian rhythm / mRNA processing / fibrillar center / nuclear matrix / circadian rhythm / RNA polymerase II transcription regulator complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Knott, G.J. / Bond, C.S.

資金援助

オーストラリア, 3件

組織	認可番号	国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	1048659	オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)	1050585	オーストラリア
ARCDP	DP160102435	オーストラリア

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: A crystallographic study of human NONO (p54(nrb)): overcoming pathological problems with purification, data collection and noncrystallographic symmetry.
著者: Knott, G.J. / Panjikar, S. / Thorn, A. / Fox, A.H. / Conte, M.R. / Lee, M. / Bond, C.S.

履歴

登録	2016年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ifm.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ifm.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ifm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ifm_validation.pdf.gz	556.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ifm_full_validation.pdf.gz	590.7 KB	表示
XML形式データ	5ifm_validation.xml.gz	102.9 KB	表示
CIF形式データ	5ifm_validation.cif.gz	139.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5ifm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ca5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7lrq-d 4r9t-d 1z0a-d 338 5kod-3 2j1g-2 4wii-d 2zw4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

B: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

C: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

D: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

E: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

F: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

G: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

H: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

I: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

J: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

K: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

L: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

ヘテロ分子

364 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

B: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

D: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

F: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

H: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

I: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

J: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

K: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

L: Non-POU domain-containing octamer-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.150, 407.177, 68.961
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.750, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	Non-POU domain-containing octamer-binding protein / NonO protein / 54 kDa nuclear RNA- and DNA-binding protein / 55 kDa nuclear protein / DNA-binding ...NonO protein / 54 kDa nuclear RNA- and DNA-binding protein / 55 kDa nuclear protein / DNA-binding p52/p100 complex / 52 kDa subunit / NMT55 / p54(nrb) / p54nrb 分子量: 30204.580 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 53-312 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NONO, NRB54 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NONO / Variant (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q15233

#1: タンパク質

Non-POU domain-containing octamer-binding protein / NonO protein / 54 kDa nuclear RNA- and DNA-binding protein / 55 kDa nuclear protein / DNA-binding ...

分子量: 30204.580 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 53-312 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NONO, NRB54 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NONO / Variant (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q15233

-
非ポリマー , 5種, 215分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE / プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 8.0 and 20% w/v PEG 3350 / Temp details: +/- 0.5 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.826 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.826 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→48.15 Å / Num. obs: 110370 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2.6→2.65 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.742 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
BUSTER-TNT	2.10.0	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CA5

5ca5

解像度: 2.6→48.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9174 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8894 / SU R Cruickshank DPI: 0.858 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.647 / SU R_free Blow DPI: 0.279 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.292
詳細: Autoncs restraints TLS restraints AutomaticFormfactorCorrection

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2337	5520	5 %	RANDOM
R_work	0.1974	-	-	-
obs	0.1992	110365	98.66 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 190.01 Å² / B_iso mean: 65.87 Å² / B_iso min: 12.01 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.6 Å²	0 Å²	3.3769 Å²
2-	-	-7.5908 Å²	0 Å²
3-	-	-	13.1908 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.441 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→48.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25029	0	60	194	25283
B_iso mean	-	-	60.63	37.34	-
残基数	-	-	-	-	3077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	9593	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	775	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	3650	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	25587	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	3130	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	27166	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	25587	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	34326	HARMONIC	2	1.17
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.83
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				21.09

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2971	391	4.94 %
R_work	0.2707	7519	-
all	0.2721	7910	-
obs	-	-	98.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5768	-0.3232	0.1985	1.0453	-0.242	0.8817	-0.0376	-0.2559	-0.0043	-0.044	0.0853	0.0935	0.1443	-0.046	-0.0477	-0.2654	-0.0615	-0.12	-0.306	0.042	-0.1267	-7.8883	-31.6098	37.3454
2	1.1326	-0.0008	0.9977	1.001	-0.457	0.9192	-0.021	-0.1732	-0.0579	-0.0821	-0.0313	0.022	0.0727	-0.2092	0.0522	-0.2671	-0.0346	-0.0901	-0.2097	0.0021	-0.0957	-3.7568	-20.6122	34.9369
3	1.3763	0.2598	0.1169	1.0572	-0.0073	0.4991	0.0117	-0.0213	0.0476	0.069	-0.0012	-0.0241	-0.1043	0.0318	-0.0105	-0.2453	0.0232	-0.0841	-0.3039	0.0322	-0.1403	28.1271	5.7004	4.3647
4	0.9354	0.1556	-0.0673	0.8929	-0.1959	0.7115	0.105	-0.0171	-0.0239	0.0366	-0.0571	-0.1432	-0.0694	-0.1271	-0.0479	-0.2579	0.0089	-0.1598	-0.2519	0.0325	-0.1171	32.1691	-5.0774	7.2082
5	1.2067	-0.614	-0.4042	3.4567	0.3586	1.2966	-0.0571	0.0338	-0.1306	-0.5108	0.0369	0.1004	-0.0348	-0.2214	0.0202	-0.2195	-0.1081	-0.0663	-0.4291	0.0671	-0.2231	23.2209	-57.7617	32.0326
6	0.8027	-0.2942	-0.6309	3.464	0.6018	1.1968	-0.1464	0.2868	-0.1683	-0.3102	0.023	0.4781	0.0561	-0.0816	0.1234	-0.2514	-0.0902	-0.0294	-0.4205	0.0355	-0.1362	19.7048	-68.5446	35.2464
7	1.4707	0.8492	0.531	2.6045	0.2815	1.2509	0.1367	0.0051	0.1354	0.4064	-0.0819	0.0206	-0.0223	-0.1232	-0.0549	-0.235	0.0552	0.0449	-0.4497	0.0722	-0.234	60.3251	32.1609	7.3674
8	1.8805	1.1235	0.907	2.609	0.1342	1.076	-0.0785	-0.1666	0.283	-0.0364	-0.0593	0.3789	-0.1743	0.0022	0.1377	-0.1907	0.0672	0.0244	-0.479	0.0224	-0.1519	56.7453	42.527	3.1345
9	0.631	0.1729	0.1361	1.836	0.9738	2.5153	0.0427	-0.0129	-0.0377	0.0359	0.1737	-0.2109	0.1791	0.3666	-0.2164	-0.232	-0.0311	0.1351	-0.5094	-0.0143	-0.1266	30.713	-95.137	6.4861
10	0.3668	0.9255	0.9761	2.7199	0.479	2.7937	0.1974	0.2171	-0.1471	0.1954	0.0785	-0.4258	0.3997	0.2697	-0.2759	-0.1929	-0.0064	0.0299	-0.4665	-0.0051	-0.1114	27.8468	-106.128	10.4972
11	0.447	0.0177	0.0353	1.787	0.5852	2.2826	0.0126	-0.0102	-0.0604	0.0219	0.0753	-0.1797	-0.2156	-0.0068	-0.0879	-0.2112	-0.0258	0.0218	-0.4585	0	-0.1264	68.7134	71.806	27.3139
12	1.2523	-0.5049	0.0181	1.7684	0.2111	1.6928	0.0455	-0.0946	0.2185	-0.0074	-0.0355	-0.1209	-0.4	0.0584	-0.0099	-0.0629	-0.0421	0.0505	-0.473	0.0009	-0.1013	65.4054	82.2909	22.1375

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	53 - 306
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	54 - 312
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	53 - 308
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	52 - 308
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	53 - 308
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }	F	54 - 308
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }	G	53 - 307
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ H\|* }	H	54 - 310
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ I\|* }	I	53 - 307
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ J\|* }	J	54 - 312
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ K\|* }	K	54 - 312
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ L\|* }	L	53 - 307

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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