PDB-5if9: Crystal Structure of Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase from Myc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5if9

タイトル

Crystal Structure of Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase from Mycobacterium smegmatis with bound ATP analog and Magnesium

要素

Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase

キーワード

LIGASE / SSGCID / COBYRINIC ACID A / C-DIAMIDE SYNTHASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase from Mycobacterium smegmatis with bound ATP analog and Magnesium
著者: Davies, D.R. / Dranow, D.M. / Abendroth, J.A. / SSGCID

履歴

登録	2016年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月15日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2016年7月6日	Group: Structure summary
改定 1.3	2016年7月13日	Group: Data collection
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5if9.cif.gz	208.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5if9.ent.gz	165.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5if9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5if9_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5if9_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5if9_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	5if9_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5if9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/5if9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ihpC 4pfsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4j89-2 5b61-1 3evp-d 3st3-3 1yhg-2 2awj-d 5b61-5 5b61-3 1c4f-d 2emn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MysmA.11416.b

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リンク

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase

B: Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase

ヘテロ分子

59.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.400, 88.400, 120.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Cobyrinic Acid a,c-diamide synthase 分子量: 29378.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_1927 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QTQ5
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: EBS INTERNAL TRACKING NUMBER 500 MM NACL, 2 MM DTT, 0.025% SODIUM AZIDE, 5% GLYCEROL, 0.4 UL X 0.4 UL DROP WITH JCSG SCREEN CONDITION F3: 20% (V/V) MPD, 100 MM TRIS PH 8.0; 3 DAY SOAK WITH 5 ...詳細: EBS INTERNAL TRACKING NUMBER 500 MM NACL, 2 MM DTT, 0.025% SODIUM AZIDE, 5% GLYCEROL, 0.4 UL X 0.4 UL DROP WITH JCSG SCREEN CONDITION F3: 20% (V/V) MPD, 100 MM TRIS PH 8.0; 3 DAY SOAK WITH 5 MM AMPPNP + 5 MM MGCL2; 20% ETHYLENE GLYCOL CRYOPROTECTANT PH範囲: 8

結晶

マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.5 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: EBS INTERNAL TRACKING NUMBER 500 MM NACL, 2 MM DTT, 0.025% SODIUM AZIDE, 5% GLYCEROL, 0.4 UL X 0.4 UL DROP WITH JCSG SCREEN CONDITION F3: 20% (V/V) MPD, 100 MM TRIS PH 8.0; 3 DAY SOAK WITH 5 ...
PH範囲: 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 44831 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.12 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.12
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 8.18 % / R_merge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 3.73 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2328: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PFS

4pfs

解像度: 1.8→44.2 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1914	2035	4.54 %
R_work	0.1601	-	-
obs	0.1615	44830	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3639	0	64	422	4125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3786
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.831	5194
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.371	2284
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	644
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	664

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7999-1.8418	0.2105	132	0.1951	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8418-1.8878	0.2374	126	0.1855	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8878-1.9389	0.2062	138	0.1732	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9389-1.9959	0.2283	121	0.1702	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9959-2.0604	0.19	149	0.1668	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0604-2.134	0.2089	141	0.1652	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.134-2.2194	0.2122	138	0.1593	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2194-2.3204	0.2021	129	0.1551	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3204-2.4428	0.1989	162	0.1615	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4428-2.5958	0.1802	141	0.1633	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5958-2.7962	0.1863	123	0.1702	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7962-3.0775	0.1995	111	0.168	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0775-3.5227	0.2025	138	0.1545	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5227-4.4375	0.1713	133	0.1423	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4375-44.2133	0.1672	153	0.1559	3080	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.036	-0.0479	0.056	2.4037	0.0645	2.7557	0.0265	-0.099	-0.1909	0.165	0.0123	-0.0749	0.3094	0.1189	-0.0252	0.1049	-0.0034	-0.0227	0.1084	0.0111	0.129	21.009	0.2774	7.0828
2	3.3466	-0.8124	-0.1351	3.8817	-0.4751	4.284	-0.01	-0.2517	-0.0398	0.1654	0.0435	-0.0112	0.0928	-0.0666	-0.0385	0.0905	-0.0092	-0.0045	0.1477	0.0006	0.0745	20.7354	8.2798	17.5926
3	3.9267	0.3809	-0.0835	0.6798	1.1296	2.018	-0.028	-0.0574	0.3601	-0.009	0.0562	-0.2176	-0.1195	0.2936	-0.0252	0.0965	-0.0409	-0.0264	0.1833	0.0209	0.1562	28.1907	12.5184	10.1155
4	1.0525	-0.16	0.2497	3.0756	0.5776	3.2006	0.0587	-0.0386	-0.1007	-0.1652	-0.008	0.0501	0.015	0.0646	-0.0545	0.097	-0.0057	0.0102	0.1251	0.0008	0.1081	22.5362	6.3461	-4.3109
5	2.5595	1.9335	0.6599	4.9486	0.7621	1.8843	0.0216	0.1152	-0.1028	-0.2577	0.0075	0.1629	0.0964	0.0802	-0.0331	0.1344	0.0301	0.0074	0.1475	-0.0236	0.1389	22.707	-1.0367	-9.0678
6	2.7009	0.7115	0.0216	2.5951	-0.2978	4.0327	-0.0808	0.0647	-0.5516	0.119	0.0307	-0.3982	0.7274	0.5095	0.0723	0.2579	0.0913	-0.0234	0.1882	-0.0091	0.3219	28.4191	-10.9163	-1.6061
7	2	2	2	2	-9.7151	2	2.5427	-3.1208	-2.5883	11.217	-4.1435	0.0261	1.5776	0.126	1.5948	0.8327	-0.079	0.395	0.3239	-0.0075	0.5419	30.491	-9.9353	-17.2777
8	1.9111	0.7249	0.54	1.3322	-0.5933	2.8089	0.1299	-0.2469	0.007	0.1509	-0.1031	0.0664	0.0165	-0.2341	-0.0172	0.1336	-0.0594	0.0048	0.1994	-0.0438	0.1477	48.5886	22.3315	18.9587
9	2.0585	0.8659	0.0341	1.3758	0.3967	3.1907	0.1926	-0.3216	-0.196	0.3681	-0.2266	0.0939	0.3087	-0.4501	0.0425	0.276	-0.1889	0.0112	0.3258	0.0081	0.1818	47.6776	13.3213	28.593
10	1.8065	-1.362	-1.9537	4.209	3.957	6.5773	0.0703	-0.3703	-0.0755	0.4001	0.1169	-0.5514	0.4693	0.6334	-0.1936	0.252	-0.0446	-0.0755	0.2113	0.0699	0.2393	60.9208	11.3813	26.53
11	3.0795	0.4334	-0.1097	0.894	-0.6907	2.4123	0.1477	-0.1703	0.0014	0.0781	-0.1907	-0.0663	-0.1093	0.0231	0.0377	0.1323	-0.0532	-0.0073	0.146	-0.0299	0.1105	57.483	23.8205	17.0959
12	3.3433	1.2666	-0.5824	2.0487	0.1947	2.8536	0.013	-0.2752	-0.4086	-0.0815	-0.2551	-0.6385	-0.0721	0.3062	0.1976	0.1401	-0.0377	0.0298	0.2143	0.0203	0.2022	68.8145	24.1455	14.023
13	4.3172	-0.8702	-0.1896	2.5264	-0.0575	2.1399	0.2	0.1302	0.7624	-0.3859	-0.2193	-0.3902	-0.5553	0.0927	0.0529	0.2813	-0.0313	0.0329	0.1505	0.0066	0.263	58.5629	34.9437	9.3483
14	5.5532	0.736	1.4947	5.3713	0.4042	5.4805	-0.012	-0.142	0.1235	-0.0249	-0.0993	0.2535	-0.46	-0.144	0.0643	0.201	-0.0425	-0.0071	0.0756	-0.0133	0.142	53.185	34.9812	9.1298
15	2.6416	-0.8607	-1.241	4.7311	0.688	4.4815	-0.1129	-0.0064	0.0607	-0.203	0.106	0.2883	0.0931	-0.2236	0.0034	0.1358	-0.0515	-0.0361	0.1746	0.0084	0.1111	48.2284	25.9715	3.7128
16	2	2	2	4.262	5.8545	8.2142	-0.0711	-3.5832	-1.4859	4.7827	-1.2069	-0.4235	3.6326	-1.5916	1.2742	0.7198	0.0139	-0.0983	0.709	0.2591	0.3579	54.2639	39.0622	-0.6598

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 60 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 61 through 95 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 96 through 132 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 133 through 164 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 165 through 242 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 243 through 269 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 270 through 270 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 9 through 60 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 61 through 95 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 96 through 122 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 123 through 164 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 165 through 177 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 178 through 210 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 211 through 242 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 243 through 268 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 269 through 269 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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