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- PDB-5if8: Crystal structure of polymerase acid protein (PA) from Influenza ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5if8
タイトルCrystal structure of polymerase acid protein (PA) from Influenza A virus, WILSON-SMITH/1933 (H1N1) bound to fragment hit EBSI-2643 5-[(4-chlorophenyl)methyl]-1,3,4-oxadiazol-2-amine
要素Polymerase acidic protein
キーワードVIRAL PROTEIN / NIAID / structural genomics / flu / fragment screening / STD NMR / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase activity / negative regulation of viral transcription / negative stranded viral RNA replication / negative regulation of viral genome replication / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / protein import into nucleus / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 ...RNA polymerase activity / negative regulation of viral transcription / negative stranded viral RNA replication / negative regulation of viral genome replication / cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / protein import into nucleus / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6AX / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fragment screening by STD NMR identifies novel site binders against influenza A virus polymerase PA
著者: Pierce, P. / Muruthi, M.M. / Abendroth, J. / Moen, S.O. / Begley, D.W. / Davies, D.R. / Marathias, V.M. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5746
ポリマ－53,0971
非ポリマー4775
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area850 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area19240 Å2
2
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子

A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,14812
ポリマ－106,1932
非ポリマー95510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_445-y-1,-x-1,-z+1/61
Buried area5060 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area35130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.780, 68.780, 396.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 53096.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (strain A/Wilson-Smith/1933 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Wilson-Smith/1933 H1N1 / 遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15659

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非ポリマー , 6種, 102分子

#2: 化合物 ChemComp-6AX / 5-[(4-chlorophenyl)methyl]-1,3,4-oxadiazol-2-amine


分子量: 209.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8ClN3O
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 mg/mL protein against Morpheus screen condition A2 10% PEG 8000, 20% EG, 0.03 M each divalent cation, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, crystal tracking ID 254988a2, unique puck ID wbm4-4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.99985 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→41.025 Å / Num. obs: 25953 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 47.4 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 29.97
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.360.5043.941100
2.36-2.420.4334.531100
2.42-2.490.3285.951100
2.49-2.570.2627.571100
2.57-2.660.2428.151100
2.66-2.750.18910.61199.9
2.75-2.850.13114.291100
2.85-2.970.10717.851100
2.97-3.10.07524.071100
3.1-3.250.06128.441100
3.25-3.430.04836.391100
3.43-3.640.03746.041100
3.64-3.890.03153.671100
3.89-4.20.02463.44199.9
4.2-4.60.02271.92199.9
4.6-5.140.01975.81100
5.14-5.940.0270.84199.9
5.94-7.270.01872.69199.9
7.27-10.290.01682.27196.8
10.29-41.0250.01776.11181

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.3→41.025 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 1230 4.74 %
Rwork0.1823 --
obs0.1846 25953 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.03 Å2 / Biso mean: 59.2954 Å2 / Biso min: 25.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→41.025 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3110 0 43 97 3250
Biso mean--89.11 54.11 -
残基数----402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083247
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8724389
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3171968
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.39220.26841290.218226482777100
2.3922-2.50110.21521330.201726652798100
2.5011-2.63290.24861320.198726992831100
2.6329-2.79780.31280.204926882816100
2.7978-3.01380.22341450.193327182863100
3.0138-3.3170.21831200.197927592879100
3.317-3.79660.2731460.177527632909100
3.7966-4.78220.20451650.154127852950100
4.7822-41.03150.2231320.18582998313097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4208-0.17020.80832.3218-0.3373.1013-0.0297-0.0575-0.2596-0.2461-0.0729-0.21120.3691-0.01050.13810.39840.09670.11670.23610.08880.3797-15.8444-36.770452.9063
20.9222-0.29391.75963.9803-0.74593.1147-0.3402-0.42740.03480.58330.3040.66360.1882-0.5798-0.10950.530.14880.17290.41180.13110.5013-24.2951-40.472868.8766
31.1526-0.61090.01662.8145-0.45683.2166-0.03080.19590.2061-0.14440.00060.0307-0.6615-0.3427-0.00880.47320.160.0990.38460.08640.4095-19.0544-21.53349.064
40.9324-0.3065-0.06051.914-0.54563.6522-0.01490.08550.1667-0.17390.0309-0.0904-0.3932-0.19130.02160.40540.13020.10080.27910.08050.379-17.369-25.624949.2208
51.88570.0305-1.07490.35260.92382.8906-0.2672-0.25080.1898-0.2096-0.16-0.4113-0.1660.93060.1440.5858-0.12630.1080.60960.20090.73544.6562-17.960740.205
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 265 through 330 )A265 - 330
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 331 through 363 )A331 - 363
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 364 through 475 )A364 - 475
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 476 through 652 )A476 - 652
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 653 through 713 )A653 - 713

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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