PDB-5ie9: Crystal structure of the Bacillus-conserved MazG protein, a nucle...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ie9

タイトル

Crystal structure of the Bacillus-conserved MazG protein, a nucleotide pyrophosphohydrolase

要素

Nucleotide pyrophosphohydrolase

キーワード

HYDROLASE / MazG / nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Kim, M. / Hong, M.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the Bacillus-conserved MazG protein, a nucleotide pyrophosphohydrolase.
著者: Kim, M.I. / Hong, M.

履歴

登録	2016年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list / reflns Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _reflns.d_resolution_high / _reflns.d_resolution_low
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ie9.cif.gz	162.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ie9.ent.gz	130.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ie9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ie9_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ie9_full_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示
XML形式データ	5ie9_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	5ie9_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/5ie9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/5ie9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gtaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5itv-2 4krh-1 5jj6-2 4dyv-3 3qxy-1 3um9-d 5isv-d 4krh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleotide pyrophosphohydrolase

B: Nucleotide pyrophosphohydrolase

C: Nucleotide pyrophosphohydrolase

D: Nucleotide pyrophosphohydrolase

ヘテロ分子

48.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.578, 90.578, 97.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Nucleotide pyrophosphohydrolase 分子量: 12034.801 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 20-122 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 14579 / 遺伝子: TQ94_28555 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A0A0A3VU53, UniProt: Q813T0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1mM sodium cacodylate pH 6.5, 1M sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 83 K / Ambient temp details: N2
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.77→30 Å / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3 %
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
REFMAC	5.8.0103	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GTA

2gta

解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 24.82 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.274 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2537	1059	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2217	-	-	-
obs	0.2232	20632	98.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 163.22 Å² / B_iso mean: 46 Å² / B_iso min: 52.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	-0.11 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.22 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2948	0	4	0	2952
B_iso mean	-	-	90.65	-	-
残基数	-	-	-	-	375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	2984
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.318	1.959	3998
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.738	5	367
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.257	25.556	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.603	15	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.319	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	439
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2234
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.955	4.599	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.677	6.89	1849
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.378	4.647	1493

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	81	-
R_work	0.315	1505	-
all	-	1586	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4203	1.5742	0.2543	8.4916	-2.5022	1.2113	0.0277	-0.3513	-0.1058	0.8457	0.0341	0.2503	-0.0124	-0.003	-0.0619	0.8204	-0.2344	0.0555	0.5724	0.1344	0.1865	-23.082	-25.366	14.669
2	12.9206	-10.7113	1.925	15.4752	0.4537	1.7911	0.3147	-0.5173	-0.5923	-0.252	-0.2017	0.8152	0.2149	-0.4739	-0.113	0.1417	-0.1808	0.0096	0.3313	-0.0322	0.0838	-28.397	-15.491	-1.721
3	7.0733	-0.0242	2.3423	8.2059	0.7927	3.6893	0.0115	-0.1671	-0.0079	0.5935	-0.0337	-0.1758	0.0316	0.1686	0.0222	0.3572	-0.3213	-0.0078	0.3566	0.0056	0.0073	-21.146	-14.395	9.435
4	0.0164	0.0903	0.307	1.1145	3.4294	10.6789	0.0574	-0.0505	-0.0176	-0.2412	-0.0016	-0.0387	-0.5225	-0.2554	-0.0558	0.8342	-0.2702	-0.0206	0.5765	-0.0739	0.6962	-10.801	8.336	15.294
5	6.2496	-0.112	0.0463	4.2587	1.5666	4.7568	-0.3072	-0.3897	0.2487	0.7642	0.0196	-0.5509	-0.4652	-0.2223	0.2877	0.6795	-0.3134	-0.0471	0.4901	-0.1282	0.2412	-22.105	-0.715	14.552
6	10.214	-8.6422	-1.9515	14.722	-0.2263	1.9133	0.1184	-0.5833	0.4864	0.027	-0.1198	-0.9801	-0.2729	0.5267	0.0014	0.1168	-0.1782	-0.0269	0.3537	0.0603	0.0849	-15.721	-11.465	-1.06
7	5.6205	0.2298	-1.0971	10.584	-1.7768	3.5009	-0.0481	-0.127	0.1162	0.6377	0.121	0.5671	-0.071	-0.08	-0.0729	0.3699	-0.3111	0.0307	0.388	-0.0289	0.0491	-26.261	-11.829	10.085
8	3.9505	1.4211	-10.8465	0.5656	-4.0297	30.152	0.0168	-0.2559	0.1616	-0.1473	0.0491	-0.035	0.4026	0.5071	-0.0659	0.8478	-0.2155	0.0819	0.6353	0.0304	0.959	-35.28	-35.956	16.463
9	16.598	-5.0694	4.7929	6.4896	-0.1964	7.9868	-0.0501	1.0035	0.2159	-0.6484	-0.3569	-0.5204	0.4345	0.3006	0.4071	0.1877	-0.0822	0.1259	0.7228	-0.0105	0.0899	-11.753	-18.386	-27.623
10	6.2403	-5.9711	0.6431	13.6439	4.5375	3.4261	-0.5565	0.1929	0.4865	0.2321	0.9646	-1.1262	-0.2611	0.7317	-0.4081	0.2165	-0.2071	-0.0161	0.4688	0.028	0.1704	-16.927	-10.844	-10.965
11	5.1448	-0.7253	1.4264	5.5672	-0.5579	2.9703	0.2137	0.7926	-0.0561	-0.0715	-0.2972	0.1683	0.0272	0.0107	0.0835	0.0984	-0.151	0.0234	0.7094	-0.0386	0.0318	-22.784	-14.366	-20.92
12	5.1452	1.0524	10.9373	0.7604	2.6539	23.6155	0.2428	0.0216	-0.07	-0.2983	0.1958	-0.5246	0.1288	0.1289	-0.4387	0.5411	0.014	0.0575	0.7803	-0.0553	0.7942	-48.925	-13.317	-28.359
13	8.9311	1.8682	-1.6267	5.7865	-0.4213	6.7307	-0.0044	0.5452	-0.1655	-0.4583	-0.2446	0.4791	-0.2005	-0.2885	0.2491	0.1791	-0.0989	-0.1175	0.8271	0.0583	0.0961	-33.533	-7.263	-26.601
14	4.6672	-6.4801	-1.2777	19.5683	-0.9812	2.8143	-0.2491	0.1383	-0.3151	0.0545	0.4739	0.5153	0.347	-0.4879	-0.2248	0.1126	-0.1737	0.0103	0.307	-0.0168	0.0864	-27.58	-16.645	-10.227
15	6.9489	-1.1024	-2.4764	6.9826	-1.4207	4.4539	0.2351	0.725	0.1815	-0.3076	-0.1962	-0.1764	-0.1688	-0.2272	-0.0388	0.1131	-0.1672	-0.0184	0.6645	0.0351	0.0396	-23.078	-10.467	-21.575
16	1.5129	1.1189	-4.7369	0.8431	-3.5473	14.9691	0.0876	0.1299	0.1381	0.0033	0.1295	0.0377	-0.0815	-0.4126	-0.2171	0.3489	0.0984	0.166	0.7829	-0.0806	0.6318	2.173	-12.794	-27.224

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	26 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	50 - 95
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	96 - 103
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 25
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	26 - 63
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	64 - 96
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	97 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 23
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	24 - 49
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	50 - 96
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	97 - 103
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 25
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	26 - 49
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	50 - 95
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	96 - 103

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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