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万見
- PDB-5idv: Structure of the nucleotide binding domain of an ABC transporter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5idv
タイトルStructure of the nucleotide binding domain of an ABC transporter MsbA from Acinetobacter baumannii
要素Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SSGCID / Acinetobacter baumannii / MsbA / nucleotide binding domain / ATP-binding / Lipid A export / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Structure of the nucleotide binding domain of an ABC transporter MsbA from Acinetobacter baumannii
著者: Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1533
ポリマ－31,0291
非ポリマー1242
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
ヘテロ分子

A: Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3066
ポリマ－62,0582
非ポリマー2484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.220, 89.030, 104.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-597-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA


分子量: 31028.783 Da / 分子数: 1 / 断片: AcbaC.18886.a.B2 (UNP residues 305-575) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア)
遺伝子: msbA, APC40_11520 / プラスミド: AcbaC.18886.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0Q2LVW2, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.59 % / Mosaicity: 0.22 °
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: JCSG+ A8 (267191a8): 200mM Ammonium formate, 20% PEG3350; protein conc. 17.3mg/mL; 20% ethylene glycol cryo; puck aak7-1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月20日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→52.613 Å / Num. obs: 53798 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.14 % / Biso Wilson estimate: 23.521 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.45-1.496.080.5393.171100
1.49-1.530.4174.061100
1.53-1.570.3215.341100
1.57-1.620.2636.53199.9
1.62-1.670.2118.14199.9
1.67-1.730.16810.21100
1.73-1.80.13712.31100
1.8-1.870.09916.88199.9
1.87-1.960.07421.941100
1.96-2.050.05926.74199.9
2.05-2.160.04733.17199.9
2.16-2.290.0438.35199.9
2.29-2.450.03542.49199.8
2.45-2.650.03345.76199.7
2.65-2.90.02953.09199.5
2.9-3.240.02658.98199.3
3.24-3.740.02366.47198.6
3.74-4.590.0270.2198.5
4.59-6.480.01969.28197.9
6.48-52.6130.01966.58192

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
PHENIXdev_2313精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QLA

4qla


解像度: 1.45→50 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.178 1998 3.72 %
Rwork0.149 --
obs0.1501 53760 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 63.98 Å2 / Biso mean: 22.9851 Å2 / Biso min: 9.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2029 0 8 290 2327
Biso mean--21.16 34.85 -
残基数----263

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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