PDB-5idq: Crystal structure of a Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5idq

タイトル

Crystal structure of a Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)from Burkholderia vietnamiensis at 1.55 A resolution

要素

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / Burkholderia vietnamiensis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia vietnamiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR)from Burkholderia vietnamiensis at 1.55 A resolution
著者: Yano, J.K. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5idq.cif.gz	183.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5idq.ent.gz	144.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5idq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5idq_validation.pdf.gz	428.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5idq_full_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示
XML形式データ	5idq_validation.xml.gz	20.9 KB	表示
CIF形式データ	5idq_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/5idq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/5idq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1snyS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ys9-2 5if3-d 3zwf-d 3hch-d 6v3u-d 1epa-d 1hjr-1 5oi9-1 2xw7-d 4yf1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuviA.00010.r

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.370, 49.270, 66.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.710, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 25042.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (バクテリア) 株: G4 / LMG 22486 / 遺伝子: Bcep1808_3023 / プラスミド: BuviA.00010.rB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4JIB1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

分子量: 25042.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia vietnamiensis (strain G4 / LMG 22486) (バクテリア)
株: G4 / LMG 22486 / 遺伝子: Bcep1808_3023 / プラスミド: BuviA.00010.rB1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A4JIB1

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MCSG1 condition D10: 40% PEG 3350,0.2 M Calcium Acentate, 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5, BuviA.00010.rB1 at 20.9 mg/ml, 1:1 drop to protein ratio. Direct cryo, plate 269027d10, puck ktx5 position 9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→47.01 Å / Num. obs: 57605 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.53 % / B_iso Wilson estimate: 13.82 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 13.09

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.55-1.59	0.529	2.97	1	99.2
1.59-1.63	0.448	3.48	1	99.1
1.63-1.68	0.394	3.93	1	99.1
1.68-1.73	0.316	4.83	1	99.1
1.73-1.79	0.255	5.89	1	99.1
1.79-1.85	0.208	7.25	1	99.4
1.85-1.92	0.174	8.43	1	99.5
1.92-2	0.131	10.97	1	99.8
2-2.09	0.104	13.17	1	99.1
2.09-2.19	0.086	15.5	1	99.6
2.19-2.31	0.078	17.14	1	99.6
2.31-2.45	0.063	19.55	1	99.8
2.45-2.62	0.061	20.53	1	99.6
2.62-2.83	0.056	22.55	1	99.8
2.83-3.1	0.048	25.07	1	99.7
3.1-3.47	0.044	27.28	1	99.7
3.47-4	0.04	29.03	1	99.6
4-4.9	0.037	29.8	1	99.7
4.9-6.93	0.04	28.87	1	99.8
6.93-47.01	0.037	28.82	1	94.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	dev_2289	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SNY

1sny

解像度: 1.55→47.01 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2063	1936	3.36 %
R_work	0.1731	-	-
obs	0.1742	57585	99.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.69 Å² / B_iso mean: 22.033 Å² / B_iso min: 6.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→47.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3191	0	0	403	3594
B_iso mean	-	-	-	31.48	-
残基数	-	-	-	-	434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3314
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.17	4530
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	532
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	592
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.793	1980

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5501-1.5889	0.2896	139	0.2336	3974	4113	99
1.5889-1.6318	0.2378	113	0.223	3933	4046	99
1.6318-1.6798	0.2572	134	0.2175	3939	4073	99
1.6798-1.7341	0.2411	165	0.1999	3909	4074	99
1.7341-1.796	0.2289	150	0.1912	3920	4070	99
1.796-1.868	0.2204	153	0.1851	3944	4097	99
1.868-1.953	0.2216	152	0.1811	3941	4093	100
1.953-2.0559	0.2439	109	0.1714	4011	4120	99
2.0559-2.1847	0.1988	117	0.173	3991	4108	99
2.1847-2.3534	0.1914	164	0.1663	3960	4124	100
2.3534-2.5902	0.1848	130	0.1618	4011	4141	100
2.5902-2.965	0.2125	141	0.17	3991	4132	100
2.965-3.7354	0.1798	130	0.1605	4035	4165	100
3.7354-47.0316	0.1917	139	0.1593	4090	4229	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3989	1.4426	-1.1653	1.6019	-0.4676	3.1579	-0.0424	0.1736	0.0332	-0.2127	0.0495	0.1964	0.0987	-0.3434	-0.0181	0.1243	-0.0299	-0.0457	0.1497	-0.0253	0.1177	65.2981	-0.0905	58.0623
2	0.8629	-0.0586	-0.0265	1.2317	0.794	2.226	0.0202	-0.0027	-0.0223	-0.0884	-0.0488	0.121	-0.0814	-0.2459	0.0209	0.0821	0.0093	-0.0132	0.1209	0.0131	0.0888	69.4576	6.6863	74.1157
3	1.347	0.4442	-0.4785	1.236	0.596	2.7448	-0.0222	0.0389	-0.0112	-0.0655	0.0663	-0.0518	-0.0834	0.1543	-0.0684	0.0679	-0.0059	-0.0003	0.0778	-0.0064	0.0791	81.3276	5.2866	66.2074
4	2.8658	-1.5779	1.1236	2.442	-0.2491	4.0745	-0.024	-0.1917	-0.1001	0.1773	0.0445	0.1093	-0.2498	-0.3875	0.0071	0.142	0.0131	0.041	0.1625	-0.0238	0.0913	66.6476	16.6472	108.2238
5	1.4833	-1.0183	0.3508	1.0645	-0.546	2.2115	0.003	-0.4415	0.0923	0.3201	-0.0913	0.405	-0.0332	-0.8038	-0.09	0.2106	0.0246	0.0803	0.4032	-0.0465	0.2219	58.4976	18.5982	105.75
6	2.2248	-0.5504	-0.2249	0.7133	-0.2838	1.9152	-0.1286	-0.0882	0.3109	0.1398	0.0562	0.3159	-0.3439	-0.4192	0.0669	0.2087	0.0829	0.011	0.2008	0.0113	0.211	61.1804	22.08	96.9172
7	1.1844	0.2859	0.0554	2.2437	0.7831	2.1586	0.027	0.0043	0.0323	0.0253	-0.1577	0.268	-0.0719	-0.4985	0.1079	0.0952	0.0222	0.0042	0.2162	-0.0036	0.1319	63.0838	11.4746	87.7628
8	1.6515	0.7098	0.1129	2.7958	1.2781	2.7714	0.0217	0.0474	-0.0674	0.0783	0.013	-0.0206	0.1513	0.0413	-0.0675	0.0688	-0.0221	-0.0023	0.0772	0.0216	0.0572	75.4021	7.9804	91.1828
9	1.6611	0.3057	0.2294	1.0007	0.9402	2.431	-0.0273	0.0002	-0.0046	0.0364	0.0457	0.0476	-0.0822	-0.0551	0.0007	0.0643	-0.0039	0.0053	0.0698	-0.0036	0.0712	73.4024	12.1508	91.4252
10	1.7136	-0.3544	0.2606	2.2733	0.1438	2.0499	0.0361	-0.1615	0.0996	0.1218	0.0082	-0.0942	-0.0694	0.3294	0.0391	0.0822	-0.0365	0.0057	0.071	-0.0154	0.084	79.9474	14.6209	99.6872

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 66 )	A	0 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 163 )	A	67 - 163
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 164 through 225 )	A	164 - 225
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 23 )	B	1 - 23
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 24 through 55 )	B	24 - 55
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 56 through 81 )	B	56 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 82 through 121 )	B	82 - 121
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 122 through 143 )	B	122 - 143
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 144 through 189 )	B	144 - 189
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 190 through 225 )	B	190 - 225

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)