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- PDB-5idk: Crystal structure of West Nile Virus NS2B-NS3 protease in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5idk
タイトルCrystal structure of West Nile Virus NS2B-NS3 protease in complex with a capped dipeptide boronate inhibitor
要素Genome polyprotein,SERINE PROTEASE SUBUNIT NS2B, SERINE PROTEASE NS3
キーワードVIRAL PROTEIN / Antivirus agents / peptides / West Nile virus / boronic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA 5'-cap (guanine-N7)-methylation / RNA stabilization / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / RNA folding chaperone / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / positive regulation of viral genome replication ...RNA 5'-cap (guanine-N7)-methylation / RNA stabilization / DNA/DNA annealing activity / RNA strand annealing activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of JAK1 activity / RNA folding chaperone / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / positive regulation of viral genome replication / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / protein-DNA complex / viral capsid / peptidase activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Thrombin, subunit H - #120 / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6A8 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種West Nile virus (西ナイルウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hilgenfeld, R. / Zhang, L.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationKL-1356/3-1 ドイツ
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Peptide-Boronic Acid Inhibitors of Flaviviral Proteases: Medicinal Chemistry and Structural Biology.
著者: Nitsche, C. / Zhang, L. / Weigel, L.F. / Schilz, J. / Graf, D. / Bartenschlager, R. / Hilgenfeld, R. / Klein, C.D.
履歴
登録2016年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22017年1月25日Group: Database references
改定 1.32017年7月5日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein,SERINE PROTEASE SUBUNIT NS2B, SERINE PROTEASE NS3
B: Genome polyprotein,SERINE PROTEASE SUBUNIT NS2B, SERINE PROTEASE NS3
C: Genome polyprotein,SERINE PROTEASE SUBUNIT NS2B, SERINE PROTEASE NS3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5098
ポリマ－73,8073
非ポリマー1,7015
水11,476637
1
A: Genome polyprotein,SERINE PROTEASE SUBUNIT NS2B, SERINE PROTEASE NS3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1132
ポリマ－24,6021
非ポリマー5101
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Genome polyprotein,SERINE PROTEASE SUBUNIT NS2B, SERINE PROTEASE NS3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1913
ポリマ－24,6021
非ポリマー5892
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Genome polyprotein,SERINE PROTEASE SUBUNIT NS2B, SERINE PROTEASE NS3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2053
ポリマ－24,6021
非ポリマー6022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.420, 96.965, 187.856
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 51 - 1169 / Label seq-ID: 6 - 229

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Genome polyprotein,SERINE PROTEASE SUBUNIT NS2B, SERINE PROTEASE NS3


分子量: 24602.377 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) West Nile virus (西ナイルウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P06935, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-6A8 / ((R)-1-((S)-3-(4-(aminomethyl)phenyl)-2-benzamidopropaneamido)-4-guanidinobutyl)boronic acid, cyclic double ester with glycerol


分子量: 510.394 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H35BN6O5
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M magnesium formate, 20% polyethylene (PEG) 3350, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: Pilatus 6M fast / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→46.94 Å / Num. obs: 105999 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
MOLREP11.4.03位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YOL

2yol


解像度: 1.5→46.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.245 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18577 5227 4.9 %RANDOM
Rwork0.15921 ---
obs0.16052 100708 98.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.043 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.79 Å2-0 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4672 0 121 637 5430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0194927
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0150.024538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3431.9676690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.264310461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2995622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.24124.878205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.42515765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4391520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0215619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.021115
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.721.782461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7041.7782460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0632.6483065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0632.653066
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1792.182466
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1782.182467
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.263.0923617
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.98716.4685726
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.98616.4715727
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A216240.13
12B216240.13
21A217700.13
22C217700.13
31B219940.12
32C219940.12
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 407 -
Rwork0.289 7374 -
obs--99.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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