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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5idj
タイトルBifunctional histidine kinase CckA (domains DHp-CA) in complex with ADP/Mg2+
要素Histidine kinase
キーワードTRANSFERASE / bifunctional / histidine kinase / phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / nucleotide binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain ...Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / cheY-homologous receiver domain / Heat Shock Protein 90 / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Dubey, B.N. / Schirmer, T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A-138414 スイス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2016
タイトル: Cyclic di-GMP mediates a histidine kinase/phosphatase switch by noncovalent domain cross-linking.
著者: Dubey, B.N. / Lori, C. / Ozaki, S. / Fucile, G. / Plaza-Menacho, I. / Jenal, U. / Schirmer, T.
履歴
登録2016年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 2.02022年9月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Other / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / database_2 / diffrn / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_contact_author / pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_rmsd_bond / refine / refine_hist / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_contact_author.fax / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_contact_author.identifier_ORCID / _pdbx_contact_author.name_salutation / _pdbx_database_status.deposit_site / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_starting_model / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.pdbx_netI_over_av_sigmaI / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct.pdbx_CASP_flag
改定 2.12022年9月21日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation_author / pdbx_refine_tls_group
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id
改定 2.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9903
ポリマ－26,5381
非ポリマー4522
水181
1
A: Histidine kinase
ヘテロ分子

A: Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9806
ポリマ－53,0762
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_558x,x-y,-z+7/21
Buried area5490 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area24790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.856, 164.856, 48.001
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Histidine kinase


分子量: 26538.248 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP rsidues 304-545 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
遺伝子: cckA / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9X688, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.33 % / Mosaicity: 0.32 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 550 MME, 30% PEG 2000 MME, Morpheus buffer 1 pH 6.5 and Morpheus carboxylic acids

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→142.598 Å / Num. obs: 7413 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 76.14 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 3.01→3.17 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7413 / % possible all: 51.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.55 Å47.59 Å
Translation5.55 Å47.59 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IDM

5idm


解像度: 3.02→47.59 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2886 392 5.3 %RANDOM
Rwork0.239 7011 --
obs0.2416 7403 92.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 151.43 Å2 / Biso mean: 71.4027 Å2 / Biso min: 29.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.02→47.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1869 0 28 1 1898
Biso mean--61.59 46.69 -
残基数----239
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191911
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6451.9892593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02534271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6775237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.6223.33390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.56215320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2991520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02442
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0192.554954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.022.555953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7193.8281189
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.02-3.450.36891110.30211877198877
3.45-4.350.29751400.259824872627100
4.35-47.590.26451410.213826472788100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.93745.5464-0.25286.4122-0.41112.85390.3742-0.070.00820.3854-0.2835-0.28320.0438-0.1798-0.09080.0936-0.094-0.03220.1189-0.01410.5194127.84373.3988.101
26.1279-0.0352-0.025.0591.81223.7748-0.4327-0.2072-1.38020.38010.3069-0.53240.53820.66180.12580.3988-0.11450.14320.3007-0.04011.3516120.7142.17887.12
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A304 - 376
2X-RAY DIFFRACTION2A377 - 554

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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