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- PDB-5id8: Crystal structure of CGL1 from Crassostrea gigas, ligand free for... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5id8
タイトルCrystal structure of CGL1 from Crassostrea gigas, ligand free form (CGL1/FREE)
要素Natterin-3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CGL1 / Lectin / N-type / Crassostrea gigas / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性DM9 repeat / DM9 repeat / Repeats found in Drosophila proteins. / metal ion binding / Natterin-3
機能・相同性情報
生物種Crassostrea gigas (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Unno, H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Identification, Characterization, and X-ray Crystallographic Analysis of a Novel Type of Mannose-Specific Lectin CGL1 from the Pacific Oyster Crassostrea gigas.
著者: Unno, H. / Matsuyama, K. / Tsuji, Y. / Goda, S. / Hiemori, K. / Tateno, H. / Hirabayashi, J. / Hatakeyama, T.
履歴
登録2016年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22016年8月17日Group: Derived calculations
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Natterin-3
B: Natterin-3
C: Natterin-3
D: Natterin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3154
ポリマ－62,3154
非ポリマー00
水12,556697
1
A: Natterin-3
C: Natterin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1572
ポリマ－31,1572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Natterin-3
D: Natterin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1572
ポリマ－31,1572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Natterin-3

D: Natterin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1572
ポリマ－31,1572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_547-x,y-1/2,-z+21
Buried area2260 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11710 Å2
手法PISA
4
B: Natterin-3

C: Natterin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1572
ポリマ－31,1572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y+1/2,-z+11
Buried area2240 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.596, 58.677, 107.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: AYA / Beg label comp-ID: AYA / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 2 - 143 / Label seq-ID: 2 - 143

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999918, 0.010737, -0.006945), (0.01075, 0.999941, -0.001762), (0.006925, -0.001837, -0.999974)-30.38581, -31.77638, 161.78409
3given(0.913884, -0.24937, 0.320361), (-0.248035, -0.967674, -0.045678), (0.321396, -0.037716, -0.946194)-39.79601, 12.57433, 165.49603
4given(-0.915383, -0.257389, -0.309557), (0.257841, -0.96535, 0.040209), (-0.309181, -0.04301, 0.95003)25.83567, 29.1853, 16.34817

-
要素

#1: タンパク質
Natterin-3


分子量: 15578.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Crassostrea gigas (無脊椎動物) / 参照: UniProt: K1QRB6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 697 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 / 詳細: 30% PEG 3000, 100mM CHES

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 173353 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 14.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 1.1→30.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.58 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.046 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21982 8593 5 %RANDOM
Rwork0.16729 ---
obs0.17 162038 85.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.11 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.1→30.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4360 0 0 698 5058
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0194465
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2891.9486052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.50239732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3025560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.724.468188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12815704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3291512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1630.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0215108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0230.021028
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2151.9872265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.21572.4432264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.422.9962816
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.423.622817
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2792.2282200
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2782200
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5993.2453236
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.74118.3595605
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.40317.3935174
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.38634465
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free33.0315134
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded18.3954924
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2148 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Auth asym-IDRms dev position (Å)
A6.03
B6.08
C6.04
D8.27
LS精密化 シェル解像度: 1.098→1.127 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 676 -
Rwork0.205 12267 -
obs--87.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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