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万見
- PDB-5id7: Crystal structure of human serum albumin in complex with phosphor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5id7
タイトルCrystal structure of human serum albumin in complex with phosphorodithioate derivative of myristoyl cyclic phosphatidic acid (cPA)
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Helical / Three-domain protein / Serum Albumin / Drugs delivery / cyclic phosphatidic acid / lysophospholipid
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6A4 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Sekula, B. / Bujacz, A. / Rytczak, P. / Bujacz, G.
資金援助 ポーランド, 3件
組織認可番号国
Polish Ministry of Science and Higher EducationN N405 3639 39 ポーランド
National Science Centre Poland2013/11/B/ST5/02271 ポーランド
National Science Centre Poland2014/12/T/ST5/00136 ポーランド
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2016
タイトル: Structural evidence of the species-dependent albumin binding of the modified cyclic phosphatidic acid with cytotoxic properties.
著者: Sekula, B. / Ciesielska, A. / Rytczak, P. / Koziokiewicz, M. / Bujacz, A.
履歴
登録2016年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,28514
ポリマ－133,1422
非ポリマー3,14212
水5,585310
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2708
ポリマ－66,5711
非ポリマー1,6997
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0146
ポリマ－66,5711
非ポリマー1,4435
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.895, 85.167, 96.308
Angle α, β, γ (deg.)105.46, 89.78, 101.34
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 584 / Label seq-ID: 3 - 584

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: blood / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-6A4 / (4S)-2-sulfanylidene-4-[(tetradecanoyloxy)methyl]-1,3,2lambda~5~-dioxaphospholane-2-thiolate


分子量: 395.537 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32O4PS2
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 28% PEG3350, 50 mM phosphate buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月7日
放射モノクロメーター: Si (111), Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→46.35 Å / Num. obs: 49652 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 44.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.26→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A73

3a73


解像度: 2.26→45.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 15.61 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.487 / ESU R Free: 0.264 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25262 1012 2 %RANDOM
Rwork0.2064 ---
obs0.20734 48640 93.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.163 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20.6 Å20.06 Å2
2--1.35 Å20.79 Å2
3----2.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→45.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9260 0 195 310 9765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0199679
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.029275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9421.91613035
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2672.97821541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.37851166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.14224.889450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.34151749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.7341549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02110615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022054
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8543.1074658
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8553.1064657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3364.6575820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.3364.6575821
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2333.4745021
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2323.4745021
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0135.0617214
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.48225.01111505
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.47724.97311466
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 68688 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.262→2.321 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 74 -
Rwork0.326 3147 -
obs--83.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.98040.9951-0.3760.7454-0.57060.7296-0.07670.060.06450.05770.11990.0266-0.1016-0.0838-0.04320.09590.0752-0.01220.11940.01050.15521.41142.82927.511
20.63410.2749-0.87820.26830.13333.0159-0.04260.0697-0.0693-0.0335-0.0024-0.05260.0012-0.25130.04490.05520.02480.03620.17730.04280.1186-8.12622.84232.828
30.82560.17370.1370.48931.1963.0375-0.1401-0.0382-0.1294-0.157-0.04380.0479-0.3762-0.08670.18390.16460.0033-0.04590.11160.02690.058-9.89326.3427.167
40.8486-0.7464-0.28830.6640.16572.38510.07240.0339-0.0145-0.0684-0.04990.02780.09620.0669-0.02250.1406-0.03890.01850.1366-0.01540.0817-3.4518.192-7.947
51.1165-0.1647-0.05740.2567-0.45150.9183-0.0087-0.06830.0372-0.02050.025-0.00490.0302-0.0214-0.01640.0491-0.02030.00080.1439-0.00460.1556-0.4092.51920.568
60.2828-0.0935-0.36890.2027-0.42453.2437-0.10740.02240.16620.10170.016-0.10150.34630.02360.09150.24460.0331-0.0120.04960.01750.13771.65-8.39341.392
71.9063-0.94750.26970.9681-0.85081.1116-0.0493-0.0407-0.1025-0.0480.11810.07780.0853-0.0698-0.06870.0178-0.03890.00350.15160.00490.1945-17.5381.29165.605
80.3674-0.02020.64340.3070.48052.4475-0.0877-0.0260.14670.0429-0.0563-0.04580.0867-0.22520.1440.1018-0.0089-0.03730.1720.03440.1124-27.13221.33760.433
91.4547-0.1996-0.3410.65041.35172.8212-0.1883-0.0227-0.00220.1764-0.04910.10550.3562-0.07580.23750.14020.02170.04850.11440.06230.068-28.90317.61186.171
100.45070.6070.26041.1032-0.31391.81460.0693-0.01650.0120.2282-0.08790.0189-0.23590.04430.01860.20010.0442-0.02760.1717-0.00770.0569-22.8135.964101.342
110.95840.2276-0.43020.2087-0.29360.6309-0.02590.0340.04730.00380.0252-0.02230.0828-0.01450.00070.04860.0462-0.01760.1280.01170.1771-19.36641.35572.841
120.0926-0.0758-0.35340.927-0.09133.05320.0869-0.0408-0.009-0.6158-0.0581-0.2941-0.3393-0.319-0.02870.46240.08850.20730.19760.09750.1295-16.74652.31852.048
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2A111 - 205
3X-RAY DIFFRACTION3A206 - 299
4X-RAY DIFFRACTION4A300 - 381
5X-RAY DIFFRACTION5A382 - 492
6X-RAY DIFFRACTION6A493 - 584
7X-RAY DIFFRACTION7B3 - 110
8X-RAY DIFFRACTION8B111 - 205
9X-RAY DIFFRACTION9B206 - 299
10X-RAY DIFFRACTION10B300 - 381
11X-RAY DIFFRACTION11B382 - 492
12X-RAY DIFFRACTION12B493 - 584

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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