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- PDB-5ich: Crystal structure of Enterococcus faecalis lipoate-protein ligase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ich
タイトルCrystal structure of Enterococcus faecalis lipoate-protein ligase A (lplA-2) in complex with 8BO-AMP
要素Lipoate--protein ligase
キーワードLIGASE / TRANSFERASE / PROTEIN-SUBSTRATE COMPLEX / LIPOATE ANALOG
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoyltransferase activity / lipoate-protein ligase / lipoate-protein ligase activity / protein modification process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipoate protein ligase, C-terminal / Bacterial lipoate protein ligase C-terminus / Lipoyltransferase/lipoate-protein ligase / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SH5 / lipoate--protein ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Hughes, S.J. / Song, J.H. / Antoshchenko, T. / Park, H.W.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Enterococcus faecalis lipoate-protein ligase A (lplA-2) in complex with 8BO-AMP
著者: Hughes, S.J. / Song, J.H. / Antoshchenko, T. / Park, H.W.
履歴
登録2016年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoate--protein ligase
B: Lipoate--protein ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,2064
ポリマ－81,1012
非ポリマー1,1052
水9,872548
1
A: Lipoate--protein ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1032
ポリマ－40,5511
非ポリマー5521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lipoate--protein ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1032
ポリマ－40,5511
非ポリマー5521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.917, 69.383, 97.664
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lipoate--protein ligase


分子量: 40550.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (strain ATCC 700802 / V583) (乳酸球菌)
株: ATCC 700802 / V583 / 遺伝子: lplA-2, EF_2741 / プラスミド: PET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q830N7, EC: 2.7.7.63
#2: 化合物 ChemComp-SH5 / 5'-O-[(S)-[(8-bromooctanoyl)oxy](hydroxy)phosphoryl]adenosine


分子量: 552.313 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H27BrN5O8P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 % / Mosaicity: 0.276 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.25
詳細: 1.5 UL PROTEIN + 1.5 UL BUFFER (27% PEG3350, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, 0.2 M SODIUM CHLORIDE, PH 5.25)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97905 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月20日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97905 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 58160 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 1.701 / Net I/av σ(I): 48.804 / Net I/σ(I): 23.7 / Num. measured all: 282553
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.85-1.924.10.12658220.9840.070.1451.599100
1.92-1.994.50.09757720.9920.050.111.688100
1.99-2.0850.08357900.9950.040.0921.912100
2.08-2.1950.06758040.9960.0330.0751.807100
2.19-2.3350.06158160.9970.030.0681.917100
2.33-2.515.10.04657840.9980.0220.0521.637100
2.51-2.765.10.0458190.9990.0190.0451.612100
2.76-3.165.10.03258590.9990.0160.0361.602100
3.16-3.9950.02658480.9990.0130.0291.52100
3.99-504.70.02658460.9990.0130.031.69698.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation22.2 Å2.07 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP11.0.05位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IBY

5iby


解像度: 1.85→21.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / WRfactor Rfree: 0.2108 / WRfactor Rwork: 0.1747 / FOM work R set: 0.872 / SU B: 5.108 / SU ML: 0.084 / SU R Cruickshank DPI: 0.1381 / SU Rfree: 0.1265 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2052 2935 5.1 %RANDOM
Rwork0.1694 ---
obs0.1712 55147 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.88 Å2 / Biso mean: 23.297 Å2 / Biso min: 7.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å2-0 Å20.03 Å2
2--1.1 Å20 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→21.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5124 0 66 548 5738
Biso mean--20.9 28.98 -
残基数----634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195482
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1861.9657430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7223.00511811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0575662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.71925.322295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.01915964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0511527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0290.8972618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0290.8972616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6621.3373290
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.914 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 282 -
Rwork0.209 5385 -
all-5667 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.52930.1969-0.11311.1754-0.36761.37140.1024-0.04690.01060.0713-0.1003-0.07040.03730.0537-0.00210.0237-0.00240.00560.01060.00620.0245-15.50330.313242.9166
24.10660.2961.43720.70080.04323.4683-0.0290.19490.1634-0.16770.04420.0725-0.1522-0.101-0.01520.06250.01380.01330.0670.01710.0773-37.36578.741425.3289
32.9683-0.30270.65651.19890.28362.51120.0687-0.08750.0206-0.05-0.02030.01140.1129-0.0374-0.04840.1106-0.01590.00540.0331-0.01220.0681-13.287635.0815.7723
44.8551-0.44080.14881.0931.02544.3548-0.0638-0.18050.1758-0.05960.1921-0.0471-0.1890.5464-0.12830.0928-0.0032-0.00970.1467-0.02580.08218.83444.469623.4016
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 247
2X-RAY DIFFRACTION2A248 - 334
3X-RAY DIFFRACTION3B-2 - 247
4X-RAY DIFFRACTION4B248 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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