[日本語] English
万見
- PDB-5icf: Crystal structure of (S)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase with... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5icf
タイトルCrystal structure of (S)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase with S-adenosyl-L-homocysteine and sanguinarine
要素(S)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / benzylisoquinoline alkaloid
機能・相同性
機能・相同性情報


(RS)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase / (RS)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase activity / alkaloid metabolic process / O-methyltransferase activity / biosynthetic process / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Plant methyltransferase dimerisation / Plant O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Plant methyltransferase dimerisation / Plant O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Chem-SAU / (RS)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thalictrum flavum subsp. glaucum (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Robin, A.Y. / Graindorge, M. / Giustini, C. / Dumas, R. / Matringe, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
INRA (French National Institute for Agricultural Research)P-BV-2 フランス
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of norcoclaurine-6-O-methyltransferase, a key rate-limiting step in the synthesis of benzylisoquinoline alkaloids.
著者: Robin, A.Y. / Giustini, C. / Graindorge, M. / Matringe, M. / Dumas, R.
履歴
登録2016年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: (S)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,31321
ポリマ－39,5321
非ポリマー1,78120
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint31 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.340, 109.090, 40.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

K

21A-621-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 (S)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase


分子量: 39531.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thalictrum flavum subsp. glaucum (植物)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5C9L7, (RS)-norcoclaurine 6-O-methyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 245分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-SAU / 13-methyl[1,3]benzodioxolo[5,6-c][1,3]dioxolo[4,5-i]phenanthridin-13-ium / Sanguinarine / サンギナリン


分子量: 332.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H14NO4 / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: Peg3350, Sodium Citrate, Phosphate Citrate buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 31050 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 23.147 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18.69
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.90.2874.95196.5
1.9-2.10.1698.57199.9
2.1-2.40.09813.97199.8
2.4-2.80.06420.29199.8
2.8-3.80.03531.61199.7
3.8-5.80.02444.131100
5.8-8.80.01940.95199.7
8.80.01643.64194.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XSCALEデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→43.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.384 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1921 1553 5 %RANDOM
Rwork0.1564 ---
obs0.1583 31049 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 58.13 Å2 / Biso mean: 17.955 Å2 / Biso min: 6.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å2-0 Å20 Å2
2---0.89 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→43.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2745 0 118 225 3088
Biso mean--26.74 26.61 -
残基数----352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0193060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8551.9944166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5545402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.63625.21119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.96715539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.603157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1550.2470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6561.5741469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4272.3561849
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8291.8231589
LS精密化 シェル解像度: 1.802→1.849 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 111 -
Rwork0.203 2109 -
all-2220 -
obs--97.97 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る