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- PDB-5ic7: Structure of the WD domain of UTP18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ic7
タイトルStructure of the WD domain of UTP18
要素Putative uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / WD40 / nucleolus / rRNA processing
機能・相同性
機能・相同性情報


Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / small-subunit processome / rRNA processing
類似検索 - 分子機能
U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.331 Å
データ登録者Zhang, C. / Ye, K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Integrative structural analysis of the UTPB complex, an early assembly factor for eukaryotic small ribosomal subunits
著者: Zhang, C. / Sun, Q. / Chen, R. / Chen, X. / Lin, J. / Ye, K.
履歴
登録2016年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4497
ポリマ－46,8731
非ポリマー5766
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15810 Å2
手法PISA
2
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,89914
ポリマ－93,7462
非ポリマー1,15312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_677x-y+1,-y+2,-z+7/31
Buried area4740 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area28380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.712, 107.712, 83.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18


分子量: 46872.977 Da / 分子数: 1 / 断片: WD domain, UNP residues 197-618 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0054250 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: G0SBN9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES sodium, 0.1 M sodium chloride, 1.75 M ammonium sulfate and 0.01 M calcium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 46392 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 18.4 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 42.5
反射 シェル解像度: 2.33→2.36 Å / 冗長度: 17.6 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 20.1 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.4_1496位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.331→29.153 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.31
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 3830 8.26 %
Rwork0.195 --
obs0.199 46374 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.331→29.153 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2667 0 30 97 2794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082749
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1053723
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9431009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045405
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005473
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3305-2.360.25261400.211518X-RAY DIFFRACTION97
2.36-2.3910.28841400.21561620X-RAY DIFFRACTION100
2.391-2.42380.31431400.21651535X-RAY DIFFRACTION100
2.4238-2.45840.2651500.22561593X-RAY DIFFRACTION100
2.4584-2.49510.28281380.21021566X-RAY DIFFRACTION100
2.4951-2.5340.31541450.2251580X-RAY DIFFRACTION100
2.534-2.57560.31061380.22281575X-RAY DIFFRACTION100
2.5756-2.61990.27061470.21541620X-RAY DIFFRACTION100
2.6199-2.66750.29241280.22031551X-RAY DIFFRACTION100
2.6675-2.71880.28741440.23381570X-RAY DIFFRACTION100
2.7188-2.77430.30441420.24361593X-RAY DIFFRACTION100
2.7743-2.83450.29041440.22951586X-RAY DIFFRACTION100
2.8345-2.90040.30331440.2171578X-RAY DIFFRACTION100
2.9004-2.97290.22881340.20821575X-RAY DIFFRACTION100
2.9729-3.05320.24561400.2211573X-RAY DIFFRACTION100
3.0532-3.14290.25161380.21991582X-RAY DIFFRACTION100
3.1429-3.24420.24941420.20291607X-RAY DIFFRACTION100
3.2442-3.360.23971360.19711559X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.49440.24541500.20411584X-RAY DIFFRACTION100
3.4944-3.65310.22361440.17721559X-RAY DIFFRACTION100
3.6531-3.84530.25211420.17581591X-RAY DIFFRACTION100
3.8453-4.08560.23271420.17641563X-RAY DIFFRACTION100
4.0856-4.40010.21941560.15841581X-RAY DIFFRACTION100
4.4001-4.84110.19081350.15981572X-RAY DIFFRACTION100
4.8411-5.53740.17561380.16651585X-RAY DIFFRACTION100
5.5374-6.96090.24091460.19581578X-RAY DIFFRACTION100
6.9609-29.15560.23371470.19921550X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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