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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ic7 | ||||||
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タイトル | Structure of the WD domain of UTP18 | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / WD40 / nucleolus / rRNA processing | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / small-subunit processome / rRNA processing 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.331 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, C. / Ye, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016 タイトル: Integrative structural analysis of the UTPB complex, an early assembly factor for eukaryotic small ribosomal subunits 著者: Zhang, C. / Sun, Q. / Chen, R. / Chen, X. / Lin, J. / Ye, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ic7.cif.gz | 85.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ic7.ent.gz | 61.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ic7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ic7_validation.pdf.gz | 440.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ic7_full_validation.pdf.gz | 442.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ic7_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ic7_validation.cif.gz | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/5ic7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/5ic7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46872.977 Da / 分子数: 1 / 断片: WD domain, UNP residues 197-618 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0054250 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: G0SBN9 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES sodium, 0.1 M sodium chloride, 1.75 M ammonium sulfate and 0.01 M calcium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 46392 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 18.4 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 42.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.36 Å / 冗長度: 17.6 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 20.1 / % possible all: 93.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.331→29.153 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.31 詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.331→29.153 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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