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万見
- PDB-5ibr: Caspase 3 V266K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ibr
タイトルCaspase 3 V266K
要素
  • ACE-ASP-GLU-VAL-ASK
  • Caspase-3
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Allostery / saturation mutagenesis / conformational selection / native ensemble / protein solvation / protein structure / protein dynamics / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / caspase-3 / phospholipase A2 activator activity / anterior neural tube closure / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / leukocyte apoptotic process / glial cell apoptotic process / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / NADE modulates death signalling / luteolysis ...Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / caspase-3 / phospholipase A2 activator activity / anterior neural tube closure / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress / leukocyte apoptotic process / glial cell apoptotic process / positive regulation of pyroptotic inflammatory response / NADE modulates death signalling / luteolysis / response to cobalt ion / : / cellular response to staurosporine / death-inducing signaling complex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Apoptosis induced DNA fragmentation / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / : / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / death receptor binding / axonal fasciculation / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / fibroblast apoptotic process / Signaling by Hippo / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / : / epithelial cell apoptotic process / negative regulation of cytokine production / platelet formation / Other interleukin signaling / execution phase of apoptosis / positive regulation of amyloid-beta formation / pyroptotic inflammatory response / negative regulation of B cell proliferation / T cell homeostasis / Apoptotic cleavage of cellular proteins / B cell homeostasis / negative regulation of activated T cell proliferation / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / protein maturation / negative regulation of cell cycle / response to X-ray / Pyroptosis / cell fate commitment / response to amino acid / regulation of macroautophagy / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / response to tumor necrosis factor / response to glucose / response to UV / response to glucocorticoid / keratinocyte differentiation / striated muscle cell differentiation / enzyme activator activity / Degradation of the extracellular matrix / intrinsic apoptotic signaling pathway / erythrocyte differentiation / apoptotic signaling pathway / hippocampus development / response to nicotine / sensory perception of sound / regulation of protein stability / protein catabolic process / response to hydrogen peroxide / neuron differentiation / protein processing / response to wounding / positive regulation of neuron apoptotic process / response to estradiol / heart development / peptidase activity / protease binding / neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / learning or memory / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / cysteine-type endopeptidase activity / neuronal cell body / DNA damage response / protein-containing complex binding / apoptotic process / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain ...Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ac-Asp-Glu-Val-Asp-CMK / Caspase-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Maciag, J.J. / Mackenzie, S.H. / Tucker, M.B. / Schipper, J.L. / Swartz, P.D. / Clark, A.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Tunable allosteric library of caspase-3 identifies coupling between conserved water molecules and conformational selection.
著者: Maciag, J.J. / Mackenzie, S.H. / Tucker, M.B. / Schipper, J.L. / Swartz, P. / Clark, A.C.
履歴
登録2016年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-3
B: ACE-ASP-GLU-VAL-ASK
C: Caspase-3
D: ACE-ASP-GLU-VAL-ASK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4344
ポリマ－64,4344
非ポリマー00
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.968, 96.338, 68.704
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Caspase-3 / CASP-3 / Apopain / Cysteine protease CPP32 / CPP-32 / Protein Yama / SREBP cleavage activity 1 / SCA-1


分子量: 31681.988 Da / 分子数: 2 / 変異: V266K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP3, CPP32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42574, caspase-3
#2: タンパク質・ペプチド ACE-ASP-GLU-VAL-ASK


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 534.946 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義) / 参照: Ac-Asp-Glu-Val-Asp-CMK
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Caspase-3 variants were crystallized in the presence of Ac-DEVD-CMK. PROTEINS WERE DIALYZED IN A BUFFER OF 10 MM TRIS-HCL, PH 8.5, 1 MM DTT. THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 10 MG/ML USING ...詳細: Caspase-3 variants were crystallized in the presence of Ac-DEVD-CMK. PROTEINS WERE DIALYZED IN A BUFFER OF 10 MM TRIS-HCL, PH 8.5, 1 MM DTT. THE PROTEIN WAS CONCENTRATED TO 10 MG/ML USING AMICON ULTRAFREE CENTRIFUGAL FILTER DEVICES, AND INHIBITOR, AC-DEVD-CMK RECONSTITUTED IN DMSO, WAS THEN ADDED AT 5:1 WT:WT, INHIBITOR TO PEPTIDE. THE PROTEIN WAS DILUTED TO A CONCENTRATION OF 8 MG/ML BY ADDING 10 MM TRIS-HCL, PH 8.5, CONCENTRATED DTT AND CONCENTRATED NAN3 SO THAT THE FINAL BUFFER WAS 10 MM TRIS-HCL, PH 8.5, 10 MM DTT, 3 MM NAN3. 2 UL OF CONCENTRATED PROTEIN WAS MIXED 1:1 WITH WELL BUFFER THAT CONTAINED 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5, 3 MM NAN3, 10 MM DTT AND 17% PEG 6000 W/V. SOLUTIONS WERE INCUBATED AT 18 DEG C USING THE HANGING DROP METHOD. CRYSTALS GREW WITHIN THREE DAYS FOR WILD- TYPE CASPASE-3 AND WITHIN TWO WEEKS FOR THE MUTANTS.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.738→48.169 Å / Num. obs: 56481 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 1.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.74→48.17 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.01
詳細: Authors state that there is a fundamental incompatibility in the naming of the inhibitor structure and the refinement program cannot be made to establish a bond that exists between the ...詳細: Authors state that there is a fundamental incompatibility in the naming of the inhibitor structure and the refinement program cannot be made to establish a bond that exists between the inhibitor and the protein at the active site cysteine.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.202 2004 3.55 %
Rwork0.182 --
obs0.182 56481 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→48.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3797 0 0 237 4034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073874
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1165196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8321449
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004666
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7381-1.78160.28231380.19873829X-RAY DIFFRACTION99
1.7816-1.82980.19931430.17923889X-RAY DIFFRACTION100
1.8298-1.88360.21041430.17673838X-RAY DIFFRACTION100
1.8836-1.94440.21921460.17633917X-RAY DIFFRACTION100
1.9444-2.01390.2271410.17783888X-RAY DIFFRACTION100
2.0139-2.09460.2071420.17433876X-RAY DIFFRACTION100
2.0946-2.18990.21951460.18213897X-RAY DIFFRACTION100
2.1899-2.30530.21881400.17323888X-RAY DIFFRACTION100
2.3053-2.44980.2231400.18383869X-RAY DIFFRACTION100
2.4498-2.63890.21031440.19013907X-RAY DIFFRACTION100
2.6389-2.90440.21420.23927X-RAY DIFFRACTION100
2.9044-3.32460.22981430.20823875X-RAY DIFFRACTION100
3.3246-4.18830.16511460.16893911X-RAY DIFFRACTION100
4.1883-48.18750.17451500.1673966X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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