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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ibq
タイトルCrystal structure of an ABC solute binding protein from Rhizobium etli CFN 42 (RHE_PF00037,TARGET EFI-511357) in complex with alpha-D-apiose
要素Probable ribose ABC transporter, substrate-binding protein
キーワードSOLUTE-BINDING PROTEIN / ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-C-(hydroxylmethyl)-alpha-D-erythrofuranose / D-apiose import binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium etli (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Carter, M.S. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an ABC solute binding protein from Rhizobium etli CFN 42 (RHE_PF00037,TARGET EFI-511357) in complex with alpha-D-apiose
著者: Vetting, M.W. / Carter, M.S. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2016年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ribose ABC transporter, substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2943
ポリマ－33,1041
非ポリマー1902
水7,855436
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.272, 36.924, 95.619
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-567-

HOH

21A-825-

HOH

31A-906-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable ribose ABC transporter, substrate-binding protein


分子量: 33104.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 株: CFN 42 / ATCC 51251 / 遺伝子: RHE_PF00037 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2JZQ5
#2: 糖 ChemComp-XXM / 3-C-(hydroxylmethyl)-alpha-D-erythrofuranose / alpha-D-apiose / 3-C-(hydroxylmethyl)-alpha-D-erythrose / 3-C-(hydroxylmethyl)-D-erythrose / 3-C-(hydroxylmethyl)-erythrose / (2S,3R,4R)-4-(hydroxymethyl)oxolane-2,3,4-triol / D-アピオ-α-D-フラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DApiaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-erythrofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
ApiSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 % / Mosaicity: 0.41 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-apiose) incubate at 37 degrees C for 30 minutes; Reservoir (MCSG1 B6, 0.2 M Calcium Acetate, 0.1 M MES pH 6.0, 20 %(w/v) PEG 8000); Cryoprotection (20% glucose)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→41.17 Å / Num. obs: 85430 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 9.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 319876 / Scaling rejects: 25
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.2-1.223.70.6741542542230.7260.4080.789292
6.46-41.173.40.02519365720.9980.0160.0336.591.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.8データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RY0

4ry0


解像度: 1.2→30.979 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.164 4299 5.03 %
Rwork0.1499 --
obs0.1506 85413 94.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 57.47 Å2 / Biso mean: 15.8286 Å2 / Biso min: 5.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→30.979 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2127 0 11 436 2574
Biso mean--8.27 28.3 -
残基数----286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072226
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9693021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.871820
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2-1.21360.25851250.25422582270791
1.2136-1.22790.25731400.24072661280192
1.2279-1.24290.27711290.23342538266791
1.2429-1.25860.2341220.22822671279392
1.2586-1.27520.2161330.22542621275492
1.2752-1.29270.21851310.21562617274892
1.2927-1.31110.24611420.2042647278993
1.3111-1.33070.18081350.20032628276393
1.3307-1.35150.23351310.19452674280593
1.3515-1.37360.20091490.18982627277693
1.3736-1.39730.24141430.18642655279894
1.3973-1.42270.19771300.18042704283494
1.4227-1.45010.18221210.17092662278394
1.4501-1.47970.19661380.1582737287595
1.4797-1.51190.1871390.14682670280994
1.5119-1.5470.16851710.14632666283795
1.547-1.58570.15821480.13432695284395
1.5857-1.62860.13831460.1312744289095
1.6286-1.67650.14331610.13752735289696
1.6765-1.73060.14771650.13862690285596
1.7306-1.79250.14411460.13982742288896
1.7925-1.86420.14941470.14112751289896
1.8642-1.94910.16751510.14212754290596
1.9491-2.05180.15531470.13882764291197
2.0518-2.18030.14531550.13962770292597
2.1803-2.34860.14351390.12592785292497
2.3486-2.58490.13521600.13322788294897
2.5849-2.95870.14771470.13562825297298
2.9587-3.72660.1591520.13562835298798
3.7266-30.98920.14671560.13462876303296
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0220.1970.0420.7264-0.13180.4267-0.0263-0.12380.14290.0364-0.0014-0.0122-0.31640.19030.02540.1317-0.04740.00390.1124-0.02210.093532.276727.595833.8884
20.740.15350.21990.25540.121.2639-0.00310.01610.0085-0.01890.009-0.0204-0.06790.2404-0.00250.0671-0.0150.00910.08060.00230.070732.410818.346920.1426
30.80.23690.22240.56740.24350.9675-0.02190.14880.0968-0.03420.02070.0725-0.10150.0141-0.00560.0834-0.00460.00310.05730.01770.07821.116519.44456.9831
40.77830.0997-0.15750.59610.25890.88890.01350.03330.0734-0.0279-0.01960.0993-0.076-0.230.00190.07240.00470.00270.08350.0080.093412.70318.980114.9817
51.66490.06320.53280.45970.39131.12620.0324-0.2179-0.15280.07740.0221-0.03340.17480.0295-0.0510.0948-0.00270.00290.08690.02330.088229.403311.704831.4526
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 81 )A26 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 162 )A82 - 162
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 163 through 207 )A163 - 207
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 208 through 264 )A208 - 264
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 265 through 312 )A265 - 312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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