PDB-5ib0: PA4534: acetyl CoA complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ib0

タイトル

PA4534: acetyl CoA complex

要素

Uncharacterized protein PA4534

キーワード

TRANSFERASE / Acetyl transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Choe, J. / Shin, S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of PA4534
著者: Choe, J. / Shin, S.

履歴

登録	2016年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ib0.cif.gz	417.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ib0.ent.gz	346.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ib0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ib0_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ib0_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5ib0_validation.xml.gz	47.2 KB	表示
CIF形式データ	5ib0_validation.cif.gz	65.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/5ib0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/5ib0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4ubr-1 5ub7-1 4ubr-2 3ort-d 4ubr-5 3vo9-2 4ubr-4 6hiu-d 1os0-d 2xvx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein PA4534

B: Uncharacterized protein PA4534

C: Uncharacterized protein PA4534

D: Uncharacterized protein PA4534

E: Uncharacterized protein PA4534

F: Uncharacterized protein PA4534

G: Uncharacterized protein PA4534

ヘテロ分子

113 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein PA4534

B: Uncharacterized protein PA4534

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Uncharacterized protein PA4534

D: Uncharacterized protein PA4534

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Uncharacterized protein PA4534

F: Uncharacterized protein PA4534

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Uncharacterized protein PA4534

ヘテロ分子

G: Uncharacterized protein PA4534

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.116, 110.952, 294.379
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 137 / Label seq-ID: 1 - 137

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Uncharacterized protein PA4534 分子量: 15542.815 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA4534 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HVP3
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15% polyethylene glycol (PEG) 3350, 0.2M Ammonium Citrate Dibasic, 0.1M Tris-HCl pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 308660 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 18.3 % / Net I/σ(I): 52.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 1.65→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.021 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20676	7981	5 %	RANDOM
R_work	0.19298	-	-	-
obs	0.19366	150961	99.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.064 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.1 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.65→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7665	0	264	653	8582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	8210
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	7885
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.831	1.986	11129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.96	3	17952
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.476	5	982
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.912	21.578	412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.861	15	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.309	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	9230
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	2110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.046	1.569	3863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.027	1.567	3858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.051	2.344	4819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.052	2.344	4820
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.054	2.012	4347
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.054	2.012	4347
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.465	2.887	6296
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.146	14.727	9568
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.146	14.73	9569
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	16170	0.06
1	2	B	16170	0.06
2	1	A	16060	0.06
2	2	C	16060	0.06
3	1	A	15648	0.09
3	2	D	15648	0.09
4	1	A	15794	0.08
4	2	E	15794	0.08
5	1	A	15292	0.11
5	2	F	15292	0.11
6	1	A	16124	0.06
6	2	G	16124	0.06
7	1	B	16014	0.06
7	2	C	16014	0.06
8	1	B	15412	0.09
8	2	D	15412	0.09
9	1	B	15618	0.08
9	2	E	15618	0.08
10	1	B	15238	0.11
10	2	F	15238	0.11
11	1	B	16080	0.06
11	2	G	16080	0.06
12	1	C	15546	0.09
12	2	D	15546	0.09
13	1	C	15810	0.09
13	2	E	15810	0.09
14	1	C	15234	0.11
14	2	F	15234	0.11
15	1	C	16000	0.07
15	2	G	16000	0.07
16	1	D	15302	0.1
16	2	E	15302	0.1
17	1	D	14750	0.12
17	2	F	14750	0.12
18	1	D	15354	0.1
18	2	G	15354	0.1
19	1	E	15166	0.11
19	2	F	15166	0.11
20	1	E	15594	0.08
20	2	G	15594	0.08
21	1	F	15148	0.11
21	2	G	15148	0.11

LS精密化シェル

解像度: 1.653→1.696 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	564	-
R_work	0.222	10969	-
obs	-	-	98.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.484	-0.3944	-0.2817	1.5957	-0.0523	1.5079	-0.1167	-0.215	-0.1203	0.225	0.1153	-0.2124	0.206	0.1171	0.0015	0.1114	0.0542	-0.0233	0.0477	0.0114	0.0572	-19.158	-16.107	-41.105
2	1.3895	0.4237	0.1202	1.2814	0.1059	1.5973	-0.0995	0.1569	-0.111	-0.2014	0.1315	-0.2279	0.042	0.1566	-0.032	0.0734	-0.0295	0.0492	0.042	-0.0369	0.0566	-16.201	-6.716	-64.387
3	2.2678	-1.297	-0.6899	3.3357	-1.0636	2.4426	0.1073	0.1194	0.5371	0.3606	0.0942	-0.3284	-0.5153	-0.1975	-0.2015	0.1644	0.0729	0.0496	0.0469	0.0341	0.1412	-31.929	18.718	-44.056
4	2.3619	-0.494	-0.3958	1.9172	-1.3126	3.0354	-0.1655	-0.6058	0.425	0.9586	0.1504	-0.5486	-0.9475	0.4487	0.0151	0.6638	0.0177	-0.2242	0.2935	-0.1665	0.2306	-22.995	14.379	-21.099
5	2.1132	-0.9638	0.366	2.1587	-1.0992	5.641	-0.0146	-0.3418	-0.1677	0.2218	0.5491	0.4724	-0.1723	-1.9058	-0.5346	0.3584	0.2162	0.0973	0.8906	0.2759	0.1529	-59.83	10.389	-22.369
6	1.6474	-0.8608	1.9933	2.3914	-1.5694	7.0578	-0.2701	-0.8225	0.1024	0.8144	0.6055	0.1682	-1.5804	-1.7893	-0.3354	1.1166	0.5997	0.1955	0.8594	0.0878	0.1413	-52.607	18.9	-0.046
7	1.4563	0.1673	-0.1162	1.3517	0.2039	1.1626	0.0511	-0.2019	-0.1432	0.1745	-0.0497	0.0326	-0.0444	-0.0372	-0.0014	0.0475	-0.0136	0.0101	0.0367	0.0258	0.0359	-45.965	-28.946	-61.947

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 137
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 137
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 137
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 137
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 137
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 137
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 137

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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