PDB-5iai: Crystal structure of ABC transporter Solute Binding Protein Arad_...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iai

タイトル

Crystal structure of ABC transporter Solute Binding Protein Arad_9887 from Agrobacterium radiobacter K84, target EFI-510945 in complex with Ribitol

要素

Sugar ABC transporter

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium radiobacter (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Bonanno, J.B. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of ABC transporter Solute Binding Protein Arad_9887 from Agrobacterium radiobacter K84, target EFI-510945 in complex with Ribitol
著者: Vetting, M.W. / Bonanno, J.B. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Koss, J. / Wasserman, S.R. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)

履歴

登録	2016年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iai.cif.gz	244.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iai.ent.gz	199.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iai.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/5iai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/5iai	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2w7y-1 5f7v-d 2zyk-4 1jvx-d 1iud-d 6kp1-2 3q2q-d 2gh9-d 2zym-d 3mbp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510945

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (2) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sugar ABC transporter

ヘテロ分子

46.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.272, 56.342, 52.095
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.890, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1101- HOH

#1: タンパク質	Sugar ABC transporter 分子量: 46519.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium radiobacter (バクテリア) 株: K84 / ATCC BAA-868 / 遺伝子: Arad_9887 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B9JM84
#2: 化合物	ChemComp-RB0 / D-ribitol / リビト-ル分子量: 152.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₂O₅
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.99 % / Mosaicity: 0.24 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein (10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM Ribitol); Reservoir (MCSG1 H7)(2.0 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5); Cryoprotection (80% 2.5 LiSO4, 20% Reservoir)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月18日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→82.94 Å / Num. obs: 63514 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 19.01 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 470882 / Scaling rejects: 7

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.6-1.63	7.4	0.926	23278	3145	0.831	0.363	0.995	2.2	100
8.76-82.94	6.1	0.072	2293	379	0.99	0.032	0.079	35.6	90.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.2.8	データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
BUCCANEER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→26.674 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.59

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1907	3220	5.08 %
R_work	0.1632	-	-
obs	0.1647	63428	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.19 Å² / B_iso mean: 31.3381 Å² / B_iso min: 10.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→26.674 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3039	0	16	508	3563
B_iso mean	-	-	27.37	39.46	-
残基数	-	-	-	-	399

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3141
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.957	4276
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	467
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	560
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.808	1866

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6239	0.2679	143	0.2676	2601	2744	100
1.6239-1.6492	0.3078	126	0.2517	2607	2733	100
1.6492-1.6763	0.2764	127	0.2412	2624	2751	100
1.6763-1.7052	0.2634	149	0.2255	2591	2740	100
1.7052-1.7362	0.2887	141	0.2072	2613	2754	100
1.7362-1.7696	0.2194	137	0.1956	2612	2749	100
1.7696-1.8057	0.2172	143	0.1815	2604	2747	100
1.8057-1.8449	0.2189	152	0.1812	2581	2733	100
1.8449-1.8878	0.2213	132	0.1793	2595	2727	100
1.8878-1.935	0.2637	147	0.2315	2622	2769	99
1.935-1.9873	0.182	140	0.1654	2611	2751	100
1.9873-2.0458	0.1926	149	0.1545	2601	2750	100
2.0458-2.1118	0.1881	127	0.1582	2613	2740	100
2.1118-2.1873	0.1759	117	0.155	2675	2792	100
2.1873-2.2748	0.2261	138	0.1809	2573	2711	98
2.2748-2.3783	0.1847	126	0.1487	2628	2754	100
2.3783-2.5036	0.1646	149	0.1483	2599	2748	100
2.5036-2.6603	0.1622	148	0.1563	2622	2770	100
2.6603-2.8655	0.216	128	0.1685	2648	2776	100
2.8655-3.1534	0.2058	164	0.1697	2603	2767	100
3.1534-3.6088	0.2018	161	0.1534	2628	2789	100
3.6088-4.543	0.1347	126	0.1323	2681	2807	100
4.543-26.6782	0.1597	150	0.1472	2676	2826	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6213	0.2641	0.1975	0.4909	-0.35	0.5619	-0.1549	-0.2268	0.5289	0.0493	0.0428	-0.0281	-0.4548	-0.0913	0.0147	0.2836	0.0643	-0.0356	0.2003	-0.0934	0.2727	64.1138	20.3383	60.559
2	0.9469	-0.1119	0.2989	0.7655	-0.0725	1.229	0.0179	-0.4325	-0.1621	0.1016	0.0676	0.0104	0.0597	-0.0736	-0.0598	0.1754	0.0303	0.0128	0.2147	0.0426	0.1599	58.4913	4.6493	61.2229
3	3.0913	0.5653	0.4784	1.3386	0.5762	1.4041	-0.121	0.3053	-0.1714	-0.2039	0.1704	0.1702	-0.0458	-0.0487	-0.034	0.2333	-0.0482	-0.0228	0.1832	0.0257	0.2246	48.4222	1.1617	38.0715
4	1.8473	-0.175	0.1759	0.4158	0.4502	0.9553	-0.0163	0.0437	-0.2185	-0.1269	0.1061	0.1845	0.0342	-0.0838	-0.0813	0.2267	-0.0277	-0.0093	0.1401	0.0391	0.2208	50.9507	2.0728	42.93
5	1.7225	-0.3413	0.3605	0.8826	0.0108	1.336	-0.115	-0.547	-0.0711	0.1691	0.1425	0.1927	-0.0787	-0.3265	-0.0189	0.1697	0.0602	0.0296	0.3042	0.0538	0.1618	53.9358	7.1855	62.9007
6	1.0575	-0.0437	0.2782	0.7693	0.1392	1.2547	0.1004	0.4207	-0.2737	-0.2436	0.0193	-0.178	0.2236	0.3269	-0.1057	0.2516	0.0275	0.0214	0.2686	-0.0654	0.2512	67.718	-3.7884	38.7855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 33 through 88 )	A	33 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 89 through 175 )	A	89 - 175
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 176 through 213 )	A	176 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 214 through 300 )	A	214 - 300
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 301 through 394 )	A	301 - 394
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 395 through 431 )	A	395 - 431

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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