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万見
- PDB-5i9k: The structure of microsomal glutathione transferase 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i9k
タイトルThe structure of microsomal glutathione transferase 1
要素Microsomal glutathione S-transferase 1
キーワードTRANSFERASE / Membrane / Enzyme / Four-helical bundle / Trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to lipid hydroperoxide / Aflatoxin activation and detoxification / glutathione transport / Glutathione conjugation / glutathione binding / Leydig cell differentiation / glutathione peroxidase activity / peroxisomal membrane / Neutrophil degranulation / glutathione transferase ...cellular response to lipid hydroperoxide / Aflatoxin activation and detoxification / glutathione transport / Glutathione conjugation / glutathione binding / Leydig cell differentiation / glutathione peroxidase activity / peroxisomal membrane / Neutrophil degranulation / glutathione transferase / glutathione transferase activity / : / glutathione metabolic process / apical part of cell / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / response to xenobiotic stimulus / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Microsomal glutathione S-transferase 1-like / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PALMITIC ACID / Microsomal glutathione S-transferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kuang, Q. / Purhonen, P. / Jegerschold, C. / Morgenstern, R. / Hebert, H.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
VR スウェーデン
CIMED スウェーデン
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Dead-end complex, lipid interactions and catalytic mechanism of microsomal glutathione transferase 1, an electron crystallography and mutagenesis investigation.
著者: Qie Kuang / Pasi Purhonen / Johan Ålander / Richard Svensson / Veronika Hoogland / Jens Winerdal / Linda Spahiu / Astrid Ottosson-Wadlund / Caroline Jegerschöld / Ralf Morgenstern / Hans Hebert /
要旨: Microsomal glutathione transferase 1 (MGST1) is a detoxification enzyme belonging to the Membrane Associated Proteins in Eicosanoid and Glutathione Metabolism (MAPEG) superfamily. Here we have used ...Microsomal glutathione transferase 1 (MGST1) is a detoxification enzyme belonging to the Membrane Associated Proteins in Eicosanoid and Glutathione Metabolism (MAPEG) superfamily. Here we have used electron crystallography of two-dimensional crystals in order to determine an atomic model of rat MGST1 in a lipid environment. The model comprises 123 of the 155 amino acid residues, two structured phospholipid molecules, two aliphatic chains and one glutathione (GSH) molecule. The functional unit is a homotrimer centered on the crystallographic three-fold axes of the unit cell. The GSH substrate binds in an extended conformation at the interface between two subunits of the trimer supported by new in vitro mutagenesis data. Mutation of Arginine 130 to alanine resulted in complete loss of activity consistent with a role for Arginine 130 in stabilizing the strongly nucleophilic GSH thiolate required for catalysis. Based on the new model and an electron diffraction data set from crystals soaked with trinitrobenzene, that forms a dead-end Meisenheimer complex with GSH, a difference map was calculated. The map reveals side chain movements opening a cavity that defines the second substrate site.
履歴
登録2016年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_image_scans
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-8076
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microsomal glutathione S-transferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8936
ポリマ－17,4921
非ポリマー2,4005
水00
1
A: Microsomal glutathione S-transferase 1
ヘテロ分子

A: Microsomal glutathione S-transferase 1
ヘテロ分子

A: Microsomal glutathione S-transferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,67918
ポリマ－52,4773
非ポリマー7,20115
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area14550 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area20560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.800, 81.800, 100.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6

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要素

#1: タンパク質 Microsomal glutathione S-transferase 1 / Microsomal GST-1 / Microsomal GST-I


分子量: 17492.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mgst1, Gst12 / プラスミド: pSP19T7LT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08011, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学
結晶の対称性∠γ: 120 ° / A: 81.8 Å / B: 81.8 Å / C: 100 Å / Space group name H-M: P6

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試料調製

構成要素名称: Complex between microsomal glutathione transferase 1 and glutathione
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 52940 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pSP19T7LT
EM crystal formation詳細: Dialysis of protein solubulized in Triton X-100 / Lipid mixture: bovine liver lecithin / Lipid protein ratio: 3 / 温度: 293 K / Time: 7 DAY
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
EM embeddingMaterial: trehalose
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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データ収集

顕微鏡モデル: JEOL 2100F
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION
撮影電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
Num. of diffraction images: 225
EM回折カメラ長: 200 mm
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 82.5 % / 再高解像度: 3.5 Å / 測定した強度の数: 97987 / 構造因子数: 6314 / 位相誤差: 1.0E-5 ° / 位相残差: 1.0E-5 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.396 / Rsym: 0.126
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.509
11-H-K, K, -L20.491

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0110 / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5 / カテゴリ: モデル精密化
結晶の対称性∠γ: 120 ° / A: 81.8 Å / B: 81.8 Å / C: 100 Å / Space group name H-M: P6
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 2D CRYSTAL
精密化解像度: 3.5→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.714 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.618 / SU B: 18.647 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.125 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28896 183 4.6 %RANDOM
Rwork0.26963 ---
obs0.27052 3799 85.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.361 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--27.37 Å20 Å20 Å2
2---27.37 Å20 Å2
3---54.75 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 1132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0240.0221148
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_other_d
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg3.0382.0871522
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_other_deg
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg10.7895121
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg34.78320.95242
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg22.54615171
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_4_deg26.0751510
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.1820.2165
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.0110.021772
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_metal_ion_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_metal_ion_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_it0.6961.5619
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_it0.9212986
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_it0.4183529
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_it0.6424.5536
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_long_range_B_refined
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_long_range_B_other
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_rigid_bond_restr
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_sphericity_free
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.498→3.577 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 17 -
Rwork0.232 214 -
obs--75.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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