PDB-5i9e: Crystal structure of a nuclear actin ternary complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i9e

タイトル

Crystal structure of a nuclear actin ternary complex

要素

Actin
Actin-related protein 4
Helicase SWR1

キーワード

HYDROLASE / nuclear actin / Arp4 / chromatin remodeling

機能・相同性

機能・相同性情報

Swr1 complex / kinetochore assembly / Ino80 complex / SWI/SNF complex / recombinational repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / chromatin organization / histone binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

Saccharomyces bayanus (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Chen, Z. / Cao, T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a nuclear actin ternary complex.
著者: Cao, T. / Sun, L. / Jiang, Y. / Huang, S. / Wang, J. / Chen, Z.

履歴

登録	2016年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list Item: _audit_author.name / _citation.journal_id_CSD ..._audit_author.name / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i9e.cif.gz	669.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i9e.ent.gz	554.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i9e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i9e_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i9e_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5i9e_validation.xml.gz	55.4 KB	表示
CIF形式データ	5i9e_validation.cif.gz	74.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/5i9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i9/5i9e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yagS 3qb0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pmw-1 4kpy-2 4kpy-1 4pmw-2 5i8q-2 4amx-4 4ncb-1 4ypj-1 2x2h-2 2x2j-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (8) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (8) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Actin-related protein 4

B: Actin

C: Actin-related protein 4

D: Actin

H: Helicase SWR1

E: Helicase SWR1

ヘテロ分子

213 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Actin-related protein 4

B: Actin

E: Helicase SWR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Actin-related protein 4

D: Actin

H: Helicase SWR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.260, 202.220, 87.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Actin-related protein 4 / Actin-like protein ARP4 / Actin-like protein 4 分子量: 54991.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ARP4, ACT3, YJL081C, J1012 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P80428
#2: タンパク質	Actin 分子量: 41735.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces bayanus (酵母) / 遺伝子: ACT1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P60011
#3: タンパク質	Helicase SWR1 / Swi2/Snf2-related 1 分子量: 9224.541 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 340-410 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SWR1, YDR334W, D9651.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05471, DNA helicase
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: polyethylene glycol (PEG) 3350, citric acid, BIS-TRIS propane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→48.403 Å / Num. obs: 48531 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000	V705	データ削減
HKL-2000	V705	データスケーリング
PHASER	5	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QB0, 1YAG

3qb0

1yag

解像度: 2.8→48.403 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2844	1999	4.12 %
R_work	0.2317	-	-
obs	0.2338	48531	99.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.403 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12589	0	66	0	12655

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	12940
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.708	17524
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.629	7782
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1957
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2230

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.87	0.4158	139	0.359	3237	X-RAY DIFFRACTION	99
2.87-2.9476	0.3856	140	0.3535	3256	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9476-3.0343	0.377	140	0.3347	3261	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0343-3.1322	0.4181	141	0.3295	3276	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1322-3.2442	0.3647	142	0.3018	3324	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2442-3.374	0.3365	142	0.2751	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
3.374-3.5275	0.2987	141	0.2605	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5275-3.7135	0.3279	143	0.2559	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7135-3.946	0.2852	143	0.2418	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
3.946-4.2505	0.278	142	0.209	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2505-4.678	0.243	144	0.1889	3347	X-RAY DIFFRACTION	100
4.678-5.3541	0.2411	145	0.2012	3372	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3541-6.7427	0.3005	145	0.2252	3397	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7427-48.4098	0.2375	152	0.2001	3511	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.647	-0.0314	-0.1489	2.2479	-0.6326	2.622	-0.0307	-1.0003	1.5528	0.7288	-0.1468	-0.0894	-0.9143	-0.1735	-0.157	0.7339	-0.0355	-0.0554	0.8891	-0.0004	0.9442	26.474	227.2913	98.821
2	6.2335	2.7208	-2.8155	1.1789	-0.9816	3.1625	0.0312	0.6996	1.1739	-0.2794	0.3118	-0.5057	-0.1142	-0.055	-0.4191	0.6039	-0.1037	0.1305	0.9406	-0.0677	0.6085	17.087	215.5523	100.6498
3	1.8996	-0.2251	-0.2229	3.4424	-3.7281	2.9755	0.2606	-0.6361	-0.5745	0.3803	-0.2795	0.2894	0.1692	0.1631	0.1326	0.6861	-0.0395	0.0158	0.6662	0.0851	0.5934	19.9613	195.3795	112.5874
4	4.0987	-0.0448	1.6865	2.7837	-0.9513	1.4195	0.0234	0.081	-0.3265	0.3299	-0.0248	0.429	-0.0212	-0.5821	-0.014	0.5292	-0.0224	0.0914	0.4901	-0.0073	0.3974	13.3112	202.1938	101.3071
5	3.2583	-1.3833	0.6839	2.8728	-0.9874	2.1017	0.0542	0.5454	-0.2735	-0.1361	0.476	0.2378	-0.0916	0.0398	-0.4449	0.5558	0.1058	0.0267	0.7935	-0.0436	0.5214	31.5147	201.4663	90.5342
6	1.6545	0.2679	-0.7191	2.2386	0.6164	3.1156	0.0569	-0.3588	-0.4198	0.3488	0.1155	-0.2236	0.7819	0.275	-0.24	0.7789	0.1675	-0.194	0.8207	0.1098	0.8569	38.0642	186.7999	115.686
7	2.8317	0.5278	2.7236	1.2599	0.5671	2.6539	0.175	0.2929	-0.0255	-0.6437	0.8013	-0.3554	-0.588	0.2455	-0.2202	0.8336	0.1741	0.6065	1.2445	0.1481	1.5051	60.3917	189.417	97.4194
8	3.155	-1.3967	0.1933	1.3473	-1.8914	5.2945	0.1513	-0.148	-0.7622	0.0557	-0.0113	-0.3602	0.6647	0.8921	-0.2831	0.7351	0.2373	-0.0449	0.8443	-0.05	0.9404	47.0183	186.8187	105.7369
9	2.1875	-0.5957	-0.0095	2.3965	-0.1375	2.7485	0.3823	0.8566	-0.0066	-0.6091	-0.2706	-0.7718	0.0292	0.5566	-0.0554	0.6632	0.1439	0.0992	1.0754	-0.1447	0.749	42.0287	200.0967	86.6016
10	4.0413	-2.5192	-2.5173	6.1756	-0.4516	5.6867	0.1906	-0.6342	0.3534	-0.3373	0.0269	-1.3925	0.6343	1.1958	-0.0411	0.5556	0.0131	0.0189	0.6981	-0.0455	0.7839	32.8273	209.232	102.2672
11	9.5112	4.6398	1.9058	5.5321	0.6929	3.1896	-0.4778	1.0967	0.6242	-0.4034	0.4352	1.2872	-0.3723	-0.4576	0.1128	0.5737	0.0226	-0.0191	0.601	0.0788	0.515	9.4942	211.2647	90.893
12	1.3272	0.352	-0.2584	0.074	-0.0714	0.0464	0.2636	0.6656	-0.8687	-0.3597	0.571	1.8068	-0.014	-0.752	-0.5746	0.5876	-0.1604	-0.0606	0.7734	0.0072	0.8413	15.4154	206.0015	84.7322
13	3.759	-0.0173	-0.3433	5.1631	-1.3617	2.7336	-0.6058	-1.4731	0.5366	1.303	0.3793	0.1386	1.1608	-0.8613	0.1937	1.8952	0.2195	-0.0723	1.2187	-0.0044	0.6271	24.5292	227.8437	134.0825
14	4.7614	2.14	0.5623	1.1348	0.4112	0.2168	0.0301	-1.6805	1.4301	-0.0541	-0.4423	0.5147	1.5702	-0.8346	-0.0053	1.6051	0.2906	0.3331	1.9175	0.3124	0.7073	9.1497	223.6939	136.7276
15	2.3012	-0.5364	-0.3753	0.1514	0.6054	3.3631	-0.1409	-0.3066	0.2071	0.9125	0.5848	0.2442	-0.024	-0.7067	-0.2054	1.5013	0.1216	0.3863	1.2627	0.0761	0.9808	10.0091	223.5701	131.0261
16	5.1952	0.4356	0.8949	1.9738	-0.7802	1.668	-0.1168	-0.781	0.372	1.2349	0.2235	-0.0118	-0.8663	-0.4464	-0.1509	1.202	0.0822	0.0516	0.7007	-0.1876	0.5807	23.5673	227.2763	122.4378
17	2.8981	-0.2298	-0.0827	3.2644	-0.3328	3.3133	-0.3335	-0.8781	-0.312	0.5416	0.0231	0.2104	-0.1706	0.1271	0.027	0.8963	0.1523	-0.0314	0.8552	0.0311	0.6183	28.9717	210.3475	123.9553
18	2.2063	-0.4352	0.201	1.7798	1.0757	1.8405	0.1995	0.9678	-0.23	2.3126	-0.5576	0.7147	0.8262	-0.9607	0.2611	2.1099	-0.0317	0.0697	1.5487	0.1073	0.7743	17.2287	203.5958	144.8417
19	0.6661	0.6833	-0.3881	0.7447	-0.5322	0.398	1.0356	0.1915	-0.4277	0.1192	0.307	0.2713	0.5838	-0.1968	-0.6458	2.4155	0.3405	-0.1646	1.1964	0.4098	1.3341	30.9172	191.1486	148.9318
20	0.5811	-0.3532	-1.0903	0.1061	0.4754	1.8613	-0.8214	-1.3933	-0.4728	0.7647	0.0653	0.5167	1.8028	1.171	0.1403	1.8873	0.4858	0.3453	1.6836	0.1948	0.998	20.1379	201.4547	151.8308
21	8.2617	-0.1427	-1.2266	0.4097	0.645	1.108	-0.6127	0.9638	-1.8847	0.5574	0.3162	-0.3745	0.0261	-0.8893	0.8648	1.3303	0.0332	0.1175	1.4099	0.0704	0.4031	24.548	196.9452	131.1968
22	2.8425	-0.3425	0.032	3.3365	0.8523	1.6267	-0.14	-0.7382	-0.5354	0.6408	0.063	-0.1645	-0.2715	0.7982	-0.0525	0.9647	-0.0139	-0.1592	1.071	0.1355	0.6273	36.6492	205.638	127.4701
23	2.0297	0.0426	0.4787	5.3474	1.6639	2.6971	-0.2437	-0.9446	0.3981	0.8714	-0.1469	-0.866	-0.6595	0.6606	0.236	1.1891	0.1085	-0.3613	1.2739	0.0709	0.8321	41.4605	203.7538	132.2246
24	2.2834	-0.8572	-0.0536	1.0697	-0.9076	2.486	-0.3297	-0.2723	1.0859	0.5272	0.0251	-0.3208	-0.4524	0.3833	0.1878	0.9506	0.033	0.0112	0.925	-0.2484	0.8329	28.6573	230.8171	121.2806
25	5.449	-1.158	0.7148	1.1994	-0.3146	1.6417	-0.2091	0.2709	0.4849	0.9919	-0.072	-0.8858	0.0446	0.7516	0.0215	0.9172	0.1848	0.132	0.6586	0.2703	1.322	5.0719	243.9217	98.8988
26	0.0219	0.2045	0.0277	1.587	-0.3771	2.0555	-0.2265	-0.954	-0.818	-0.4481	0.9157	1.2745	0.174	-1.0035	-0.5836	0.6184	0.0793	0.2268	0.8589	0.2531	1.4009	-3.5798	246.1859	93.2966
27	1.0659	-1.893	-0.9066	3.4137	1.4363	4.8245	-0.8938	0.1328	0.0837	-0.0521	-0.6108	0.5051	1.2438	-0.6337	0.4311	1.2418	-0.0471	-0.0884	1.3379	-0.0024	2.6447	-28.2314	243.7638	89.7788
28	2.0532	-1.1299	0.4849	1.5549	-0.9328	1.3825	0.3403	-0.1576	0.4327	0.056	-0.1748	0.7238	0.1711	0.0029	-0.3007	0.6492	0.0558	0.2012	0.9603	0.5205	1.9202	-16.0083	246.3132	93.2678
29	2.3249	0.1449	0.9855	0.6882	-1.2511	2.9304	0.2417	-0.2415	0.4697	0.4206	0.3762	0.7385	0.0161	-0.8266	-0.7126	0.7471	0.0866	0.2449	0.652	0.2101	1.446	-8.3122	239.6491	107.0271
30	0.7358	-0.4969	0.1511	0.9031	-0.0657	0.9714	0.2477	-0.4237	0.6712	0.2379	0.1876	0.5649	-0.2635	-0.313	-0.2169	0.9123	0.1941	0.3926	0.8552	0.2133	1.9616	-2.9198	261.1008	106.7977
31	2.1631	1.4986	-0.8862	1.4158	-0.2525	6.2553	0.1468	1.0195	-0.1945	-0.4944	0.6652	1.0287	-0.9812	-1.6308	-0.2283	0.7938	0.198	-0.0075	1.4508	0.6643	2.4641	-18.3599	267.5566	76.3512
32	0.924	-0.7863	-0.1576	1.6902	0.0136	2.5439	-0.1271	0.3263	1.3256	-0.4471	-0.1631	0.5976	-0.6635	-0.4534	0.0343	0.8067	0.1423	0.101	1.1477	0.6583	2.218	-15.7542	264.0834	85.9229
33	0.6506	-0.1123	0.0001	1.3664	0.069	0.7265	-0.6334	-0.0846	-0.2666	-0.534	1.0618	-0.4457	-1.6177	1.0498	-0.0443	1.5654	-0.1521	0.3015	1.6538	0.3677	2.4429	0.5174	286.79	97.1693
34	1.8368	-0.1132	0.6539	2.194	0.6419	1.9992	0.1464	0.183	1.2491	0.5632	0.2294	0.5635	-0.488	-0.7114	-0.2132	0.9871	0.1852	0.4848	0.8131	0.0844	2.2571	-6.4745	273.3165	101.3167
35	0.9259	0.8216	0.7734	0.8666	0.2112	0.4921	-0.4361	0.264	0.0919	0.2225	0.6308	0.3893	-0.3645	0.59	-0.3758	0.9882	0.0903	0.4734	0.6867	0.1091	2.0357	6.7177	265.4835	103.9332
36	3.404	0.3121	0.1621	3.0115	-0.3126	3.1968	-0.0776	-0.6026	-0.1515	1.3588	0.7679	0.7128	0.6512	-0.5257	-0.7591	1.0797	0.0993	0.391	0.7048	0.2061	1.3239	-0.9077	235.4931	111.8261
37	3.2405	2.2636	-0.4261	2.3527	-0.1674	0.5717	0.6224	-0.0165	0.43	-0.5019	-0.5342	0.4304	0.1948	-0.3187	-0.1922	1.0331	0.1921	-0.2215	1.7353	0.17	0.9253	7.7314	231.31	65.9778
38	1.026	1.2624	1.6537	1.4412	2.2331	3.3856	0.0585	0.3092	-0.7983	-1.2674	-0.065	0.4651	-0.3597	-0.4866	-0.0424	1.0081	-0.0821	-0.2458	1.0798	0.0425	1.1011	-3.9642	224.0966	70.7121
39	6.4911	1.5759	0.5766	4.8598	0.7933	2.8684	0.495	1.5502	-0.7158	-1.8673	-0.3364	0.2677	0.568	0.3483	-0.1685	1.011	0.2019	-0.1743	0.9541	0.1328	0.7506	11.4764	224.0807	69.9264
40	3.9234	-1.6088	0.7745	4.6	-2.2233	1.9145	0.125	1.0868	0.1969	-0.313	-0.4074	0.8601	-0.1252	-0.5523	0.1985	0.7502	-0.0114	-0.0484	0.8481	0.1764	0.666	9.4456	232.3437	81.6865
41	2.6455	-1.6468	0.3195	2.373	-1.0469	0.7545	0.0353	1.1049	0.5944	-0.3707	-0.0745	0.4727	0.2472	-0.0042	-0.0683	0.713	0.0113	-0.0742	0.9343	0.4708	0.9531	5.321	246.1506	75.5859
42	1.0173	-0.0965	0.8406	0.8066	-0.2236	1.3296	0.4427	0.4365	0.8315	-0.7536	0.1468	0.4796	1.1835	-0.9582	-0.1806	1.2677	0.2353	-0.3694	1.8992	-0.059	1.5383	-16.2099	236.7062	60.6097
43	3.5745	-0.4689	1.2458	1.3191	-1.494	1.8365	-0.0766	1.5248	-0.2666	-0.3346	0.2647	-0.2995	-0.7534	-0.1867	-0.1431	1.2127	-0.0609	-0.4539	1.4151	0.8793	1.837	-18.0083	254.2581	55.9423
44	0.148	-0.3357	-0.1911	0.8757	0.4684	0.2861	-0.4022	-0.752	0.3327	-1.0087	-0.094	0.1768	-0.3888	-0.6203	0.0877	1.2287	0.2462	-0.4617	2.0973	0.2808	1.4346	-19.2586	248.3836	51.9916
45	1.7615	0.3269	0.2966	0.9171	1.6344	2.5798	0.227	0.2979	-0.0493	-0.9227	-0.6992	1.6526	-0.2604	-1.3088	-0.0895	0.8346	0.1158	-0.1753	1.1589	0.4901	1.9331	-13.9407	250.6412	71.5843
46	1.5348	-0.68	-1.216	3.3728	0.1138	0.8688	-0.2407	0.9175	0.9877	-0.2364	0.1924	0.1244	-0.0905	0.8812	0.1817	0.8993	0.0678	0.0305	1.2018	0.5698	1.317	0.6332	257.7177	75.2528
47	1.2223	-1.2548	-0.2497	1.9286	0.7079	1.9766	0.3742	0.7501	1.0868	-0.8186	-0.0207	0.4008	0.2717	-0.5023	-0.11	0.6337	-0.0213	-0.1569	1.232	0.7396	1.2038	5.2193	250.8888	66.8723
48	4.6762	-0.6965	0.9104	4.9613	-1.0181	4.0799	-0.4134	0.6179	0.9382	1.0464	0.17	0.1301	-0.7845	0.4036	0.1707	0.6972	-0.0325	0.106	0.9821	0.2628	0.7425	19.77	234.0664	85.8472
49	0.8404	0.9279	0.4792	1.0192	0.5201	0.2572	-0.5237	0.0927	0.0785	-0.8567	-0.0342	0.1576	1.1808	0.1303	0.0842	1.351	0.1334	0.059	2.216	0.0587	1.4271	21.679	216.7074	79.7385
50	0.902	-0.8671	0.6111	0.8305	-0.5979	0.4721	0.5029	-0.4313	0.31	0.2932	0.1708	0.3003	-0.2648	0.8019	-0.141	0.7231	0.0443	0.0672	0.9254	0.1586	0.5913	25.4344	220.2543	87.7228
51	5.838	1.5928	-0.9923	3.671	4.8048	8.2822	0.1146	-0.2673	-0.169	0.5241	-0.1293	-0.6606	-0.7965	0.9889	-0.2776	0.6725	0.0237	-0.033	0.9966	0.2045	0.7581	31.2534	221.4759	99.0602
52	4.0787	-0.3457	-0.2576	4.1281	0.5817	3.7121	0.7058	0.8917	0.1828	0.494	-0.9245	-0.059	0.8477	0.0499	0.1931	0.6911	-0.1572	-0.0448	0.9129	-0.0701	0.6862	36.5276	223.5623	111.3521
53	5.1325	-1.9191	4.492	3.2324	-2.3937	4.1424	-0.5683	-0.0768	0.4203	2.168	-0.4088	-1.065	1.5709	1.2981	-0.0939	1.439	0.1071	-0.0339	1.3621	-0.2741	0.7883	40.7738	227.6017	120.668
54	0.0328	-0.0003	-0.0719	-0.0033	0.0077	0.1426	-0.7858	0.3552	-0.0561	0.3546	-0.0102	-0.0457	-1.4424	-0.084	0.1518	1.4361	0.2524	-0.6029	1.1779	-0.0886	1.6597	45.7079	228.5509	127.9789
55	0.3807	-0.247	-0.1091	0.2014	0.0141	0.0372	-0.2316	-0.3354	1.066	-0.0036	-0.0573	-0.2731	-1.0356	0.3113	-0.126	1.2202	-0.0155	-0.1376	0.9909	-0.2599	1.3626	12.4438	243.7009	118.393
56	0.6378	0.337	1.1234	1.7467	-0.6196	3.1249	0.3014	0.4699	-0.1593	1.4107	-0.4499	0.8674	-0.4325	1.2155	0.0118	0.9118	0.1396	0.2005	0.6583	0.1373	1.0482	15.0101	246.2832	107.0756
57	2.703	1.4377	1.5345	2.5477	-2.4434	6.8505	-0.2965	0.1551	1.0368	-0.4342	-0.7514	1.0515	-1.0969	-0.2331	0.2192	0.765	0.2242	-0.1056	0.9446	0.5839	1.3245	14.289	247.9216	95.6927
58	3.8391	-2.275	-2.8916	4.5238	2.2727	2.3582	-0.9763	-0.5424	-0.5678	0.7677	-0.5919	0.7686	-0.3818	-0.3955	0.7162	0.6441	-0.0078	0.0212	0.9614	0.3978	1.0516	17.2778	249.8038	84.7848
59	0.7732	0.7713	-1.9996	0.7915	-1.8516	5.9059	-0.2916	0.3164	0.8984	0.4985	0.6465	-0.4045	-2.2011	-0.3916	0.0974	0.2445	0.6897	-0.9976	0.979	2.2598	0.5174	20.7145	251.7451	72.0122
60	0.1698	-0.2572	-0.1926	0.3693	0.2637	0.2052	0.4199	-0.381	0.5566	0.4946	0.8354	-0.7207	-0.933	0.5528	-0.3497	1.0479	-0.3283	0.0984	2.127	0.5738	1.2775	22.1309	255.4569	62.9868

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 0:9)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 10:20)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 21:76)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 77:140)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 141:189)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 190:255)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 256:260)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 261:306)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 307:440)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 441:457)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 458:482)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 483:489)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 5:28)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 29:58)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 59:95)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 96:148)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 149:183)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 184:220)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 221:236)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 237:260)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 261:275)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 276:312)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 313:334)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 335:375)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain C and resid 1:29)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain C and resid 30:44)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 45:54)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 55:99)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 100:139)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 140:199)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain C and resid 200:216)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain C and resid 217:250)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain C and resid 251:265)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain C and resid 266:401)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain C and resid 402:454)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain C and resid 455:482)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain D and resid 5:52)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain D and resid 53:79)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain D and resid 80:103)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain D and resid 104:127)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain D and resid 128:180)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain D and resid 181:214)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain D and resid 215:232)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain D and resid 233:256)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain D and resid 257:279)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain D and resid 280:304)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain D and resid 305:357)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain D and resid 358:375)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain E and resid 350:353)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain E and resid 354:360)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain E and resid 361:370)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain E and resid 371:378)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain E and resid 379:384)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain E and resid 385:390)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain H and resid 350:354)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain H and resid 355:364)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain H and resid 365:370)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain H and resid 371:379)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain H and resid 380:387)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain H and resid 388:393)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)