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- PDB-5i8n: Solution Structure of human calcium-binding S100A9 (C3S) protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i8n
タイトルSolution Structure of human calcium-binding S100A9 (C3S) protein
要素Protein S100-A9
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / calgranulin B / homodimer / calcium-binding / migration inhibitory factor-related protein 14 (MRP14)
機能・相同性
機能・相同性情報


S100A9 complex / neutrophil aggregation / calprotectin complex / regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / autocrine signaling / chronic inflammatory response / peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / Toll-like receptor 4 binding / Metal sequestration by antimicrobial proteins / RAGE receptor binding ...S100A9 complex / neutrophil aggregation / calprotectin complex / regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / autocrine signaling / chronic inflammatory response / peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / Toll-like receptor 4 binding / Metal sequestration by antimicrobial proteins / RAGE receptor binding / leukocyte migration involved in inflammatory response / Regulation of TLR by endogenous ligand / astrocyte development / MyD88 deficiency (TLR2/4) / arachidonate binding / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of cytoskeleton organization / antioxidant activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / defense response to fungus / endothelial cell migration / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / neutrophil chemotaxis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of neuron projection development / autophagy / positive regulation of inflammatory response / calcium-dependent protein binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / ER-Phagosome pathway / positive regulation of cell growth / : / secretory granule lumen / microtubule binding / cytoskeleton / defense response to bacterium / inflammatory response / innate immune response / apoptotic process / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. ...S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Chang, C.-C. / Chin, Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and TechnologyMOST 103-2113-M-007 -017 -MY3 台湾
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Blocking the interaction between S100A9 and RAGE V domain using CHAPS molecule: A novel route to drug development against cell proliferation
著者: Chang, C.-C. / Khan, I. / Tsai, K.-L. / Li, H. / Yang, L.-W. / Chou, R.-H. / Yu, C.
履歴
登録2016年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein S100-A9
B: Protein S100-A9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4962
ポリマ－26,4962
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4620 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area11220 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein S100-A9 / Calgranulin-B / Calprotectin L1H subunit / Leukocyte L1 complex heavy chain / Migration inhibitory ...Calgranulin-B / Calprotectin L1H subunit / Leukocyte L1 complex heavy chain / Migration inhibitory factor-related protein 14 / p14 / S100 calcium-binding protein A9


分子量: 13247.955 Da / 分子数: 2 / 変異: C3S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A9, CAGB, CFAG, MRP14
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: P06702

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCA
131isotropic13D HN(CO)CA
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D CBCA(CO)NH
1101isotropic13D HNCO
191isotropic13D HN(CA)CO
181isotropic13D C(CO)NH
171isotropic13D H(CCO)NH
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1141isotropic13D HBHA(CO)NH
1131isotropic13D 1H-15N NOESY
1121isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 2 mM calcium chloride, 2 mM [U-13C; U-15N] S100A9 protein (C3S), , 90% H2O/10% D2O
Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMTRISnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMcalcium chloridenatural abundance1
2 mMS100A9 protein (C3S)[U-13C; U-15N]1
試料状態イオン強度: 0.1 M / Label: conditions_1 / pH: 7.5 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 310 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VNMRS / 製造業者: Varian / モデル: VNMRS / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ2.3Varian解析
Sparky3.1Goddardchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readpeak picking
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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