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- PDB-5i72: Crystal structure of the oligomeric form of the Lassa virus matri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i72
タイトルCrystal structure of the oligomeric form of the Lassa virus matrix protein Z
要素RING finger protein Z
キーワードVIRAL PROTEIN / arenavirus / Lassa virus / matrix / Z / oligomer
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral budding from plasma membrane / virion component / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell plasma membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RING finger protein Z, zinc finger / RING finger protein Z, arenaviridae / Protein Z, RING-type zinc finger superfamily / P-11 zinc finger
類似検索 - ドメイン・相同性
RING finger protein Z
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hastie, K. / Zandonatti, M. / Liu, T. / Li, S. / Woods Jr, V. / Saphire, E.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI2008031 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Oligomeric Form of Lassa Virus Matrix Protein Z.
著者: Hastie, K.M. / Zandonatti, M. / Liu, T. / Li, S. / Woods, V.L. / Saphire, E.O.
履歴
登録2016年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RING finger protein Z
B: RING finger protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4326
ポリマ－12,1712
非ポリマー2624
水00
1
A: RING finger protein Z
B: RING finger protein Z
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,59436
ポリマ－73,02412
非ポリマー1,57024
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_545y+1/3,x-1/3,-z+2/31
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
crystal symmetry operation18_655-x+4/3,-x+y+2/3,-z+2/31
Buried area16200 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area33300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.961, 116.961, 82.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain AA1 - 2
211chain BB1 - 2

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要素

#1: タンパク質 RING finger protein Z / Protein Z / Zinc-binding protein


分子量: 6085.327 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 25-77 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lassa virus (strain Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976) (ウイルス)
株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O73557
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 300-400mM ammonium sulfate, 100mM HEPES pH 7.5 and 17% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.2827 Å
検出器タイプ: 3 x 3 CCD array (ADSC Q315R) / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→38.221 Å / Num. obs: 9325 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 86.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 47129 / Scaling rejects: 2357
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRrim(I) allΧ2Rejects% possible all
2.9-34.730.392.848469550.441.14331100
3-3.124.770.3043.746309140.3411.13271100
3.12-3.274.760.2884.347189300.3231.1629299.8
3.27-3.444.810.1935.547639390.2171.0625199.7
3.44-3.654.780.1447.146959340.1620.9722799.9
3.65-3.944.80.1019.746599260.1130.8621699.9
3.94-4.334.90.06713.747309330.0740.7715799.8
4.33-4.964.90.0541746729240.0610.6714099.9
4.96-6.244.880.06116.847329390.0680.7214699.8
6.24-38.214.680.05221.346849310.0590.8232699.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→38.221 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.94 / 位相誤差: 25.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2093 433 4.65 %
Rwork0.1904 8884 -
obs0.1913 9317 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 162.25 Å2 / Biso mean: 89.7017 Å2 / Biso min: 52.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→38.221 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数822 0 4 0 826
Biso mean--94.76 --
残基数----104
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011859
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3711166
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045130
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.928318
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A468X-RAY DIFFRACTION5.105TORSIONAL
12B468X-RAY DIFFRACTION5.105TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9018-3.32140.27291330.27429893122100
3.3214-4.18380.19961520.208929383090100
4.1838-38.22440.20151480.16412957310599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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