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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5i72 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the oligomeric form of the Lassa virus matrix protein Z | ||||||
![]() | RING finger protein Z | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / arenavirus / Lassa virus / matrix / Z / oligomer | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding via host ESCRT complex / viral budding from plasma membrane / virion component / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell plasma membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hastie, K. / Zandonatti, M. / Liu, T. / Li, S. / Woods Jr, V. / Saphire, E.O. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Oligomeric Form of Lassa Virus Matrix Protein Z. 著者: Hastie, K.M. / Zandonatti, M. / Liu, T. / Li, S. / Woods, V.L. / Saphire, E.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6|||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6085.327 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 25-77 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 300-400mM ammonium sulfate, 100mM HEPES pH 7.5 and 17% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: 3 x 3 CCD array (ADSC Q315R) / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.2827 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→38.221 Å / Num. obs: 9325 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 86.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 47129 / Scaling rejects: 2357 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 162.25 Å2 / Biso mean: 89.7017 Å2 / Biso min: 52.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→38.221 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3
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