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- PDB-5i6q: Crystal structure of color device state B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i6q
タイトルCrystal structure of color device state B
要素
  • DNA (26-MER)
  • DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*C)-3')
キーワードDNA / tensegrity triangle / single strand extending
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.912 Å
データ登録者Hao, Y. / Birktoft, J. / Seeman, N.C.
資金援助 米国, 9件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-29554 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CMMI-1120890 米国
National Science Foundation (NSF, United States)EFRI-1332411 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CCF-1117210 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CCF-1526650 米国
Army Research OfficeMURI W911NF-11-1-0024 米国
Office of Naval ResearchMURI N000140911118 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0007991 米国
Gordon and Betty Moore FoundationGBMF3849 米国
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2017
タイトル: A device that operates within a self-assembled 3D DNA crystal.
著者: Hao, Y. / Kristiansen, M. / Sha, R. / Birktoft, J.J. / Hernandez, C. / Mao, C. / Seeman, N.C.
履歴
登録2016年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*T)-3')
B: DNA (26-MER)
C: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*TP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6618
ポリマ－41,6618
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7800 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area23120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.643, 69.012, 69.265
Angle α, β, γ (deg.)99.020, 96.630, 100.280
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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DNA鎖 , 8種, 8分子 ABCDEFGH

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*T)-3')


分子量: 6424.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7853.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 4366.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*AP*TP*C)-3')


分子量: 4295.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*TP*AP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*GP*C)-3')


分子量: 4327.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 6432.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量: 6457.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#8: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*AP*C)-3')


分子量: 1504.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 7.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.49 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30 mM sodium cacodylate, 50 mM magnesium acetate, 50 mM ammonium sulfate, 5 mM magnesium chloride and 25 mM Tris?HCl (pH 8.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.912→50 Å / Num. obs: 4712 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 262.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.733 / Net I/av σ(I): 29.381 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 14123
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
4.912-5.472.90.5391680.96284
5.47-5.573.10.5551820.98487.5
5.57-5.683.20.5022120.95496.4
5.68-5.793.30.5591901.04695.5
5.79-5.923.40.4981950.85398
5.92-6.063.40.4362091.0698.6
6.06-6.213.50.5082111.00397.7
6.21-6.383.60.3451901.10999.5
6.38-6.563.60.341951.28998.5
6.56-6.783.60.32291.289100
6.78-7.023.60.2111941.21998.5
7.02-7.33.60.1822101.34100
7.3-7.633.50.1232081.39599.5
7.63-8.033.40.0852022.18799
8.03-8.533.60.0742092.061100
8.53-9.183.80.0681882.311100
9.18-10.13.80.0652182.02499.5
10.1-11.553.80.0552072.52399.5
11.55-14.493.90.0482063.218100
14.49-503.80.0511754.97587.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2152)精密化
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GBI

3gbi


解像度: 4.912→33.389 Å / SU ML: 0.76 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 39.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 477 10.12 %
Rwork0.1483 4235 -
obs0.1555 4712 86.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 770.28 Å2 / Biso mean: 313.9663 Å2 / Biso min: 180.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.912→33.389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2767 0 0 2767
残基数----136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133099
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2624768
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069537
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d42.671329
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
4.9117-5.61950.29971160.27111010112662
5.6195-7.0690.32141800.30211606178698
7.069-33.38970.19311810.10381619180098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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