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- PDB-5i6c: The structure of the eukaryotic purine/H+ symporter, UapA, in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i6c
タイトルThe structure of the eukaryotic purine/H+ symporter, UapA, in complex with Xanthine
要素Uric acid-xanthine permease
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane protein eukaryotic uric acid/xanthine H+ symporter
機能・相同性
機能・相同性情報


xanthine transport / xanthine transmembrane transporter activity / autophagosome lumen / purine nucleobase binding / urate transport / urate transmembrane transporter activity / fungal-type vacuole / endosome membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Xanthine/uracil permease / Xanthine/uracil permeases family signature. / Nucleobase cation symporter 2 family / Permease family
類似検索 - ドメイン・相同性
XANTHINE / Uric acid-xanthine permease
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Alguel, Y. / Amillis, S. / Leung, J. / Lambrinidis, G. / Capaldi, S. / Scull, N.J. / Craven, G. / Iwata, S. / Armstrong, A. / Mikros, E. ...Alguel, Y. / Amillis, S. / Leung, J. / Lambrinidis, G. / Capaldi, S. / Scull, N.J. / Craven, G. / Iwata, S. / Armstrong, A. / Mikros, E. / Diallinas, G. / Cameron, A.D. / Byrne, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structure of eukaryotic purine/H(+) symporter UapA suggests a role for homodimerization in transport activity.
著者: Alguel, Y. / Amillis, S. / Leung, J. / Lambrinidis, G. / Capaldi, S. / Scull, N.J. / Craven, G. / Iwata, S. / Armstrong, A. / Mikros, E. / Diallinas, G. / Cameron, A.D. / Byrne, B.
履歴
登録2016年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uric acid-xanthine permease
B: Uric acid-xanthine permease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,7568
ポリマ－122,4092
非ポリマー2,3476
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8590 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area37070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.090, 173.830, 82.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uric acid-xanthine permease / UAPA transporter


分子量: 61204.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
遺伝子: uapA, AN6932 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q07307
#2: 化合物 ChemComp-XAN / XANTHINE / キサンチン


分子量: 152.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O2
#3: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.99 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Peg300, 0.1 MES ph 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.992 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→76.9 Å / Num. obs: 20599 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3.7→3.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.965

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.7→76.861 Å / SU ML: 0.71 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 43.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3267 1065 5.18 %
Rwork0.2963 --
obs0.2978 20574 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→76.861 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6979 0 148 0 7127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067292
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1039944
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2942509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411226
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091222
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7-3.86840.44911100.40292439X-RAY DIFFRACTION98
3.8684-4.07230.41091350.3792456X-RAY DIFFRACTION98
4.0723-4.32750.38711290.32332438X-RAY DIFFRACTION98
4.3275-4.66150.32691320.2822458X-RAY DIFFRACTION98
4.6615-5.13060.33051520.28152427X-RAY DIFFRACTION98
5.1306-5.87270.32621310.32472438X-RAY DIFFRACTION98
5.8727-7.39810.29821510.32522455X-RAY DIFFRACTION98
7.3981-76.87740.2911250.25012398X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.46430.03030.66923.3391-0.42152.9008-0.12820.05940.7718-0.21060.49870.2211-0.3516-0.129-01.5216-0.01570.01191.5620.03331.5078-62.3381-15.63956.3839
24.7815-1.34521.3613.62120.09714.3070.1807-0.6005-1.3184-0.13930.0002-1.09640.10380.36690.00011.49880.00270.11271.58070.17192.3112-36.5038-42.42529.7886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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