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- PDB-5i5k: Structure of complement C5 in complex with eculizumab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i5k
タイトルStructure of complement C5 in complex with eculizumab
要素
  • Complement C5
  • Eculizumab heavy chain (variable domain)
  • Eculizumab light chain (variable domain)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complement / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / chemotaxis / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. ...: / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / : / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Schatz-Jakobsen, J.A. / Andersen, G.R.
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Eculizumab-Mediated Inhibition of the Complement Terminal Pathway.
著者: Schatz-Jakobsen, J.A. / Zhang, Y. / Johnson, K. / Neill, A. / Sheridan, D. / Andersen, G.R.
履歴
登録2016年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22016年6月29日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Complement C5
H: Eculizumab heavy chain (variable domain)
L: Eculizumab light chain (variable domain)
A: Complement C5
X: Eculizumab heavy chain (variable domain)
Y: Eculizumab light chain (variable domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)474,2288
ポリマ－473,0556
非ポリマー1,1732
水00
1
B: Complement C5
H: Eculizumab heavy chain (variable domain)
L: Eculizumab light chain (variable domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,1144
ポリマ－236,5283
非ポリマー5871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Complement C5
X: Eculizumab heavy chain (variable domain)
Y: Eculizumab light chain (variable domain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,1144
ポリマ－236,5283
非ポリマー5871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)197.704, 269.321, 202.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Complement C5 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 4


分子量: 188512.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01031
#2: 抗体 Eculizumab heavy chain (variable domain)


分子量: 24860.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Eculizumab light chain (variable domain)


分子量: 23154.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.2 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Imidazole pH 6.2 4% v/v Tacsimate pH 7 8% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→49.8 Å / Num. obs: 76073 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.166 / Net I/σ(I): 6.28
反射 シェル最高解像度: 4.2 Å / 冗長度: 5.01 % / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2152: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KMT, 3PVM

4kmt

3pvm


解像度: 4.2→49.795 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2436 1865 2.45 %
Rwork0.2045 --
obs0.2055 76073 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→49.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32452 0 78 0 32530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00333282
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64145218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.37420052
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0455150
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045738
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.2-4.31350.33581430.32015687X-RAY DIFFRACTION100
4.3135-4.44040.32921430.30735672X-RAY DIFFRACTION100
4.4404-4.58360.351430.28875704X-RAY DIFFRACTION100
4.5836-4.74730.34321440.27255714X-RAY DIFFRACTION100
4.7473-4.93720.32251430.26545696X-RAY DIFFRACTION99
4.9372-5.16170.28641420.23125653X-RAY DIFFRACTION100
5.1617-5.43350.26281440.22285714X-RAY DIFFRACTION100
5.4335-5.77340.28361440.22235722X-RAY DIFFRACTION100
5.7734-6.21840.27481430.21575715X-RAY DIFFRACTION100
6.2184-6.84280.23551440.20535701X-RAY DIFFRACTION100
6.8428-7.82970.25011450.18295746X-RAY DIFFRACTION100
7.8297-9.8520.17221430.15375719X-RAY DIFFRACTION100
9.852-49.79830.18741440.16165765X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.88021.0083-1.27442.443-0.9291.1086-0.1122.0171-0.7777-0.98581.0143-0.9781.33722.66330.08931.5383-0.21390.03865.2491-0.42742.217846.419782.711834.6804
21.91921.08830.85553.04882.84183.685-0.59493.78880.02340.22920.8936-0.0874-0.46661.06740.00221.6432-0.25760.03763.2998-0.29531.81839.929172.842442.0811
31.2027-0.7604-1.84851.61251.75782.45150.01521.59540.9981-1.61760.17030.08330.4953-0.327702.663-0.8105-0.71043.46251.01462.2688-14.993693.18823.7668
40.2971-0.7745-0.27271.4510.75580.1456-0.72981.07111.047-1.54760.82080.3868-1.16970.08230.00042.9705-1.5073-0.53015.95181.39572.721419.5281103.44069.8054
52.3752-0.0012-1.76353.1961-0.55661.3745-1.58541.99561.8647-1.9620.82320.6276-0.81061.7126-0.33092.8808-1.73170.23157.12160.54332.08838.214688.079912.636
62.48692.00460.46262.38971.64061.1247-0.89170.8513-0.1413-0.53591.2697-0.44260.33220.953601.8436-0.17080.26323.5923-0.61631.71184.160863.075224.5316
72.6095-0.1065-1.10842.00321.02514.6689-0.4402-0.3016-1.2742-0.269-0.2035-0.02560.59471.6796-0.00052.1256-0.1146-0.26562.7797-0.03121.8026-30.22753.929925.4987
81.4337-1.72630.12511.8276-0.0896-0.0092-0.61183.82751.41830.01610.9499-0.0468-0.35571.08770.00222.6337-0.8450.00274.55610.55782.082324.967788.740627.1753
94.2044-0.3177-0.2361-0.05910.34043.01070.44390.8677-1.12010.0982-0.1239-0.18350.6679-0.09930.00022.4578-0.0708-0.01561.4266-0.03312.1414-19.065841.498165.9448
103.4033-1.72-1.39735.79020.09063.7375-0.03640.1247-0.00920.26970.0480.2402-0.04620.5210.00011.5394-0.1476-0.12931.3459-0.02021.3045-8.694767.664673.1274
114.250.740.60785.59822.50393.50090.34290.69330.39560.1995-0.29250.26540.41920.0907-01.7228-0.2001-0.07561.69160.14811.5093-33.366472.639554.7223
122.5171-2.3915-0.2732.24660.99551.17241.22242.73471.3379-0.9417-0.76850.0213-0.35060.61050.00072.16660.18620.17872.78120.65892.3987-26.383898.126646.7868
131.7035-0.5497-1.76710.11940.5371.56241.4306-0.9894-1.04442.49710.59370.9587-0.6265-1.6659-0.0024.1503-0.63530.02393.60080.27773.8026-56.216338.685653.3085
143.1274-1.26342.25632.7482-0.21463.518-0.1014-0.20640.1311-1.0776-0.2610.1102-0.37940.2102-0.00041.6361-0.0296-0.33962.1279-0.1082.108769.3023104.3467133.8584
150.02230.0396-0.12990.0888-0.32750.2969-1.1575-4.41481.88650.98670.3883-0.6587-2.0733-1.17760.00332.74130.5159-1.00624.9418-0.78613.329390.7756107.6213163.8024
160.7254-0.5561.14260.5326-0.74571.6232-0.5733-1.5528-0.2362-0.4150.4851-0.95271.39881.74160.00021.74850.3197-0.12082.47170.03582.859783.42987.9934131.1116
170.06470.15220.24331.21831.71082.2809-0.6429-1.56251.00632.7381-1.0630.53562.7427-2.5781-0.06393.16440.2456-0.22675.0468-0.14622.64790.009292.1838167.0681
182.37260.6547-1.83231.6911-1.25092.70050.26720.6053-0.2937-1.2958-0.5180.45680.88660.79610.00032.3748-0.12060.00281.4977-0.30911.678422.519635.282275.5519
194.7651-0.50580.13792.9564-0.24641.9839-0.1060.4396-0.0292-0.7254-0.2992-0.1209-0.0994-0.3508-01.6535-0.22130.1711.2054-0.05461.906932.2371.658483.1756
204.79661.6931-3.42792.265-0.56953.6283-0.41230.2514-0.22990.19520.3089-0.37470.25370.140501.59170.1967-0.12251.5892-0.07911.692828.057281.4136118.3565
212.5223-0.38160.03953.90921.7324.73020.0686-0.1356-0.1866-0.13790.1115-0.2669-0.37980.10480.00021.72790.02980.09151.30180.07411.685922.155842.8727116.6889
222.44930.2487-0.41584.7864-1.72332.75860.338-0.6589-0.0882-0.3345-0.4469-0.99060.81450.9286-0.00031.80980.10120.03960.9951-0.05531.947430.645930.627297.5595
233.69631.34731.73932.64390.49410.72890.3224-0.3549-0.66030.867-0.0698-0.41290.2315-0.04420.00011.56160.1749-0.04621.4840.00832.115350.328769.59793.3101
242.2873-1.83762.20446.2915-1.40462.08550.03-0.82590.1524-0.55580.7422-0.86840.403-0.0977-0.00051.6376-0.19850.04291.7122-0.10342.060862.1517101.1343106.0784
251.28451.2708-1.37361.4546-0.74081.60890.2134-0.0472-0.3157-0.5891-0.4822-0.9002-0.776-0.3658-0.0011.92870.08570.15991.6149-0.01781.893224.284249.380294.1844
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精密化 TLSグループ
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34X-RAY DIFFRACTION34chain Y and resid 106:230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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