PDB-5i4r: Contact-dependent inhibition system from Escherichia coli NC101 -...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i4r

タイトル

Contact-dependent inhibition system from Escherichia coli NC101 - ternary CdiA/CdiI/EF-Tu complex (trypsin-modified)

要素

(Elongation factor Tu) x 2
Contact-dependent inhibitor A
Contact-dependent inhibitor I

キーワード

TOXIN/ANTITOXIN / toxin / antitoxin / elongation factor / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes / UC4CDI / TOXIN-ANTITOXIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

guanyl-nucleotide exchange factor complex / protein-synthesizing GTPase / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / translation elongation factor activity / toxin activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / response to antibiotic / GTPase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli NC101 (大腸菌)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Michalska, K. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Hayes, C.S. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes (UC4CDI)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM094585	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM102318	米国

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Structure of a novel antibacterial toxin that exploits elongation factor Tu to cleave specific transfer RNAs.
著者: Michalska, K. / Gucinski, G.C. / Garza-Sanchez, F. / Johnson, P.M. / Stols, L.M. / Eschenfeldt, W.H. / Babnigg, G. / Low, D.A. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Hayes, C.S.

履歴

登録	2016年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i4r.cif.gz	457.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i4r.ent.gz	381 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/5i4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/5i4r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5i4qSC 1ercS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7d77-d 6n4b-d 3hi6-d 7868 6oik-d 2vpf-d 6kpf-d 7dfl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-CPX200205 TargetTrack: MCSG-APC111455 TargetTrack: MCSG-APC111472

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (15) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (13) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (13) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (6) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Contact-dependent inhibitor A

C: Elongation factor Tu

D: Elongation factor Tu

B: Contact-dependent inhibitor I

E: Contact-dependent inhibitor A

G: Elongation factor Tu

H: Elongation factor Tu

F: Contact-dependent inhibitor I

ヘテロ分子

134 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.395, 128.354, 100.358
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.58, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	E
1	2	C
2	2	G
3	2	D
4	2	H
1	3	B
2	3	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	LYS	LYS	A	A	169 - 253	6 - 90
2	1	ILE	ILE	LYS	LYS	E	E	169 - 253	6 - 90
1	2	LYS	LYS	GLY	GLY	C	B	10 - 42	10 - 42
2	2	LYS	LYS	GLY	GLY	G	F	10 - 42	10 - 42
3	2	GLY	GLY	LEU	LEU	D	C	60 - 393	1 - 334
4	2	GLY	GLY	LEU	LEU	H	G	60 - 393	1 - 334
1	3	ASP	ASP	GLU	GLU	B	D	2 - 106	2 - 106
2	3	ASP	ASP	GLU	GLU	F	H	2 - 106	2 - 106

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Contact-dependent inhibitor A / CdiA 分子量: 10476.635 Da / 分子数: 2 / 断片: toxin domain / 由来タイプ: 組換発現詳細: The cloned fragment corresponds to Val3035-Lys3289 of the full-length protein (CdiA-CT). The final purified ternary complex was treated with trypsin that cleaved CdiA-CT after Lys3196. 由来: (組換発現) Escherichia coli NC101 (大腸菌) / 株: NC101 / プラスミド: pMCSG58 / 詳細 (発現宿主): dual expression vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Gold / 参照: UniProt: P0DSI1*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	Elongation factor Tu / EF-Tu 分子量: 4804.528 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal / 由来タイプ: 天然詳細: Short trypsin treatment prior to crystallization cleaved EF-Tu after Arg45 and after Arg59. The sample is a mixture of tufA and tufB gene products (GI 947838, 948482). 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7ZSL4, UniProt: P0CE48*PLUS
#3: タンパク質	Elongation factor Tu / EF-Tu 分子量: 36966.277 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal / 由来タイプ: 天然詳細: Short trypsin treatment prior to crystallization cleaved EF-Tu after Arg45 and after Arg59. The sample is a mixture of tufA and tufB gene products (GI 947838, 948482). 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7ZSL4, UniProt: P0CE47*PLUS
#4: タンパク質	Contact-dependent inhibitor I / CdiI 分子量: 14227.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli NC101 (大腸菌) / 株: NC101 / プラスミド: pMCSG58 / 詳細 (発現宿主): dual expression vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Gold / 参照: UniProt: P0DSM8*PLUS
#5: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.05 M KCl 0.1 M HEPES pH=7.0, 1.0 M ammonium sulfate, cryo 3.0 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月8日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 26374 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 63.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.959 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5I4Q,1ERC

5i4q

1erc

解像度: 3.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 65.902 / SU ML: 0.431 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.545 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26778	1008	3.9 %	RANDOM
R_work	0.24299	-	-	-
obs	0.24399	24766	96.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 115.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.35 Å²	0 Å²	3.4 Å²
2-	-	4.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8885	0	56	0	8941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	9141
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	8728
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.445	1.969	12376
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.089	2.998	20138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.765	5	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.118	23.81	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.271	15	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.133	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	10325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.982	8.784	4484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.981	8.784	4483
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.392	13.177	5591
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.392	13.177	5592
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.336	9.046	4657
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.336	9.046	4657
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.956	13.477	6786
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.857	83.193	36622
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.857	83.195	36623
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9712	0.07
1	2	E	9712	0.07
2	1	C	44142	0.09
2	2	G	44142	0.09
2	3	D	44142	0.09
2	4	H	44142	0.09
3	1	B	12328	0.09
3	2	F	12328	0.09

LS精密化シェル

解像度: 3.304→3.389 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	65	-
R_work	0.369	1725	-
obs	-	-	90.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.5304	-8.5896	0.8129	10.2395	1.7069	8.8571	0.325	0.3115	0.012	-1.0691	0.1253	-0.2462	-0.277	0.0413	-0.4502	0.71	-0.1033	0.3526	0.4711	0.2397	0.3869	103.1559	0.2673	10.6754
2	0.5036	0.6204	0.373	3.3704	-0.0928	2.8654	-0.0287	-0.1692	0.0663	-0.4405	-0.0726	0.1795	-0.1619	0.1052	0.1013	0.554	-0.0196	0.0077	0.1044	0.0304	0.1346	91.5253	5.1448	19.3133
3	4.2879	6.6195	2.8463	12.6264	1.5622	5.2536	0.5343	0.147	-0.5861	1.0129	0.1618	-0.6273	0.1672	0.2493	-0.696	0.1554	0.0665	-0.0255	0.1938	-0.0132	0.3582	84.2402	-23.3113	43.5391
4	0.7863	2.7347	-0.1381	9.7366	0.4077	3.9362	0.0296	0.0009	0.0682	-0.0223	-0.0391	0.3157	-0.5487	-0.269	0.0095	0.4202	0.0102	-0.0227	0.1301	0.0441	0.2394	91.4611	6.548	38.6709
5	3.1719	-0.4715	-1.031	1.3202	0.0341	1.4216	-0.0473	-0.216	-0.1515	-0.1675	-0.1989	0.0746	0.189	0.2605	0.2463	0.5145	0.06	0.0226	0.1059	-0.0071	0.1174	120.458	-46.6364	14.4306
6	2.2318	0.1039	-2.6232	4.0261	1.158	3.5568	0.2139	0.0555	-0.1056	-0.4132	-0.277	0.0349	-0.2716	-0.1563	0.0632	0.5221	0.1144	-0.0136	0.1089	0.054	0.1418	92.371	-17.3928	14.3018
7	1.9096	-0.9245	0.1672	1.5004	-1.053	3.2722	-0.1205	-0.0236	-0.0565	-0.0748	-0.0265	0.1474	0.1739	-0.0932	0.1469	0.4678	-0.0474	-0.0112	0.0682	-0.0299	0.1967	96.161	-39.9006	29.9853
8	6.5714	3.991	-0.9668	3.9573	-0.8211	9.1068	0.176	-0.2532	-0.4025	-0.082	0.0912	-0.1409	-0.0128	-0.2816	-0.2672	0.0994	-0.0343	-0.0234	0.2995	0.1294	0.234	63.585	-29.3021	60.199
9	2.3432	2.1214	-1.8109	7.3594	1.7235	5.6088	0.3676	0.0359	-0.0907	-0.2652	-0.2225	0.005	-0.1991	-0.3196	-0.1451	0.2099	0.0447	-0.098	0.4301	0.0456	0.3167	53.9371	-21.9344	51.0632
10	8.5608	6.7728	2.7353	8.4987	3.8206	2.0952	0.2142	0.1868	-0.5168	0.3307	-0.0144	-0.7583	0.4058	0.1333	-0.1998	0.3163	0.0584	0.0119	0.2048	-0.0134	0.3158	91.449	-16.3398	37.7153
11	6.4743	2.6206	0.4807	3.1048	3.0927	4.1991	0.0145	0.2947	0.0237	-0.2553	-0.1089	0.0554	-0.2761	-0.3997	0.0944	0.2239	-0.069	-0.0823	0.2228	-0.0231	0.2997	64.4463	-30.6387	35.5521
12	1.1072	0.376	-0.4654	0.9406	-0.9708	2.1082	-0.1216	-0.0727	0.0933	0.1927	-0.0937	0.0157	0.0904	0.3681	0.2153	0.4162	0.033	-0.0813	0.2324	0.007	0.1385	106.1507	-33.3109	83.966
13	3.0665	1.6647	0.1481	1.8257	-0.7163	4.1366	0.0052	-0.0704	0.113	0.1994	0.1378	-0.1544	-0.1501	-0.3017	-0.143	0.1208	0.0414	-0.028	0.3665	0.0724	0.178	76.2281	-15.3079	64.3986
14	5.7218	-0.2541	1.1271	3.3913	-1.193	1.7991	0.2175	-0.0776	0.3699	-0.0311	-0.2057	0.1089	-0.1512	0.1539	-0.0118	0.1197	-0.0629	-0.0393	0.2553	0.0123	0.2438	103.2366	-17.5019	59.1694

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	168 - 186
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	187 - 254
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 23
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	24 - 108
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	9 - 42
6	X-RAY DIFFRACTION	5	D	60 - 204
7	X-RAY DIFFRACTION	6	D	205 - 299
8	X-RAY DIFFRACTION	7	D	300 - 394
9	X-RAY DIFFRACTION	8	E	169 - 205
10	X-RAY DIFFRACTION	9	E	206 - 254
11	X-RAY DIFFRACTION	10	F	2 - 24
12	X-RAY DIFFRACTION	11	F	25 - 107
13	X-RAY DIFFRACTION	12	G	10 - 42
14	X-RAY DIFFRACTION	12	H	60 - 204
15	X-RAY DIFFRACTION	13	H	205 - 302
16	X-RAY DIFFRACTION	14	H	303 - 394

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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