PDB-5i4c: Crystal structure of non-phosphorylated receiver domain of the st...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i4c

タイトル

Crystal structure of non-phosphorylated receiver domain of the stress response regulator RcsB from Escherichia coli

要素

Transcriptional regulatory protein RcsB

キーワード

GENE REGULATION / Rcs phosphorelay / DNA-binding / transcriptional regulator / rprA / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of capsule organization / regulation of carbohydrate catabolic process / single-species biofilm formation on inanimate substrate / positive regulation of cell projection organization / cellular stress response to acidic pH / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / phosphorelay signal transduction system / transcription regulator complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Minasov, G. / Ruan, J. / Pshenychnyi, S. / Wolfe, A.J. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of nonphosphorylated receiver domain of the stress response regulator RcsB from Escherichia coli.
著者: Filippova, E.V. / Wawrzak, Z. / Ruan, J. / Pshenychnyi, S. / Schultz, R.M. / Wolfe, A.J. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2016年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月30日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / Item: _citation.journal_id_CSD
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i4c.cif.gz	67 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i4c.ent.gz	49.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i4c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/5i4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/5i4c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2rbg-d 6w72-d 1t2w-4 6xvs-d 3c97-1 2hmu-d 1cxv-d 4e16-d 3eqz-d 3d8t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: idp91817

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulatory protein RcsB

16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulatory protein RcsB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
32.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.197, 61.197, 65.226
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-240- HOH

詳細

SEC-MALS analysis also shows that protein can exist in dimeric state

#1: タンパク質	Transcriptional regulatory protein RcsB / Capsular synthesis regulator component B 分子量: 16037.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: rcsB, b2217, JW2205 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 magic / 参照: UniProt: P0DMC7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Transcriptional regulatory protein RcsB / Capsular synthesis regulator component B

分子量: 16037.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: rcsB, b2217, JW2205 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 magic / 参照: UniProt: P0DMC7

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5 M Sodium Formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月25日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 9939 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		モデル構築
BALBES		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 8.573 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.165 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23775	497	5 %	RANDOM
R_work	0.17262	-	-	-
obs	0.17589	9421	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.859 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0.12 Å²	0 Å²
2-	-	0.24 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1011	0	0	81	1092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.016	1.991	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.074	3	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.917	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.347	26.585	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.271	15	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.203	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	202
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.752	2.669	528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.753	2.666	527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.601	3.99	660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.599	3.993	661
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.624	3.005	510
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.602	2.998	508
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.066	4.389	753
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.575	22.788	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.494	22.321	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.999→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	28	-
R_work	0.24	687	-
obs	-	-	98.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4268	-0.4845	-0.4692	2.1414	0.042	5.1744	0.0834	0.0604	-0.0845	-0.1384	-0.1378	0.1045	0.0293	-0.1677	0.0545	0.0249	0.0164	-0.0244	0.0695	-0.0022	0.0705	6.7757	21.9794	7.5334
2	1.3895	-0.652	-0.5037	2.3671	0.9665	2.8769	0.0597	-0.0471	-0.1011	-0.0641	-0.229	0.2742	0.0976	-0.0942	0.1693	0.0184	-0.0054	-0.0162	0.0611	-0.0021	0.0559	3.3489	26.571	13.2899
3	3.3857	0.5847	-1.2188	3.2483	-2.4933	7.8891	-0.1244	-0.1417	0.0498	0.1504	-0.0922	-0.219	-0.4658	0.1743	0.2166	0.0452	-0.0117	-0.0111	0.0206	-0.0079	0.0289	9.1612	38.7959	16.4631
4	3.804	-1.2235	-3.635	3.7626	1.4393	3.4987	0.084	-0.4412	0.1174	-0.0977	0.053	-0.276	-0.1	0.3975	-0.137	0.0414	0.0197	-0.0057	0.159	-0.0152	0.039	14.3015	30.9653	17.7176
5	13.4134	0.5651	-5.2768	7.0485	-1.2484	4.7601	-0.5505	0.7192	0.1494	0.2352	0.7132	-0.1131	0.0095	-0.0008	-0.1628	0.096	-0.0679	-0.0284	0.1978	-0.0072	0.0245	20.1944	32.1671	22.097
6	3.5426	0.704	-0.9314	1.1905	-0.5196	4.4099	-0.1435	-0.2001	-0.362	-0.075	0.1031	-0.1476	0.2581	0.061	0.0404	0.0619	0.0549	0.0173	0.1067	0.028	0.0576	16.4085	19.8663	16.5245

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	59 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	76 - 94
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	95 - 102
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	103 - 132

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)