PDB-5i45: 1.35 Angstrom Crystal Structure of C-terminal Domain of Glycosyl ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i45

タイトル

1.35 Angstrom Crystal Structure of C-terminal Domain of Glycosyl Transferase Group 1 Family Protein (LpcC) from Francisella tularensis.

要素

Glycosyl transferases group 1 family protein

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyl Transferase Group 1 Family / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素 / glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Minasov, G. / Filippova, E. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Shatsman, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.35 Angstrom Crystal Structure of C-terminal Domain of Glycosyl Transferase Group 1 Family Protein (LpcC) from Francisella tularensis.
著者: Minasov, G. / Filippova, E. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Dubrovska, I. / Shatsman, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i45.cif.gz	108.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i45.ent.gz	83.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/5i45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/5i45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3c4qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bqn-1 2h5c-d 1lf7-d 1q21-d 3bdv-1 6fa3-2 3bqf-d 2mtv-d 3boh-2 3bqe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-idp02297

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glycosyl transferases group 1 family protein

24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.484, 58.962, 41.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Glycosyl transferases group 1 family protein 分子量: 24624.842 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 140-354 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (バクテリア) 株: SCHU S4 / Schu 4 / 遺伝子: lpcC, FTT_1235c, BZ14_1572 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q5NFJ9, 転移酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 29 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: Protein: 10.4 mg/ml, 0.01M Tris-HCL (pH 8.3); Screen: PACT (D6), 0.1M MMT buffer (pH 9.0), 25% (w/v) PEG 1500.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月8日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 36249 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 15.5 Å² / CC_1/2: 0.811 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 35.5
反射シェル	解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB-3C4Q

3c4q

解像度: 1.35→29.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.084 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.069 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20303	1654	4.6 %	RANDOM
R_work	0.16157	-	-	-
obs	0.16355	34441	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.506 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.84 Å²	0 Å²	-0.27 Å²
2-	-	-0.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.35→29.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1544	0	0	269	1813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1817
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.56	1.971	2585
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.901	3	4228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.486	5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.363	25.465	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.567	15	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.774	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.021	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.019	0.02	418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.717	0.934	941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.71	0.933	940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.187	1.398	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.186	1.399	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.04	1.085	945
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.039	1.086	946
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.634	1.577	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.485	9.533	2495
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.242	8.469	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	113	-
R_work	0.25	2533	-
obs	-	-	99.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2605	-1.3349	0.1531	1.7793	0.0822	0.8395	0.0131	0.1279	-0.1493	-0.0531	-0.0624	0.0889	0.1126	-0.0957	0.0492	0.0546	-0.0279	-0.0022	0.0906	-0.0055	0.0113	10.845	24.9526	18.7759
2	1.0703	0.2874	0.0903	1.535	-0.5723	1.1277	-0.0162	0.0125	0.0502	0.0353	0.009	0.0601	-0.0107	-0.0928	0.0072	0.0023	0.0047	0.0028	0.0801	-0.0017	0.0132	9.2094	30.6222	35.5842
3	0.8107	-1.6779	0.8089	6.9283	-2.0464	1.8155	-0.0511	-0.0285	-0.1066	0.2518	0.1262	0.2595	-0.048	-0.2599	-0.0751	0.0114	0.0059	0.0112	0.0838	0.0035	0.0186	2.691	24.755	43.7605
4	0.6861	-0.0556	0.1082	0.775	-0.152	0.9027	-0.0227	0.0262	-0.0918	-0.0186	0.0161	0.0176	0.1412	-0.1127	0.0066	0.0269	-0.0249	0.0063	0.0889	-0.0054	0.0131	10.5001	23.1253	30.2938
5	0.8578	-0.1025	-0.4267	1.0473	0.045	1.6685	-0.0421	-0.0478	0.0071	0.0425	-0.0222	-0.0959	0.0601	0.0683	0.0643	0.0144	-0.0024	-0.0065	0.0745	0.011	0.0142	23.5178	28.6944	33.1637
6	2.0837	-1.2883	-1.086	3.0427	1.4537	1.5307	-0.0106	0.0678	0.08	-0.0224	0.065	-0.1669	0.069	0.0439	-0.0544	0.0156	0.0051	0.0013	0.0792	0.0091	0.0133	23.1474	32.038	23.4577

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	141 - 162
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	163 - 203
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	204 - 226
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	227 - 260
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	261 - 305
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	306 - 335

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