PDB-5i41: Structure of the apo RacA DNA binding domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i41

タイトル

Structure of the apo RacA DNA binding domain

要素

Chromosome-anchoring protein RacA

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / RacA / axial filament / sporulation / B. subtilis

機能・相同性

機能・相同性情報

asymmetric cell division / chromosome condensation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromosome segregation / double-stranded DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

schumacher, M.A.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Molecular insights into DNA binding and anchoring by the Bacillus subtilis sporulation kinetochore-like RacA protein.
著者: Schumacher, M.A. / Lee, J. / Zeng, W.

履歴

登録	2016年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i41.cif.gz	40.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i41.ent.gz	27.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i41.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i41_validation.pdf.gz	415.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i41_full_validation.pdf.gz	416.6 KB	表示
XML形式データ	5i41_validation.xml.gz	5.1 KB	表示
CIF形式データ	5i41_validation.cif.gz	6.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/5i41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/5i41	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i44C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2b8f-d 6czt-d 3ld7-3 2k47-d 3ld7-1 3a4r-1 1hd1-d 2b8g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Chromosome-anchoring protein RacA

7.67 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.780, 34.536, 42.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Chromosome-anchoring protein RacA 分子量: 7671.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: racA, ywkC, BSU37030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45870
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.43 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20 mM Tris pH 7.5, 100 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→24.15 Å / Num. obs: 4854 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 12.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→24.149 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2136	479	9.87 %
R_work	0.1798	-	-
obs	0.1832	4854	98.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.16 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / B_sol: 62.271 Å² / k_sol: 0.445 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.97 Å² / B_iso mean: 18.8 Å² / B_iso min: 7.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.0456 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.3162 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.2706 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→24.149 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	525	0	0	53	578
B_iso mean	-	-	-	29.48	-
残基数	-	-	-	-	67

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	533
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.55	720
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	84
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	92
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.705	200

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8004-2.0608	0.2479	152	0.2129	1396	1548	97
2.0608-2.5959	0.2075	164	0.1719	1448	1612	98
2.5959-24.1511	0.2075	163	0.1748	1531	1694	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1823	-0.0242	0.0895	0.4324	-0.3389	0.5209	0.0213	-0.0588	0.0113	0.1038	-0.0407	-0.1086	-0.1231	0.0547	0.0067	0.0715	-0.0101	-0.0125	0.085	0.0016	0.0928	-6.2396	5.8863	-9.5349
2	0.0338	-0.0353	-0.0008	0.0387	0.0066	0.0343	-0.1358	-0.0671	-0.0381	0.5015	0.0654	0.0478	-0.3129	-0.2378	0.0003	0.2103	0.0399	0.0008	0.138	0.0206	0.1267	-14.1254	13.6213	-12.0041
3	0.6457	0.3122	0.3092	0.3479	0.3445	1.4038	-0.1353	-0.0138	0.1618	-0.0928	-0.0924	0.117	-0.3644	-0.0236	-0.2813	0.115	0.0006	-0.0253	0.1078	-0.0142	0.0908	-2.9104	9.4516	-2.0227
4	0.0624	-0.1068	0.0521	0.1867	-0.1421	0.1214	-0.1402	-0.1401	0.0184	0.1464	0.0448	-0.1015	0.0805	0.074	-0.0063	0.1091	0.0179	0.0331	0.0893	-0.0105	0.103	-1.1551	-1.9145	2.1291

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain B and resid -1:27)	B	-1 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 28:38)	B	28 - 38
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 39:49)	B	39 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 50:65)	B	50 - 65

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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