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Yorodumi- PDB-5i3r: Crystal Structure of BMP-2-inducible kinase in complex with an In... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5i3r | ||||||
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Title | Crystal Structure of BMP-2-inducible kinase in complex with an Indazole inhibitor | ||||||
Components | BMP-2-inducible protein kinase | ||||||
Keywords | Transferase/Transferase Inhibitor / transferase / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase-Transferase Inhibitor Complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphatase regulator activity / regulation of clathrin-dependent endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / regulation of bone mineralization / positive regulation of Notch signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding ...phosphatase regulator activity / regulation of clathrin-dependent endocytosis / AP-2 adaptor complex binding / regulation of bone mineralization / positive regulation of Notch signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Counago, R.M. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Savitsky, P. / Elkins, J.M. / Axtman, A. / Drewry, D. / Wells, C. / Zhang, C. / Zuercher, W. ...Counago, R.M. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Savitsky, P. / Elkins, J.M. / Axtman, A. / Drewry, D. / Wells, C. / Zhang, C. / Zuercher, W. / Willson, T.M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Arruda, P. / Gileadi, O. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Funding support | Brazil, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of BMP-2-inducible kinase in complex with an Indazole inhibitor Authors: Counago, R.M. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Elkins, J.M. / Gileadi, O. / Willson, T.M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Arruda, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5i3r.cif.gz | 256.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5i3r.ent.gz | 208.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5i3r.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/5i3r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/5i3r | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5i3oC 4w9wS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | Monomer according to Gel filtration |
-Components
#1: Protein | Mass: 34014.180 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BMP2K, BIKE, HRIHFB2017 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q9NSY1, non-specific serine/threonine protein kinase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 20% PEG 8000; 0.2 M Ammonium chloride; 10% Ethyleneglycol; 0.1M MES pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.97625 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 15, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→29.55 Å / Num. obs: 32194 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 52.9 Å2 / Net I/σ(I): 9.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4W9W Resolution: 2.4→21.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.284 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.305 / SU Rfree Blow DPI: 0.221 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.218
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Displacement parameters | Biso mean: 59.66 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→21.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.48 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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