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- PDB-5i3b: Crystal Structure of tyrosinase from Bacillus megaterium with con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i3b
タイトルCrystal Structure of tyrosinase from Bacillus megaterium with configuration B of hydroquinone inhibitor in the active site
要素Tyrosinase
キーワードOXIDOREDUCTASE / di-copper oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
benzene-1,4-diol / Tyrosinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kanteev, M. / Deri, B. / Adir, N. / Fishman, A.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
ISF419/15 イスラエル
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: The unravelling of the complex pattern of tyrosinase inhibition.
著者: Deri, B. / Kanteev, M. / Goldfeder, M. / Lecina, D. / Guallar, V. / Adir, N. / Fishman, A.
履歴
登録2016年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosinase
B: Tyrosinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1269
ポリマ－66,5792
非ポリマー5477
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area23070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.620, 74.420, 119.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 4:23 or resseq 25:104 or resseq...
21(chain B and (resseq 4:23 or resseq 25:104 or resseq...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSVALVAL(chain A and (resseq 4:23 or resseq 25:104 or resseq...AA4 - 231 - 20
12THRTHRSERSER(chain A and (resseq 4:23 or resseq 25:104 or resseq...AA25 - 10422 - 101
13SERSERGLYGLY(chain A and (resseq 4:23 or resseq 25:104 or resseq...AA106 - 134103 - 131
14TRPTRPTHRTHR(chain A and (resseq 4:23 or resseq 25:104 or resseq...AA136 - 156133 - 153
15GLUGLUHISHIS(chain A and (resseq 4:23 or resseq 25:104 or resseq...AA158 - 245155 - 242
16GLNGLNLEULEU(chain A and (resseq 4:23 or resseq 25:104 or resseq...AA248 - 290245 - 287
21LYSLYSVALVAL(chain B and (resseq 4:23 or resseq 25:104 or resseq...BB4 - 231 - 20
22THRTHRSERSER(chain B and (resseq 4:23 or resseq 25:104 or resseq...BB25 - 10422 - 101
23SERSERGLYGLY(chain B and (resseq 4:23 or resseq 25:104 or resseq...BB106 - 134103 - 131
24TRPTRPTHRTHR(chain B and (resseq 4:23 or resseq 25:104 or resseq...BB136 - 156133 - 153
25GLUGLUHISHIS(chain B and (resseq 4:23 or resseq 25:104 or resseq...BB158 - 245155 - 242
26GLNGLNLEULEU(chain B and (resseq 4:23 or resseq 25:104 or resseq...BB248 - 290245 - 287

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要素

#1: タンパク質 Tyrosinase


分子量: 33289.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
プラスミド: pET9D / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2ZB02
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-HQE / benzene-1,4-diol / ヒドロキノン


分子量: 110.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.18 % / Mosaicity: 0.58 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG8000, sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→63.2 Å / Num. all: 32260 / Num. obs: 32260 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 28.01 Å2 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.08 / Net I/av σ(I): 7.909 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 214516
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.326.90.3262.33236646590.1320.3530.3265.899.9
2.32-2.466.60.2413.12884743660.10.2610.2417.299.8
2.46-2.636.20.1784.12536441220.0770.1950.1788.499.7
2.63-2.8470.1365.32724538730.0550.1470.13611.9100
2.84-3.116.90.1016.92456135660.0410.1090.10115.6100
3.11-3.486.20.0778.92017232500.0330.0840.07719.599.9
3.48-4.027.10.05512.22052028830.0220.060.05527.899.9
4.02-4.926.20.04913.51529324630.0210.0540.04928.999.8
4.92-6.966.80.04514.41327919440.0180.0490.04527.599.9
6.96-33.4256.10.04612.2686911340.020.0510.0462999.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.28 Å33.43 Å
Translation5.28 Å33.43 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4p6r

4p6r


解像度: 2.2→33.425 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2169 1636 5.08 %
Rwork0.1856 30573 -
obs0.1872 32209 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.35 Å2 / Biso mean: 32.8708 Å2 / Biso min: 14.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→33.425 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4708 0 21 266 4995
Biso mean--29.21 35.42 -
残基数----574
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034880
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6336648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043664
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004882
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2851780
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2738X-RAY DIFFRACTION5.054TORSIONAL
12B2738X-RAY DIFFRACTION5.054TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2001-2.26480.29371450.228625072652
2.2648-2.33790.26831250.218424972622
2.3379-2.42140.25591440.207325202664
2.4214-2.51830.21631320.204624902622
2.5183-2.63290.27631390.206325002639
2.6329-2.77160.22011460.202425352681
2.7716-2.94520.2471050.205325542659
2.9452-3.17240.26191410.202625342675
3.1724-3.49140.21391270.203425732700
3.4914-3.99590.191570.168825372694
3.9959-5.03160.1821230.149326192742
5.0316-33.4290.18381520.162127072859

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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