PDB-5i2c: Arginine-bound CASTOR1 from Homo sapiens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i2c

タイトル

Arginine-bound CASTOR1 from Homo sapiens

要素

GATS-like protein 3

キーワード

SIGNALING PROTEIN / signaling / arginine / ACT / mTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to L-arginine / molecular sensor activity / Amino acids regulate mTORC1 / arginine binding / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / protein sequestering activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Saxton, R.A. / Knockenhauer, K.E. / Schwartz, T.U.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	R01CA103866	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI47389	米国
Department of Defense (DOD, United States)	W81XWH-07- 0448	米国

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Mechanism of arginine sensing by CASTOR1 upstream of mTORC1.
著者: Saxton, R.A. / Chantranupong, L. / Knockenhauer, K.E. / Schwartz, T.U. / Sabatini, D.M.

履歴

登録	2016年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月17日	Group: Database references
改定 1.2	2016年8月24日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年4月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i2c.cif.gz	477.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i2c.ent.gz	394.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i2c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/5i2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/5i2c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5gt7-2 5gs9-1 5gt8-1 3ap3-2 5h1w-d 3rfh-1 4c0e-4 4d4q-d 5imn-1 4kvw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GATS-like protein 3

B: GATS-like protein 3

C: GATS-like protein 3

D: GATS-like protein 3

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GATS-like protein 3

B: GATS-like protein 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: GATS-like protein 3

D: GATS-like protein 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.393, 82.601, 96.666
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GATS-like protein 3 分子量: 36309.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GATSL3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): LOBSTR / 参照: UniProt: Q8WTX7
#2: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 796 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.25 M ammonium acetate, 22.5% PEG 3350 PH範囲: 5.0-5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→86.72 Å / Num. obs: 116806 / % possible obs: 97.85 % / 冗長度: 3 % / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 25.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / R_sym value: 0.072

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.801→86.712 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2044	2002	1.71 %
R_work	0.1717	-	-
obs	0.1723	116806	97.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→86.712 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9009	0	64	796	9869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9288
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.846	12667
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.344	5528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1509
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1602

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8006-1.8456	0.2966	135	0.2827	7694	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8456-1.8955	0.303	136	0.2543	8243	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8955-1.9513	0.2925	148	0.2242	8193	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9513-2.0143	0.2462	137	0.2067	8208	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0143-2.0863	0.227	147	0.1954	8066	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0863-2.1698	0.2408	142	0.1904	8269	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1698-2.2686	0.2371	145	0.1798	8245	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2686-2.3882	0.2275	143	0.1738	8171	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3882-2.5378	0.2307	138	0.1761	8179	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5378-2.7338	0.1962	151	0.1754	8281	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7338-3.0089	0.2167	147	0.1733	8314	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0089-3.4443	0.1784	142	0.1635	8206	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4443-4.3395	0.186	144	0.1527	8373	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3395-86.8127	0.181	147	0.159	8362	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.873	-0.373	-1.6349	1.3736	0.1952	2.9632	-0.0817	-0.0021	-0.1002	0.0964	0.0506	0.0316	0.1608	0.0382	0.0337	0.1893	-0.0206	-0.0084	0.1188	-0.0025	0.1667	50.759	69.6786	79.4332
2	1.3315	1.3761	-0.2712	5.2918	-0.8904	1.7618	0.1206	-0.2234	0.0812	0.9435	-0.0535	-0.0682	-0.1087	-0.2454	-0.0973	0.3436	0.0171	-0.0267	0.3374	-0.0125	0.2685	40.922	68.6026	90.3116
3	2.6691	-2.4239	-0.7722	3.9009	1.0631	2.9735	0.1786	0.2376	-0.06	-0.3215	-0.13	0.1286	-0.0916	-0.2233	-0.0396	0.1681	-0.0092	-0.0024	0.2114	0.016	0.1718	48.5347	74.6362	62.5024
4	7.3272	-2.0852	1.2535	2.4173	-0.487	4.3665	0.0248	0.3134	0.404	-0.0273	-0.0819	0.0348	-0.2528	-0.2013	0.0581	0.1992	-0.0201	0.021	0.1105	0.0086	0.232	42.0341	84.3527	75.7607
5	2.9607	-0.578	-2.1659	1.5813	0.6405	3.4998	0.0923	-0.1677	0.2782	-0.0045	0.0398	-0.1289	-0.0967	-0.0287	-0.1263	0.2315	-0.0284	0.033	0.2088	-0.0538	0.2528	76.4859	64.2757	52.6292
6	4.4473	-0.6801	-1.4989	2.0556	-0.4646	3.661	0.0747	0.2532	-0.151	-0.3175	-0.0154	-0.1214	0.2093	0.1423	-0.0758	0.2612	0.0241	0.028	0.1793	-0.0446	0.1958	86.1407	55.1472	37.662
7	9.7737	-6.1463	-1.8244	4.1839	1.9621	2.5052	-0.2858	0.4925	0.8815	-0.0638	0.6293	-0.3498	-0.682	-0.6796	-0.4432	0.5508	0.0682	0.0859	0.4775	0.0531	0.4284	82.1946	63.3138	27.3981
8	4.3314	-0.2061	-0.1323	2.491	-0.1649	3.048	-0.3026	-0.4362	-0.3639	0.2524	0.0952	-0.07	0.3174	-0.2185	0.2041	0.3267	-0.023	-0.0025	0.1002	-0.0913	0.2387	79.3931	46.2081	48.5247
9	3.4378	-0.4255	-1.5298	1.5921	1.1274	2.3143	-0.1663	0.0469	-0.3731	0.2048	-0.0391	0.1963	0.3518	-0.1416	0.1888	0.3014	-0.0372	0.0138	0.1943	-0.0575	0.2792	66.3426	52.7604	53.5804
10	4.334	-0.0831	-2.1827	3.8421	-0.129	2.1304	-0.2505	0.0144	-0.5461	0.1055	0.0383	0.2768	0.3798	-0.255	0.2043	0.4065	-0.0055	0.0324	0.278	-0.0264	0.2054	76.9449	46.2695	49.7933
11	3.0724	1.9354	-0.2618	4.1408	1.1886	4.0496	-0.1045	-0.0565	-0.4759	0.1579	0.0725	-0.1122	0.6635	0.2634	0.0304	0.3264	0.0792	-0.0045	0.178	0.004	0.2453	84.9996	41.5512	45.8756
12	2.1294	-0.1761	-1.1335	1.6224	-1.0552	4.6857	-0.0525	0.1284	0.257	0.0799	-0.0693	-0.1931	-0.1829	0.2287	0.1066	0.1454	-0.0089	-0.046	0.2189	0.0407	0.272	45.6758	43.0261	30.1148
13	1.8044	0.81	0.4709	6.3517	1.1191	0.3598	0.3602	0.0923	0.2941	0.463	-0.4941	-0.5222	-0.0064	-0.0324	0.1495	0.448	-0.1024	0.0586	0.639	0.2065	0.4974	57.1224	46.7534	19.4281
14	1.809	0.2113	0.208	0.7396	0.327	4.009	-0.065	0.1245	0.1984	0.0846	-0.0229	0.1644	-0.5318	-0.5779	0.0986	0.2877	0.1148	-0.0406	0.3422	-0.006	0.2807	29.1381	47.6213	30.2735
15	4.4613	-1.3365	0.7308	2.8871	-0.1423	4.0779	0.1766	0.7842	0.0743	-0.2523	-0.3252	0.1082	-0.1543	-0.1626	0.0968	0.18	0.0232	-0.0043	0.386	0.0257	0.2175	36.2291	40.5112	14.8393
16	2.1074	-0.5979	-1.1019	2.1968	-0.0449	3.6706	0.3653	0.0738	-0.0543	-0.0888	-0.2142	0.2088	0.382	-0.4948	-0.1351	0.2869	-0.0702	-0.0296	0.3079	-0.0297	0.2359	25.1647	36.5621	60.0165
17	1.7209	0.1826	-0.2607	1.849	-0.3464	2.614	0.1036	0.0475	-0.2136	0.0767	-0.141	0.4573	0.5482	-0.6842	0.0452	0.3341	-0.1812	-0.0058	0.4278	-0.0333	0.3895	18.4941	36.3347	69.7488
18	1.2723	0.0555	-0.6227	2.5002	-0.2441	4.1685	0.1519	0.0885	0.1432	-0.1268	-0.099	0.0203	-0.4451	-0.2493	-0.0483	0.2306	-0.0024	-0.0148	0.2625	0.0018	0.2536	29.0638	51.2928	64.7839
19	1.4946	0.0765	0.3309	5.8761	2.0761	2.24	0.0448	-0.1448	-0.0829	0.3759	-0.1545	0.2829	0.3077	-0.3009	0.0992	0.2314	-0.069	0.0254	0.2296	0.0294	0.2229	28.5263	45.7923	81.1081
20	2.0001	-2.4227	2	4.3059	6.2022	2	0.4445	0.1588	0.5961	-0.1467	-0.1581	0.0333	-0.5616	-0.1915	-0.256	0.2537	-0.0114	0.0498	0.2067	0.0041	0.233	48.841	80.6941	82.5773
21	2.0002	-8.0795	2	5.0281	2	2	-0.6326	-0.2687	-0.4714	0.4203	0.3514	-0.042	1.4005	0.7512	0.2808	0.317	0.0414	0.0141	0.3535	-0.088	0.2614	90.1798	53.397	48.0665
22	1.9999	7.9442	2	6.9242	-7.2568	2.0001	0.2075	0.4806	0.2287	-0.4026	-0.0049	0.0703	0.6382	-1.423	-0.227	0.2506	0.0185	-0.0152	0.3838	0.0417	0.2745	44.3135	36.4408	19.6315
23	2.2041	-0.449	1.7385	7.9131	-1.3782	1.698	0.3002	-0.6368	0.009	0.2508	0.1818	-0.0266	-0.3099	0.5994	-0.493	0.3091	-0.1918	-0.0085	0.3434	0.0568	0.3085	26.5351	35.5112	78.1782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 137 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 138 through 175 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 176 through 268 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 269 through 322 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 75 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 76 through 137 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 138 through 153 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 154 through 190 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 191 through 248 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 249 through 279 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 280 through 322 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 2 through 137 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 138 through 173 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 174 through 268 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 269 through 322 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 2 through 32 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 33 through 153 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 154 through 262 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 263 through 323 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 401 through 401 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 401 through 401 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 401 through 401 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 401 through 401 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)