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- PDB-5i22: Amphiphysin SH3 in complex with Chikungunya virus nsP3 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i22
タイトルAmphiphysin SH3 in complex with Chikungunya virus nsP3 peptide
要素
  • CHIKV nsP3 peptide
  • Myc box-dependent-interacting protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / SH3 domain / function: protein binding Chikungunya virus nsP3 peptide / function: viral replication
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid tube / negative regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / lipid tube assembly / varicosity / T-tubule organization / regulation of cell cycle process / RNA polymerase II transcription repressor complex / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / extrinsic component of synaptic vesicle membrane ...lipid tube / negative regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / negative regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / lipid tube assembly / varicosity / T-tubule organization / regulation of cell cycle process / RNA polymerase II transcription repressor complex / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / positive regulation of astrocyte differentiation / cerebellar mossy fiber / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / axon initial segment / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide adenylyltransferase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / poly(A) RNA polymerase activity / node of Ranvier / RNA polymerase binding / mRNA modification / I band / regulation of neuron differentiation / clathrin binding / endosome to lysosome transport / nucleus organization / regulation of cytoskeleton organization / positive regulation of actin filament polymerization / negative regulation of amyloid-beta formation / regulation of heart rate by cardiac conduction / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / positive regulation of endocytosis / synaptic vesicle endocytosis / 7-methylguanosine mRNA capping / axon terminus / cytoskeleton organization / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / T-tubule / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / phospholipid binding / host cell cytoplasmic vesicle membrane / tau protein binding / Z disc / endocytosis / actin filament binding / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / synaptic vesicle / Clathrin-mediated endocytosis / actin cytoskeleton / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein-folding chaperone binding / GTPase binding / protease binding / vesicle / methylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / endosome / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of apoptotic process / symbiont-mediated suppression of host gene expression / axon / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / lipid binding / DNA-templated transcription / dendrite / GTP binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Amphiphysin 2 / Amphiphysin 2, SH3 domain / Amphiphysin / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / BAR domain / : / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily ...Amphiphysin 2 / Amphiphysin 2, SH3 domain / Amphiphysin / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / BAR domain / : / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / Peptidase family C9 / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / : / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / SH3 Domains / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain / Macro domain-like / Roll / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Myc box-dependent-interacting protein 1 / Polyprotein P1234
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法溶液NMR
データ登録者Tossavainen, H. / Aitio, O. / Hellman, M. / Saksela, K. / Permi, P.
資金援助 フィンランド, 1件
組織認可番号国
Academy of Finland フィンランド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of the High Affinity Interaction between the Alphavirus Nonstructural Protein-3 (nsP3) and the SH3 Domain of Amphiphysin-2.
著者: Tossavainen, H. / Aitio, O. / Hellman, M. / Saksela, K. / Permi, P.
履歴
登録2016年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22016年8月10日Group: Database references
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42019年10月23日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: pdbx_nmr_exptl_sample_conditions
Item: _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature_units
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myc box-dependent-interacting protein 1
B: CHIKV nsP3 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2952
ポリマ－11,2952
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1070 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area6640 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 Myc box-dependent-interacting protein 1 / Amphiphysin II / Amphiphysin-like protein / Box-dependent myc-interacting protein 1 / Bridging integrator 1


分子量: 9356.412 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 fragment, UNP residue 513-593 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIN1, AMPHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00499
#2: タンパク質・ペプチド CHIKV nsP3 peptide


分子量: 1938.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8JUX6*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D H(CCO)NH
151isotropic13D C(CCO)NH
161isotropic13D (H)CCH-COSY
1101isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
191isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
171isotropic13D 1H-15N NOESY
181isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] amphiphysin 2 SH3, 0.5 mM [U-13C; U-15N] CHIKV nsP3 peptide, 90% H2O/10% D2O
Label: sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMamphiphysin 2 SH3[U-13C; U-15N]1
0.5 mMCHIKV nsP3 peptide[U-13C; U-15N]1
試料状態Ionic strength units: Not defined / Label: conditions / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
VNMRVarian解析
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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