PDB-5i20: Crystal structure of protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5i20

タイトル

Crystal structure of protein

要素

Uncharacterized protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / alpha helical

機能・相同性

EamA domain / EamA-like transporter family / membrane => GO:0016020 / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Starkeya novella (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Ishitani, R. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis for amino acid export by DMT superfamily transporter YddG.
著者: Tsuchiya, H. / Doki, S. / Takemoto, M. / Ikuta, T. / Higuchi, T. / Fukui, K. / Usuda, Y. / Tabuchi, E. / Nagatoishi, S. / Tsumoto, K. / Nishizawa, T. / Ito, K. / Dohmae, N. / Ishitani, R. / Nureki, O.

履歴

登録	2016年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月22日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5i20.cif.gz	591.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5i20.ent.gz	493.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5i20.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5i20_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5i20_full_validation.pdf.gz	4.8 MB	表示
XML形式データ	5i20_validation.xml.gz	57.9 KB	表示
CIF形式データ	5i20_validation.cif.gz	76.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/5i20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/5i20	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4uc3-d 5yws-1 3m51-d 2gdz-d 1u7i-d 1mzs-d 1cpo-d 2y8w-d 3i0d-d 5hva-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

193 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.9 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Uncharacterized protein

登録者が定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.840, 84.650, 112.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.460, 90.000
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 30739.154 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Starkeya novella (strain ATCC 8093 / DSM 506 / CCM 1077 / IAM 12100 / NBRC 12443 / NCIB 9113) (バクテリア) 株: ATCC 8093 / DSM 506 / CCM 1077 / IAM 12100 / NBRC 12443 / NCIB 9113 遺伝子: Snov_2734 / プラスミド: pET variant / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) delta-acrB / 参照: UniProt: D7A5Q8
#2: 化合物	... ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 4.5 詳細: 32-34% PEG 550 MME, 100 mM Na-citrate (pH 4.5), 100 mM (NH4)2HPO4, 100 mM (NH4)2SO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 73767 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.47 % / B_iso Wilson estimate: 50.7 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 13.25

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.54		1.269	1.91	1	99.8
2.54-2.72		0.819	3.11	1	99.9
2.72-2.93		0.523	5.08	1	99.9
2.93-3.21		0.344	7.98	1	99.9
3.21-3.59		0.185	13.95	1	99.9
3.59-4.14		0.087	24.18	1	99.9
4.14-5.06		0.06	31.94	1	99.9
5.06-7.12		0.058	31.31	1	99.8
	7.12	0.036	38.95	1	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8.3_1479	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4→45.974 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2495	3641	4.94 %
R_work	0.2264	-	-
obs	0.2275	73750	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 207.72 Å² / B_iso mean: 66.524 Å² / B_iso min: 30.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→45.974 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11555	0	349	11	11915
B_iso mean	-	-	69.43	47.96	-
残基数	-	-	-	-	1638

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	12213
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.751	16685
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	2015
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2002
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.602	3974

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.4316	0.3707	143	0.3034	2665	2808	100
2.4316-2.4649	0.2967	144	0.2864	2701	2845	100
2.4649-2.5001	0.2826	164	0.2647	2631	2795	100
2.5001-2.5374	0.3095	149	0.2628	2645	2794	100
2.5374-2.5771	0.3029	117	0.2545	2700	2817	100
2.5771-2.6193	0.2685	144	0.2369	2687	2831	100
2.6193-2.6645	0.2716	128	0.2487	2720	2848	100
2.6645-2.7129	0.27	123	0.241	2704	2827	100
2.7129-2.7651	0.2657	130	0.2425	2664	2794	100
2.7651-2.8216	0.2596	137	0.2349	2722	2859	100
2.8216-2.8829	0.2466	116	0.2243	2669	2785	100
2.8829-2.9499	0.2854	140	0.2176	2718	2858	100
2.9499-3.0237	0.2778	156	0.2242	2683	2839	100
3.0237-3.1054	0.2571	152	0.2281	2643	2795	100
3.1054-3.1968	0.2346	152	0.2233	2685	2837	100
3.1968-3.3	0.2633	132	0.2208	2704	2836	100
3.3-3.4179	0.259	157	0.2172	2679	2836	100
3.4179-3.5547	0.2752	138	0.2253	2708	2846	100
3.5547-3.7164	0.256	136	0.2203	2678	2814	100
3.7164-3.9122	0.2321	164	0.2116	2705	2869	100
3.9122-4.1572	0.2374	128	0.2269	2704	2832	100
4.1572-4.4779	0.2161	134	0.222	2712	2846	100
4.4779-4.9281	0.2423	129	0.2311	2724	2853	100
4.9281-5.6401	0.289	142	0.2539	2742	2884	100
5.6401-7.1017	0.2303	129	0.2327	2755	2884	100
7.1017-45.9827	0.2068	157	0.1889	2761	2918	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8108	-0.4064	0.4895	2.8026	0.0955	1.4649	-0.0218	-0.0579	0.1984	0.1198	0.0738	-0.2242	-0.2043	-0.0134	0	0.4273	-0.0257	0.0175	0.4853	-0.0395	0.4399	111.6294	58.3802	49.0188
2	2.6506	-0.6592	0.161	2.4353	0.129	1.4581	0.0994	-0.082	0.4189	0.0069	-0.1497	-0.1269	-0.1555	-0.1799	-0	0.4079	0.0243	-0.0004	0.4613	0.0027	0.4779	131.5182	53.1878	79.079
3	1.3247	0.2699	0.2108	3.2024	-1.5096	2.5472	-0.123	0.0012	-0.2576	-0.1932	-0.1453	-0.0039	0.0809	0.3814	-0.0001	0.5247	-0.0651	0.0359	0.4905	0.0657	0.5084	152.394	-1.9203	109.2546
4	1.3462	0.7237	0.4429	3.5916	0.2276	1.1282	0.0351	-0.2808	0.4918	-0.1019	-0.1056	0.6299	-0.0014	-0.1278	-0.0002	0.4399	-0.011	-0.0206	0.5437	-0.0239	0.594	148.91	36.0429	101.8368
5	1.1596	0.3538	0.6574	1.6159	1.586	3.6049	0.1096	-0.049	-0.15	0.2407	-0.1229	0.0406	0.3865	-0.5392	-0.0116	0.4435	-0.1007	0.0067	0.4842	0.0086	0.3517	99.9972	26.4669	31.916
6	1.0341	0.4132	0.6731	1.0679	-0.1038	0.7004	0.2049	0.6631	1.2498	-0.4419	-0.3158	-0.5868	-0.5064	0.0932	-0.0006	0.9652	0.1471	0.328	0.7501	0.1389	1.4868	125.0546	87.5602	70.6966

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A'	A	2 - 290
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B'	B	2 - 287
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'	C	2 - 288
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D'	D	2 - 285
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E'	E	2 - 292
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'F'	F	3 - 285

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