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- PDB-5i1o: Villin headpiece subdomain with a Gln26 to ACPC substitution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5i1o
タイトルVillin headpiece subdomain with a Gln26 to ACPC substitution
要素
  • D-Villin headpiece subdomain
  • Villin-1
キーワードDE NOVO PROTEIN / quasiracemic / foldamer / alpha/beta peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of actin nucleation / lysophosphatidic acid binding / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / barbed-end actin filament capping / actin filament capping ...regulation of actin nucleation / lysophosphatidic acid binding / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / barbed-end actin filament capping / actin filament capping / actin filament depolymerization / actin polymerization or depolymerization / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / actin filament bundle / microvillus / positive regulation of epithelial cell migration / ruffle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / actin filament polymerization / cellular response to epidermal growth factor stimulus / filopodium / response to bacterium / epidermal growth factor receptor signaling pathway / actin filament binding / actin cytoskeleton / lamellipodium / regulation of cell shape / positive regulation of cell migration / calcium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Gelsolin-like domain superfamily / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Villin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.348 Å
データ登録者Kreitler, D.F. / Mortenson, D.E. / Gellman, S.H. / Forest, K.T.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM061238 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM08293 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM00839 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB 1518160 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Effects of Single alpha-to-beta Residue Replacements on Structure and Stability in a Small Protein: Insights from Quasiracemic Crystallization.
著者: Kreitler, D.F. / Mortenson, D.E. / Forest, K.T. / Gellman, S.H.
履歴
登録2016年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Villin-1
B: Villin-1
C: Villin-1
D: Villin-1
E: D-Villin headpiece subdomain
F: D-Villin headpiece subdomain
G: D-Villin headpiece subdomain
H: D-Villin headpiece subdomain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6228
ポリマ－32,6228
非ポリマー00
水5,332296
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area15530 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)36.900, 40.000, 48.420
Angle α, β, γ (deg.)111.440, 110.180, 94.650
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Villin-1


分子量: 4071.763 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide, fmoc solid phase synthesis / 由来: (合成) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02640
#2: Polypeptide(D)
D-Villin headpiece subdomain


分子量: 4083.716 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide, fmoc solid phase synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.1 M sodium acetate, 30% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月13日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.348→18.39 Å / Num. obs: 47782 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 12.29
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.35-1.380.6710.83156.4
1.38-1.420.5911.42182.7
1.42-1.460.5132.09193.4
1.46-1.510.4013.13193.9
1.51-1.560.3064.2194
1.56-1.610.2575.03194.3
1.61-1.670.1986.34194.9
1.67-1.740.1687.31195.3
1.74-1.820.1289.26195.8
1.82-1.910.10111.25196
1.91-2.010.07814.16196.3
2.01-2.130.05917.59196.7
2.13-2.280.04821.01196.7
2.28-2.460.04223.51197.1
2.46-2.70.03925.95197.9
2.7-3.010.03528.42197.8
3.01-3.480.03330.83198
3.48-4.260.0335.02198.2
4.26-6.030.02935.81198.1
6.030.0335.08194.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TRY

3try


解像度: 1.348→18.389 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 26.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2036 2018 4.23 %
Rwork0.1732 --
obs0.1746 47748 92.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 58.89 Å2 / Biso mean: 20.1266 Å2 / Biso min: 4.64 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.1934 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.348→18.389 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2279 0 0 296 2575
Biso mean---31.28 -
残基数----278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072356
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9983152
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.974869
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3482-1.38190.4162930.34622019211256
1.3819-1.41930.32511200.26842890301082
1.4193-1.4610.25811330.23013312344593
1.461-1.50810.25731520.19393318347094
1.5081-1.5620.24151550.17193354350994
1.562-1.62450.25461420.16833362350495
1.6245-1.69840.21511520.16423342349495
1.6984-1.78790.22251470.16213416356396
1.7879-1.89980.20331530.16423404355796
1.8998-2.04630.21291560.15563413356997
2.0463-2.25190.18521400.15053471361197
2.2519-2.5770.16841530.15083450360398
2.577-3.24380.17221580.17123487364598
3.2438-18.39080.19251640.17893492365699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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