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- PDB-5hzf: Single Chain Recombinant Globular Head of the Complement System P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hzf
タイトルSingle Chain Recombinant Globular Head of the Complement System Protein C1q in complex with magnesium
要素Complement C1q subcomponent subunit A,Complement C1q subcomponent subunit C,Complement C1q subcomponent subunit B
キーワードSIGNALING PROTEIN / gC1q domain / complement / C1q
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C1 complex / complement component C1q complex / negative regulation of macrophage differentiation / synapse pruning / negative regulation of granulocyte differentiation / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / collagen trimer / complement activation / Classical antibody-mediated complement activation ...complement component C1 complex / complement component C1q complex / negative regulation of macrophage differentiation / synapse pruning / negative regulation of granulocyte differentiation / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / collagen trimer / complement activation / Classical antibody-mediated complement activation / neuron remodeling / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / astrocyte activation / microglial cell activation / synapse organization / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / postsynapse / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / immune response / innate immune response / synapse / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies)
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C1q subcomponent subunit A / Complement C1q subcomponent subunit B / Complement C1q subcomponent subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Moreau, C.P. / Gaboriaud, C.P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR 09-PIRI-0021 フランス
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Characterization of a Single-Chain Form of the Recognition Domain of Complement Protein C1q.
著者: Moreau, C. / Bally, I. / Chouquet, A. / Bottazzi, B. / Ghebrehiwet, B. / Gaboriaud, C. / Thielens, N.
履歴
登録2016年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 2.02017年8月30日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12019年6月12日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name
改定 2.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C1q subcomponent subunit A,Complement C1q subcomponent subunit C,Complement C1q subcomponent subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7222
ポリマ－45,6981
非ポリマー241
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.996, 52.911, 89.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Complement C1q subcomponent subunit A,Complement C1q subcomponent subunit C,Complement C1q subcomponent subunit B


分子量: 45697.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C1QA, C1QC, C1QG, C1QB / プラスミド: pcDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02745, UniProt: P02747, UniProt: P02746
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→100 Å / Num. obs: 49348 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 14.85
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / Rsym value: 0.0753 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PK6

1pk6


解像度: 1.55→42.901 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1856 2507 5.08 %
Rwork0.169 --
obs0.1699 49342 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3164 0 1 315 3480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113347
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1884562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0421983
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077496
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007601
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5501-1.57990.3091040.33982514X-RAY DIFFRACTION95
1.5799-1.61210.3231490.32052608X-RAY DIFFRACTION99
1.6121-1.64720.29831390.28942578X-RAY DIFFRACTION99
1.6472-1.68550.29211630.26872560X-RAY DIFFRACTION99
1.6855-1.72770.24651310.22772643X-RAY DIFFRACTION99
1.7277-1.77440.25991290.21862576X-RAY DIFFRACTION99
1.7744-1.82660.21381460.19742567X-RAY DIFFRACTION98
1.8266-1.88550.21171240.18982600X-RAY DIFFRACTION99
1.8855-1.95290.2131240.18462616X-RAY DIFFRACTION98
1.9529-2.03110.19371370.17022592X-RAY DIFFRACTION98
2.0311-2.12360.19981340.16372605X-RAY DIFFRACTION99
2.1236-2.23550.20441450.16412584X-RAY DIFFRACTION99
2.2355-2.37560.18711700.16392593X-RAY DIFFRACTION99
2.3756-2.5590.19571570.16572599X-RAY DIFFRACTION98
2.559-2.81640.18451270.17032616X-RAY DIFFRACTION99
2.8164-3.22390.18751390.1542646X-RAY DIFFRACTION99
3.2239-4.06120.1421380.13692652X-RAY DIFFRACTION99
4.0612-42.91730.14311510.14232686X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8829-0.7294-0.14522.513-0.12231.7331-0.0693-0.2136-0.09330.11350.04270.16660.079-0.16360.01580.105-0.00470.02120.15170.00060.1773.05832.30718.9523
22.1618-0.1215-0.83291.60520.01222.84210.04360.09760.3621-0.10820.03870.0028-0.23750.04420.00440.0964-0.0199-0.02980.1147-0.00630.203785.374911.80588.7263
32.6036-0.25560.19391.865-0.27721.2437-0.0087-0.0080.270.04970.0042-0.1078-0.09170.1176-0.01980.1044-0.00880.01750.1351-0.03570.179292.081410.361511.6542
42.38990.4876-0.01852.58790.64711.993-0.0816-0.6690.03550.39560.0771-0.13710.07060.1354-0.01310.21920.0719-0.03150.3729-0.05270.169791.58334.869630.9992
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 125 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 126 through 165 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 166 through 279 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 280 through 407 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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