PDB-5hzd: RNA Editing TUTase 1 from Trypanosoma brucei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hzd

タイトル

RNA Editing TUTase 1 from Trypanosoma brucei

要素

3' terminal uridylyl transferase

キーワード

TRANSFERASE / RNA Editing TUTase1 / Trypanosoma brucei

機能・相同性

機能・相同性情報

mitochondrial mRNA modification / RNA 3' uridylation / RNA uridylyltransferase / rRNA modification / RNA uridylyltransferase activity / protein homooligomerization / mRNA processing / nucleotide binding / protein-containing complex / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Thore, S. / Rajappa, L.T.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: RNA Editing TUTase 1: structural foundation of substrate recognition, complex interactions and drug targeting.
著者: Rajappa-Titu, L. / Suematsu, T. / Munoz-Tello, P. / Long, M. / Demir, O. / Cheng, K.J. / Stagno, J.R. / Luecke, H. / Amaro, R.E. / Aphasizheva, I. / Aphasizhev, R. / Thore, S.

履歴

登録	2016年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hzd.cif.gz	234.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hzd.ent.gz	186.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hzd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hzd_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hzd_full_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示
XML形式データ	5hzd_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	5hzd_validation.cif.gz	38.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/5hzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/5hzd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5i49C 5idoC 5kalC 2ikfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5i49-d 5ido-d 3t4n-d 1vdz-d 5gk4-d 3p20-d 3i73-d 3nd9-d 3o8y-1 6jc3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3' terminal uridylyl transferase

ヘテロ分子

57.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.800, 58.130, 66.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1230- HOH

#1: タンパク質	3' terminal uridylyl transferase / RNA Editing TUTase1 分子量: 57651.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: 3' TUTase / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WQX5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.59 % / 解説: Plates
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M Tris pH8.5, 19% PEG 3350, 0.2M Lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 81270 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.36 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.72

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.5-1.54		1.644	1.58	1	96.7
1.54-1.58		1.303	2.11	1	100
1.58-1.63		1.074	2.6	1	100
1.63-1.68		0.811	3.57	1	100
1.68-1.73		0.645	4.65	1	100
1.73-1.79		0.508	5.86	1	100
1.79-1.86		0.383	7.67	1	100
1.86-1.94		0.29	9.86	1	100
1.94-2.02		0.194	13.94	1	100
2.02-2.12		0.151	17.21	1	100
2.12-2.24		0.116	21.23	1	100
2.24-2.37		0.095	26.15	1	100
2.37-2.54		0.077	32.23	1	100
2.54-2.74		0.065	37.06	1	100
2.74-3		0.056	42.12	1	100
3-3.35		0.045	49.84	1	100
3.35-3.87		0.038	55.06	1	100
3.87-4.74		0.033	59.19	1	100
4.74-6.71		0.035	63.75	1	100
	6.71	0.029	64.83	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IKF

2ikf

解像度: 1.6→24.646 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1996	3365	5 %
R_work	0.1659	-	-
obs	0.1676	67307	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.28 Å² / B_iso mean: 24.14 Å² / B_iso min: 10.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→24.646 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3814	0	12	592	4418
B_iso mean	-	-	52.91	34.81	-
残基数	-	-	-	-	476

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4030
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.313	5505
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	608
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	708
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.196	1503

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6-1.6229	0.2787	140	0.2384	2653	2793
1.6229-1.6471	0.2366	136	0.2205	2588	2724
1.6471-1.6728	0.2153	140	0.1982	2653	2793
1.6728-1.7002	0.2154	137	0.1933	2615	2752
1.7002-1.7295	0.2232	139	0.1959	2635	2774
1.7295-1.761	0.2336	139	0.1934	2644	2783
1.761-1.7948	0.2588	137	0.1863	2606	2743
1.7948-1.8315	0.2296	139	0.1824	2633	2772
1.8315-1.8713	0.2248	140	0.1804	2667	2807
1.8713-1.9148	0.2342	138	0.1753	2618	2756
1.9148-1.9627	0.1982	140	0.1712	2671	2811
1.9627-2.0157	0.2152	139	0.1734	2625	2764
2.0157-2.075	0.1974	139	0.1656	2641	2780
2.075-2.1419	0.1815	140	0.1647	2658	2798
2.1419-2.2184	0.2081	139	0.1628	2658	2797
2.2184-2.3072	0.2025	140	0.1622	2653	2793
2.3072-2.4121	0.2195	140	0.1642	2651	2791
2.4121-2.5392	0.1998	141	0.1622	2685	2826
2.5392-2.6981	0.2257	140	0.1674	2656	2796
2.6981-2.9061	0.202	142	0.1703	2710	2852
2.9061-3.198	0.2034	141	0.1636	2677	2818
3.198-3.6594	0.1603	144	0.1512	2732	2876
3.6594-4.6056	0.186	143	0.1402	2722	2865
4.6056-24.6485	0.1836	152	0.1723	2891	3043

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 93.6014 Å / Origin y: 138.0758 Å / Origin z: 51.2935 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1328 Å²	-0.0158 Å²	-0.0297 Å²	-	0.118 Å²	0.0026 Å²	-	-	0.1265 Å²
L	0.6777 °²	-0.1283 °²	-0.3253 °²	-	0.4805 °²	0.1708 °²	-	-	0.5759 °²
S	0.0434 Å °	-0.058 Å °	-0.0186 Å °	-0.0612 Å °	-0.0051 Å °	-0.0187 Å °	-0.0104 Å °	0.0034 Å °	0.0007 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	190 - 698
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 603
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	D	1
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	E	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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