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- PDB-5hza: Crystal structure of GII.10 P domain in complex with 3-fucosyllac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hza
タイトルCrystal structure of GII.10 P domain in complex with 3-fucosyllactose (3 FL)
要素Capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Norovirus / P domain / HMO / 3-fucosyllactose / human milk / Virus
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Norovirus GII.10 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Hansman, G.S. / Koromyslova, A.D. / Singh, B.K.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Norovirus Inhibition by Human Milk Oligosaccharides.
著者: Weichert, S. / Koromyslova, A. / Singh, B.K. / Hansman, S. / Jennewein, S. / Schroten, H. / Hansman, G.S.
履歴
登録2016年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,18514
ポリマ－69,0132
非ポリマー1,17112
水14,376798
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint28 kcal/mol
Surface area23760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.710, 78.170, 71.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus GII.10 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-galactopyranose-(1-4)]beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGalpb1-4]DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 798 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: sodium nitrate, bis-tris propane, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→49.61 Å / Num. obs: 142746 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 12.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 9.84
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.35-1.430.3442.23189.5
1.43-1.530.2213.47190
1.53-1.650.1425.43191.8
1.65-1.810.0957.95191.3
1.81-2.020.06611.75193
2.02-2.340.05215.31191.6
2.34-2.860.04218.53194.8
2.86-4.040.03422.23193.5
4.04-49.6120.02924.11194.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.05 Å49.61 Å
Translation7.05 Å49.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ONU

3onu


解像度: 1.35→49.61 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 18.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1789 11575 5 %
Rwork0.1608 --
obs0.1617 142739 75.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→49.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4769 0 77 798 5644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065095
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0636975
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5641834
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043783
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005920
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3495-1.36480.25773300.26356238X-RAY DIFFRACTION64
1.3648-1.38080.25373760.2447043X-RAY DIFFRACTION73
1.3808-1.39770.27223690.24487152X-RAY DIFFRACTION73
1.3977-1.41540.26333580.23887049X-RAY DIFFRACTION73
1.4154-1.4340.25133670.22867058X-RAY DIFFRACTION72
1.434-1.45370.24063590.22716998X-RAY DIFFRACTION72
1.4537-1.47440.24133480.21526685X-RAY DIFFRACTION68
1.4744-1.49640.2333880.20037105X-RAY DIFFRACTION73
1.4964-1.51980.20393730.19637068X-RAY DIFFRACTION73
1.5198-1.54470.20413780.18747257X-RAY DIFFRACTION75
1.5447-1.57140.21144060.17757277X-RAY DIFFRACTION75
1.5714-1.59990.1923730.17557356X-RAY DIFFRACTION75
1.5999-1.63070.1863840.1737292X-RAY DIFFRACTION75
1.6307-1.6640.21133800.17427263X-RAY DIFFRACTION75
1.664-1.70020.20413850.16787212X-RAY DIFFRACTION74
1.7002-1.73970.1883670.16586915X-RAY DIFFRACTION71
1.7397-1.78330.19433820.15937308X-RAY DIFFRACTION76
1.7833-1.83150.16824010.1597419X-RAY DIFFRACTION76
1.8315-1.88540.18214070.15867510X-RAY DIFFRACTION77
1.8854-1.94620.18583920.16237552X-RAY DIFFRACTION77
1.9462-2.01580.17314050.15677504X-RAY DIFFRACTION77
2.0158-2.09650.17943900.15757449X-RAY DIFFRACTION77
2.0965-2.19190.16133760.1587119X-RAY DIFFRACTION73
2.1919-2.30750.17533930.15747509X-RAY DIFFRACTION77
2.3075-2.4520.15864110.15037888X-RAY DIFFRACTION81
2.452-2.64140.17094250.15437984X-RAY DIFFRACTION82
2.6414-2.90710.1964100.16257879X-RAY DIFFRACTION81
2.9071-3.32770.1684000.15337688X-RAY DIFFRACTION79
3.3277-4.19230.15284210.13548090X-RAY DIFFRACTION83
4.1923-49.64690.14294210.13278124X-RAY DIFFRACTION83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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