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- PDB-5hym: 3-Hydroxybenzoate 6-hydroxylase from Rhodococcus jostii in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hym
タイトル3-Hydroxybenzoate 6-hydroxylase from Rhodococcus jostii in complex with phosphatidylinositol
要素Probable salicylate monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavoprotein / monooxygenase / phospholipid / Rhodococcus
機能・相同性
機能・相同性情報


salicylate 1-monooxygenase activity / salicylate 1-monooxygenase / FAD binding
類似検索 - 分子機能
D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 - #30 / : / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Phosphatidylinositol / Probable salicylate monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus jostii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Orru, R. / Montersino, S. / Mattevi, A. / van Berkel, W.J.H.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research オランダ
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2017
タイトル: 3-Hydroxybenzoate 6-Hydroxylase from Rhodococcus jostii RHA1 Contains a Phosphatidylinositol Cofactor.
著者: Montersino, S. / Te Poele, E. / Orru, R. / Westphal, A.H. / Barendregt, A. / Heck, A.J.R. / van der Geize, R. / Dijkhuizen, L. / Mattevi, A. / van Berkel, W.J.H.
履歴
登録2016年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02024年1月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable salicylate monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6564
ポリマ－46,9481
非ポリマー1,7083
水25214
1
A: Probable salicylate monooxygenase
ヘテロ分子

A: Probable salicylate monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3138
ポリマ－93,8962
非ポリマー3,4166
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area30890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.980, 106.980, 143.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-612-

HOH

21A-614-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable salicylate monooxygenase


分子量: 46948.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (strain RHA1) (バクテリア)
遺伝子: RHA1_ro01869 / プラスミド: Q2+ / 発現宿主: Rhodococcus jostii (バクテリア) / 株 (発現宿主): RHA1 #2 / 参照: UniProt: Q0SFK6, salicylate 1-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-T7X / Phosphatidylinositol


分子量: 887.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H83O13P
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M lithium sulphate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→43.64 Å / Num. obs: 18766 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 140686 / Scaling rejects: 189
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.385.80.5471100
8.91-43.644.30.08193.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.74 Å43.64 Å
Translation6.74 Å43.64 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.2.1データ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BJZ

4bjz


解像度: 2.3→43.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / WRfactor Rfree: 0.2714 / WRfactor Rwork: 0.2128 / FOM work R set: 0.8084 / SU B: 8.098 / SU ML: 0.196 / SU R Cruickshank DPI: 0.4044 / SU Rfree: 0.2648 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.404 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2617 1337 7.1 %RANDOM
Rwork0.2059 ---
obs0.21 17415 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.62 Å2 / Biso mean: 33.408 Å2 / Biso min: 14.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å2-0 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→43.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3078 0 106 14 3198
Biso mean--30.9 30.53 -
残基数----395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0193260
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7531.9774430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02536857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9445394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.9423.185157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12115493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1751530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4443.1771579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4443.1761578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8184.7561972
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 104 -
Rwork0.268 1250 -
all-1354 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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