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万見
- PDB-5hy3: Crystal structure of Escherichia coli toxin LsoA in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hy3
タイトルCrystal structure of Escherichia coli toxin LsoA in complex with T4 phage antitoxin Dmd
要素
  • Antitoxin Dmd
  • mRNA endoribonuclease LsoA
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / toxin-antitoxin / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
Discriminator of mRNA degradation / Discriminator of mRNA degradation / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, N-terminal repeated domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, DBD domain / Bacterial toxin, RNase RnlA/LsoA, N-terminal / RNase LS, bacterial toxin / RNase LS, bacterial toxin DBD domain / RNase LS, bacterial toxin N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
mRNA endoribonuclease LsoA / Antitoxin Dmd
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wan, H. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Structural insights into the inhibition mechanism of bacterial toxin LsoA by bacteriophage antitoxin Dmd
著者: Wan, H. / Otsuka, Y. / Gao, Z.Q. / Wei, Y. / Chen, Z. / Masuda, M. / Yonesaki, T. / Zhang, H. / Dong, Y.H.
履歴
登録2016年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA endoribonuclease LsoA
B: Antitoxin Dmd


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6592
ポリマ－46,6592
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.431, 112.431, 95.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 mRNA endoribonuclease LsoA / Toxin LsoA


分子量: 39622.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: lsoA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O82881, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 Antitoxin Dmd


分子量: 7036.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: dmd, 61.5, y02B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39232
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.65M ammonium citrate tribase

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 11548 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 15.2 % / Net I/σ(I): 61.93
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 16.8 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 8.39 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-20007.04データ削減
HKL-20007.04データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: the Se-Met derivative of this complex

解像度: 3.1→39.75 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3017 537 4.76 %random selection
Rwork0.2594 ---
obs0.2615 11286 97.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2510 0 0 0 2510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112551
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.463429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.719968
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0999-3.41170.40441330.29472681X-RAY DIFFRACTION100
3.4117-3.9050.32841360.29652541X-RAY DIFFRACTION95
3.905-4.91840.29761470.23852678X-RAY DIFFRACTION98
4.9184-39.75360.26781210.25072849X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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